| CRISPR-mediated Tagging with BirA Allows Proximity Labeling in Toxoplasma gondii
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Defining protein interaction networks can provide key insights into how protein complexes govern complex biological problems. Here we define a method for proximity based labeling using permissive biotin ligase to define protein networks in the intracellular parasite Toxoplasma gondii. When combined with CRISPR/Cas9 based tagging, this method provides a robust approach to defining protein networks. This approach detects interaction within intact cells, it is applicable to both soluble and insoluble components, including large proteins complexes that interact with the cytoskeleton and unique microtubule organizing center that comprises the apical complex in apicomplexan parasites.
[摘要] 定义蛋白质相互作用网络可以为蛋白质复合物如何控制复杂的生物学问题提供关键信息 在这里我们定义了一种基于接近度的标记方法，使用宽容的生物素连接酶来定义细胞内寄生虫弓形虫的蛋白质网络。 当与基于CRISPR / Cas9的标记结合使用时，这种方法提供了一种可靠的方法来定义蛋白质网络。 这种方法检测完整细胞内的相互作用，它适用于可溶性和不可溶性成分，包括与细胞骨架相互作用的大型蛋白质复合物和独特的微管组织中心，其中包括顶尖复合体在顶尖复合寄生虫中。
【背景】分析蛋白质 - 蛋白质相互作用是解决蛋白质如何组装和作为大分子复合物的关键努力。传统上，通过免疫共沉淀（共-IP）和随后的质谱分析已经鉴定出蛋白质复合物。然而，一些蛋白质复合物取代基可能在co-IP的裂解，下拉和洗涤步骤期间人为失去或获得，这对于不溶性膜或需要侵蚀性溶解的结构蛋白质尤其成问题。作为co-IP的替代物，邻近依赖性生物素鉴定（BioID）提供了在正常细胞稳态期间紧邻目标靶蛋白的蛋白质“快照”（Roux等人，2012年）。 BioID利用融合到感兴趣的靶蛋白的混杂的大肠杆菌生物素蛋白连接酶（BirA）。生物素补充使得BirA融合物在30纳米内允许生物素化的近邻生物体（Roux et al。，2012; Van Itallie et al。，2013） ...
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| Quantification of Plant Cell Death by Electrolyte Leakage Assay
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Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract] We describe a protocol to measure the electrolyte leakage from plant tissues, resulting from loss of cell membrane integrity, which is a common definition of cell death. This simple protocol is designed to measure the electrolyte leakage from a tissue sample over a time course, so that the extent of cell death in the tissue can be monitored dynamically. In addition, it is easy to handle many tissue samples in parallel, which allows a high level of biological replication. Although the protocol is exemplified by cell death in Arabidopsis in response to pathogen challenge, it is easily applicable to other types of plant cell death.
[摘要] 我们描述了测量植物组织中电解质渗漏的方案，其由细胞膜完整性的丧失导致，这是细胞死亡的常见定义。 这个简单的方案设计用于测量组织样本在一段时间内的电解质泄漏，从而可以动态监测组织中细胞死亡的程度。 另外，平行处理许多组织样品很容易，这允许高水平的生物复制。 尽管该方案以响应病原体攻击的拟南芥中的细胞死亡为例，但它很容易应用于其他类型的植物细胞死亡。
【背景】当细胞死亡并丧失细胞膜的完整性时，电解质如K +离子就会从细胞中渗出。因此，我们可以使用组织中泄漏的电解质的量作为组织中细胞死亡程度的代表。量化从组织泄漏的电解质的简单方法是测量含有将死细胞的组织的水的电解电导率的增加。这种电解质渗漏测定法已经应用于植物组织，以评估响应于生物和非生物胁迫而死亡的细胞的相对数量，所述细胞例如病原体攻击，昆虫食草，伤口，UV辐射，氧化应激，盐度，干旱，寒冷和热压力（Demidchik et al。，2014）。
最初的方法被设计成测量含有植物组织的水浴溶液在煮沸之前和之后的电导率，其中煮沸后的电导率被用于使组织尺寸差异标准化（Whitlow等人，1992年）。在这里我们描述了一个程序，通过在多个时间点测量叶片浮在12孔板上的水的电解电导率来动态监测叶盘中的电解质渗漏。可以合理地假设来自相同大小的组织样品的电解质的总量，例如从类似发育阶段的叶子冲出的相同面积的圆盘是相当的，并且没有必要测量电解质电导率之后煮沸组织。我们用细菌病原体，即丁香假单胞菌 ...
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| Assessing Rates of Long-distance Carbon Transport in Arabidopsis by Collecting Phloem Exudations into EDTA Solutions after Photosynthetic Labeling with [14C]CO2
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Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract] Phloem loading and transport of photoassimilate from photoautotrophic source leaves to heterotrophic sink organs are essential physiological processes that help the disparate organs of a plant function as a single, unified organism. We present three protocols we routinely use in combination with each other to assess (1) the relative rates of sucrose (Suc) loading into the phloem vascular system of mature leaves (Yadav et al., 2017a), (2) the relative rates of carbon loading and transport through the phloem (this protocol), and (3) the relative rates of carbon unloading into heterotrophic sink organs, specifically roots, after long-distance transport (Yadav et al., 2017b), We propose that conducting all three protocols on experimental and control plants provides a ...
[摘要] 来自光合自养源的光合同化物的韧皮部装载和运输到异养宿主器官是必不可少的生理过程，其帮助植物的不同器官作为单一的统一生物体起作用。我们提出了三种方案，我们经常使用它们相互结合来评估（1）蔗糖（Suc）加载到成熟叶片的韧皮部血管系统中的相对比率（Yadav等人，2017a）， （2）通过韧皮部的碳载量和转运的相对速率（本方案）;（3）长距离运输后碳向异养池器官，特别是根部卸载的相对速率（Yadav等，我们建议，在实验和对照植物上进行所有三种方案提供了全植物碳分配的可靠比较，并将与单独进行的单个方案相关的模糊度最小化（Dasgupta等人， 2014年;卡迪尔卡尔等人，2016年）。在该方案中，在源叶中光致同化[14C] CO 2 2-，并且通过将韧皮部流出物收集到EDTA溶液中，随后进行闪烁计数来量化光合同化物的韧皮部负载和转运。
【背景】通过韧皮部将光合自养源组织中的还原碳和其他化合物分配到异养池组织是影响植物生长和产量的关键生理过程。由于这一核心作用，有兴趣从植物生物学的许多领域分析和量化韧皮部含量。然而，收集真正的韧皮部汁液是困难的，因为易位流一般在高静水压力下，而且筛分元件具有快速的自密封机制以防止损坏时的损失。几种收集技术已经出现，但目前还没有一种方法或一组方法提供了一个完整的，无伪象的易位韧皮部液位测量方法。在这里，我们简要描述替代技术，然后详细描述我们的方法，收集韧皮部分泌物到含有低浓度乙二胺四乙酸（EDTA）的溶液中，然后用[14 ...
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