| Plant ARGONAUTE Protein Immunopurification for Pathogen Cross Kingdom Small RNA Analysis
|
|
Author:
Date:
2021-02-05
[Abstract] Over the last decade, it has been noticed that microbial pathogens and pests deliver small RNA (sRNA) effectors into their host plants to manipulate plant physiology and immunity for infection, known as cross kingdom RNA interference. In this process, fungal and oomycete parasite sRNAs hijack the plant ARGONAUTE (AGO)/RNA-induced silencing complex to post-transcriptionally silence host target genes. We hereby describe the methodological details of how we recovered cross kingdom sRNA effectors of the oomycete pathogen Hyaloperonospora arabidopsidis during infection of its host plant Arabidopsis thaliana. This Bio-protocol contains two parts: first, a detailed description on the procedure of plant AGO/sRNA co-immunopurification and sRNA recovery for Illumina high throughput sequencing ...
[摘要] [摘要]在过去的十年中，已经注意到，微生物病原体和害虫将小RNA（sRNA）效应子传递到宿主植物中，以操纵植物生理学和免疫力，称为跨界RNA干扰。在此过程中，真菌和卵菌寄生虫sRNA劫持了植物ARGONAUTE（AGO）/ RNA诱导的沉默复合体，以转录后沉默宿主靶基因。我们在此描述方法学的细节，我们如何在宿主植物拟南芥感染期间恢复卵菌病原体拟南芥的跨界sRNA效应子。该生物协议包含两个部分：第一，关于植物AGO / sRNA co- 免疫纯化和sRNA回收，用于Illumina高通量测序分析。其次，我们解释了如何进行生物信息学小号斯尔纳序列分析读取可使用Galaxy服务器。原则上，该协议适用于研究来自多种宿主植物和植物相互作用（微生物）的AGO结合的sRNA。
[背景]小RNA（sRNA）可以充当病原体效应物，劫持植物ARGONAUTE（AGO）/ RNA诱导的沉默复合物（RISC），并使宿主mRNA沉默以进行感染，这种病毒被称为跨界RNA干扰的毒力机制（Weiberg等。，2015； Zeng等，2019）。分析感染期间与植物AGO结合的sRNA的库是一种选择方法，以全面了解可能通过宿主AGO / RISC起作用的植物入侵性病原体sRNA。基于抗体的植物AGO / ...
|
|
|
| Infection of Soybean Plants with the Insect Bacterial Symbiont Burkholderia gladioli and Evaluation of Plant Fitness
|
|
Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract] To investigate the establishment and consequences of host-microbe interactions, it is important to develop controlled infection assays suitable for each system, as well as appropriate methods to evaluate successful infection and its associated effects. Here, we describe a procedure for bacterial inoculation of soybean plants, followed by the assessment of systemic infection and impact on plant fitness. Soybean (Glycine max) seedlings were mechanically wounded using a device that mimics insect herbivory and inoculated with known cell numbers of Burkholderia gladioli bacteria previously isolated from an insect host. The impact on the plants was evaluated by monitoring changes in height, time to flowering and chlorophyll content during plant development, and by quantifying ...
[摘要] 为了研究宿主 - 微生物相互作用的建立和后果，开发适用于每个系统的受控感染测定法以及评估成功感染及其相关作用的适当方法是重要的。在这里，我们描述了大豆植物的细菌接种程序，然后评估全身感染和对植物健康的影响。使用模拟昆虫食草动物的装置对大豆（Glycine max）幼苗进行机械性伤害，并用先前从昆虫宿主分离的已知细胞数目的伯克霍尔德氏菌（B.coli）进行接种。通过监测植物发育过程中身高，开花时间和叶绿素含量的变化以及通过与用无菌水接种的植物相比量化种子产量来评估对植物的影响。使用定量PCR和荧光原位杂交（FISH）在来自发育植物的组织中检查细菌感染的存在和增殖。
微生物与不同的真核生物建立共生关系，对宿主的适应性有着深远的影响，从有益到不利（Frank，1997）。在许多情况下，这些协会是直接或间接的影响与其他生物，如潜在的替代主机相互作用。举例来说，植物，微生物和昆虫之间有许多三方相互作用，其中微生物共生体在不同宿主之间传播并影响相关生物体的生理或生态（Frago等人）。 ，2012; Gilbert et al。，2012）。在植物性的Lagriinae甲虫中，与来自植物致病性分支的细菌（Burkholderia gladioli）建立了共生伙伴关系，表明这种关联在三方相互作用的情况下发展。先前已经证明了从 Lagria villosa ...
|
|
|