| Hydrogen Deuterium Exchange Mass Spectrometry of Oxygen Sensitive Proteins
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The protocol detailed here describes a way to perform hydrogen deuterium exchange coupled to mass spectrometry (HDX-MS) on oxygen sensitive proteins. HDX-MS is a powerful tool for studying the protein structure-function relationship. Applying this technique to anaerobic proteins provides insight into the mechanism of proteins that perform oxygen sensitive chemistry. A problem when using HDX-MS to study anaerobic proteins is that there are many parts that require constant movement into and out of an anaerobic chamber. This can affect the seal, increasing the likelihood of oxygen exposure. Exposure to oxygen causes the cofactors bound to these proteins, a common example being FeS clusters, to no longer interact with the amino acid residues responsible for coordinating the FeS clusters, ...
[摘要] 本文详述的方案描述了一种在氧敏感蛋白质上进行氢氘交换偶联质谱（HDX-MS）的方法。 HDX-MS是研究蛋白质结构 - 功能关系的强大工具。将这种技术应用于厌氧蛋白质可以深入了解执行氧敏化学的蛋白质的机制。使用HDX-MS研究厌氧蛋白时的一个问题是，有许多部分需要不断运动进出厌氧室。这会影响密封，增加氧气暴露的可能性。暴露于氧气使得与这些蛋白质结合的辅因子（一个常见的例子是FeS簇）不再与负责配位FeS簇的氨基酸残基相互作用，造成簇的丢失和蛋白质的不可逆失活。为了解决这个问题，开发了一种双瓶系统，可以厌氧地制备溶液和反应混合物，但也可以将这些溶液转移到有氧环境中，同时屏蔽溶液中的氧气。此外，运动不受限制，就像厌氧室一样，确保更一致的数据，并在反应过程中减少错误。
【背景】许多氧敏感蛋白质是生物在缺氧环境中繁殖所必需的。这些蛋白质中的一些通过被称为基于黄素的电子分叉（FBEB）（Lubner等，2017）的方法向厌氧微生物提供替代的能量供应。 FBEB产生还原型铁氧还蛋白，可被氧化产生能量。能够降低铁氧还蛋白的蛋白质引起了极大的兴趣，并且一直是最近使用HDX-MS研究的重点（Demmer et al。，2016; Lubner 等人）， 2017; Berry等人，2018）。 ...
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| Biomechanical Characterization of Onion Epidermal Cell Walls
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Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract] Here we describe two experimental protocols to measure the biomechanical properties of primary (growing) plant cell walls, with a focus on analyzing cell wall epidermal strips of onion scales. The first protocol measures cell wall creep (time-dependent irreversible extension) under constant force. Such creep is often mediated by the wall-loosening action of expansin or selective endoglucanases. The second protocol is based on two consecutive stretches of the wall and measures the wall’s elastic and plastic compliances, which depend on cell wall structure. These two assays provide complementary information that may be linked to cell wall structure and expansive growth of cells.
[摘要] 在这里，我们描述了两个实验协议来衡量的主要（成长）植物细胞壁的生物力学性能，重点是分析洋葱鳞片的细胞壁表皮带。 第一个协议测量细胞壁蠕变（时间依赖的不可逆扩展）在恒定的力量下。 这种蠕变通常由膨胀素或选择性内切葡聚糖酶的壁松弛作用介导。 第二种方案是基于两个连续的壁延伸并测量壁的弹性和塑性顺从性，这取决于细胞壁结构。 这两个测定提供了可能与细胞壁结构和细胞膨胀生长相关的补充信息。
【背景】生长的植物细胞的主壁足够强以抵抗由细胞膨压产生的张力，但由于扩展蛋白或其它不可逆细胞壁增大所必需的催化剂的选择性松动作用，细胞生长期间可能不可逆地膨胀（Cosgrove， 2016a和2016b）。细胞壁力学性质（如弹性和可塑性）的评估对于理解细胞壁结构及其在生长（细胞增大）和生长停止后的改变是重要的。墙体力学的一个重要测量方法是基于单轴拉伸试验，如我们在测量弹性和塑性柔量（柔量是模量的倒数;模量是刚度的度量）的应力/应变试验中所述。另一种互补测定法是基于不可逆的，随时间增长的长度（蠕变），其在原始细胞壁中发生，当它们保持恒定的张力并且被内源性膨胀素或外源内切葡聚糖酶持续松弛时（Durachko和Cosgrove，2009; Cosgrove ，2011; ...
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