| Rolling Circle Amplification to Screen Yam Germplasm for Badnavirus Infections and to Amplify and Characterise Novel Badnavirus Genomes
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] Since the first discovery of badnaviruses (family Caulimoviridae, genus Badnavirus) in yam (Dioscorea spp.) germplasm in the 1970s (Harrison and Roberts, 1973), several hundred partial badnavirus reverse transcriptase (RT)-ribonuclease H (RNaseH) sequences have been characterised (Kenyon et al., 2008; Bousalem et al., 2009), but only a few complete Dioscorea bacilliform virus (DBV) genome sequences have been reported (Phillips et al., 1999; Seal and Muller, 2007; Bömer et al., 2016 and 2017; Sukal et al., 2017; Umber et al., 2017). We have optimised a workflow involving total nucleic acid extractions and rolling circle amplification (RCA) combined with restriction enzyme analysis for the detection ...
[摘要] 自二十世纪七十年代山药（Dioscorea spp。）种质中首次发现坏病毒属（家庭花椰菜科，属于病毒属）之后（Harrison和Roberts， 1973），已经表征了数百个部分坏死病毒逆转录酶（RT） - 核糖核酸酶H（RNaseH）序列（Kenyon等人，2008; Bousalem等人，2009年），但仅有少数几种完整的Dioscorea杆状病毒（DBV）基因组序列已被报道（Phillips等，1999; Seal和Muller，2007;Bömer等， 2016和2017; Sukal等人，2017; Umber等人，2017）。我们优化了总核酸提取和滚环扩增（RCA）结合限制性酶分析的工作流程，以检测和扩增山药种质中存在的DBV。我们已经使用这种方法成功地揭示了三种新型附加体阴性坏死病毒（Bömer等人，2016年）。我们提出这是变性梯度凝胶电泳的补充方法，其能够快速指示坏死病毒多样性以及在宿主基因组中鉴定潜在整合的坏死病毒序列（Turaki等人，2017年） ）。在这里，我们描述了一步一步的方案来筛选山药种质的坏死病毒感染使用RCA作为一个有效的研究工具，在扩增和表征的新型坏死病毒基因组。
【背景】RCA是经常用于扩增环状DNA病毒基因组的序列无关的策略（Rector等人，2004）。 Phi29聚合酶介导的RCA技术用于（i）检测新型病毒; ...
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| Rice Black-streaked Dwarf Virus Preparation and Infection on Rice
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Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract] Rice black-streaked dwarf virus (RBSDV), a member of genus Fijivirus in the family Reoviridae, infects rice, maize, barley and wheat, and can seriously affect crop yields. RBSDV is transmitted by the small brown planthopper (Laodelphax striatellus, SBPH) in a persistent manner. RBSDV has 10 linear dsRNA genomic segments, making it difficult to construct infectious clones for functional studies in plants. Here we describe a method for inoculating and maintaining RBSDV on rice in a greenhouse for use in laboratory research. The protocol uses SBPHs mass reared in the laboratory. We also describe in detail the propagation of a healthy planthopper population, the preparation of plant material, RBSDV inoculation and the evaluation of the rice after inoculation.
[摘要] 水稻黑条矮缩病毒（RBSDV）属于呼肠孤病毒科的Fijivirus属的成员，感染水稻，玉米，大麦和小麦，可严重影响作物产量。 RBSDV以持久的方式由小型褐飞虱（ Ladellphax striatellus ，SBPH）传播。 RBSDV具有10个线性dsRNA基因组区段，使得构建用于植物功能研究的感染性克隆变得困难。 在这里我们介绍一种在温室中用于在实验室研究中使用的RBSDV接种和维持方法。 该协议使用在实验室饲养的大量的SBPHs。 我们还详细描述了一个健康的稻飞虱种群的繁殖，植物材料的制备，RBSDV接种和接种后水稻的评价。
【背景】水稻黑条矮缩病毒（RBSDV）是Fijivirus属家族中的第二个家族中的公认成员，严重影响东亚水稻和玉米的生产。 （Shikata和Kitagawa，1977; Zhang等人，2001a）。 RBSDV以持续的方式（Shikata和Kitagawa，1977）被小型褐飞虱（灰飞虱，SBPH）传播传播到水稻，玉米，大麦和小麦。 SBPH可从新鲜或冷冻感染的水稻叶片获得RBSDV并将其传递至健康植物（Shikata和Kitagawa，1977; Li等人，2010）。一旦SBPH已经获得病毒，病毒可以在昆虫载体中繁殖，并且可以在昆虫的整个生命周期中传播给宿主植物。然而，SBPH不能透传病毒（Boccardo and ...
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