| Self-organization Assay for Min Proteins of Escherichia coli in Micro-droplets Covered with Lipids
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Author:
Date:
2020-03-20
[Abstract] The Min system determines the cell division plane of bacteria. As a cue of spatiotemporal regulation, the Min system uses wave propagation of MinD protein (Min wave). Therefore, the reconstitution of the Min wave in cell-sized closed space will lead to the creation of artificial cells capable of cell division. The Min waves emerge via coupling between the reactions among MinD, MinE, and ATP and the differences in diffusion rate on the cell membrane and in the cytoplasm. Because Min waves appear only under the balanced condition of the reaction-diffusion coupling, special attentions are needed towards several technical points for the reconstitution of Min waves in artificial cells. This protocol describes a technical method for stably generating Min waves in artificial cells.
[摘要] [摘要 ] Min系统确定细菌的细胞分裂平面。作为时空调节的提示，Min系统使用MinD 蛋白的波传播（Min wave）。因此，Min波在细胞大小的封闭空间中的重构将导致能够分裂细胞的人造细胞的产生。闵波出现经由耦合之间反应小号中MinD的，的MinE ，和ATP 和所述differenc ES 在细胞膜上的扩散速度和在细胞质中。因为最小波仅在反应扩散耦合的平衡条件下出现， 特别关注，需要对几个技术要点为闽波在人造细胞重建。该协议描述了一种在人造细胞中稳定产生Min波的技术方法。
[背景 ] 敏系统，它决定了细胞分ER 对称细胞分裂，是在细菌细胞内的组织系统的最显着的例子之一（Rothfield 等人，2005;和罗利特马戈林，2013年）。敏系统使用图案形成在细胞内的时间依赖性蛋白梯度的公知的作为敏波（宽松等人，2008; Halatek和Frey，2012;邦尼等人，2013; Zieske 。等人，2016 ; Kohyama 。等人， 2019 ）。Min波是由两种蛋白MinD 和MinE 的反应扩散耦合产生的。通过与ATP结合，MinD 形成二聚体并附着在膜上。的MinE 被招募到的ATP MinD的和诱导ATP酶的活性MinD的。通过MinE ，ATP- MinD 变为ADP- MinD ，并从膜上脱离。ADP- MinD的被转换回ATP- ...
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| Structural Analysis of Target Protein by Substituted Cysteine Accessibility Method
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2018-09-05
[Abstract] Substituted Cysteine Accessibility Method (SCAM) is a biochemical approach to investigate the water accessibility or the spatial distance of particular cysteine residues substituted in the target protein. Protein topology and structure can be annotated by labeling with methanethiosulfonate reagents that specifically react with the cysteine residues facing the hydrophilic environment, even within the transmembrane domain. Cysteine crosslinking experiments provide us with information about the distance between two cysteine residues. The combination of these methods enables us to obtain information about the structural changes of the target protein. Here, we describe the detailed protocol for structural analysis using SCAM.
[摘要] 取代半胱氨酸可及性方法（SCAM）是一种生物化学方法，用于研究目标蛋白中取代的特定半胱氨酸残基的水可及性或空间距离。蛋白质拓扑和结构可以通过用甲硫代磺酸盐试剂标记来注释，所述甲硫基磺酸盐试剂特异性地与面向亲水环境的半胱氨酸残基反应，甚至在跨膜结构域内。半胱氨酸交联实验为我们提供了关于两个半胱氨酸残基之间距离的信息。这些方法的组合使我们能够获得有关靶蛋白结构变化的信息。在这里，我们描述了使用SCAM进行结构分析的详细协议。
【背景】结构分析提供了关于靶蛋白功能的关键信息。 X射线晶体学和核磁共振已被用作生物学领域中的高分辨率蛋白质结构分析方法。然而，这些方法需要以非常高的浓度从膜中提取的纯化蛋白质用于膜蛋白的结构分析。取代半胱氨酸可及性方法（SCAM）是一种生化方法，用于分析目标蛋白中取代的特定半胱氨酸残基的水可及性和空间距离。使用特异性地与面向亲水环境的半胱氨酸残基反应的甲硫代磺酸盐（MTS）试剂，我们可以注释目标蛋白的拓扑结构和结构。由于标记试剂 N - 生物素氨基乙基甲硫基磺酸盐（MTSEA-生物素）对质膜是不可渗透的（Seal et ...
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| Determination of H+-ATPase Activity in Arabidopsis Guard Cell Protoplasts through H+-pumping Measurement and H+-ATPase Quantification
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2017-12-20
[Abstract] The opening of stomata in plants in response to blue light is driven by the plasma membrane H+-ATPase in guard cells. To evaluate the activation of the H+-ATPase in vivo, we can use H+-pumping by guard cells in response to blue light and fusicoccin. To do this, it is required to prepare a large amount of guard cell protoplasts and measure H+-pumping in the protoplasts. It is also necessary to determine the protein amount of H+-ATPase. In this protocol, we describe the procedures required for these preparations and measurements.
[摘要] 响应蓝光的植物气孔的开放是由保卫细胞中的质膜H + -ATPase驱动的。 为了评价体内H + -ATP酶的激活，我们可以使用H + +保卫细胞对蓝光的响应，fusicoccin。 为此，需要制备大量的保卫细胞原生质体，并测量原生质体中的H + - 抽吸。 还需要确定H + -ATP酶的蛋白质量。 在这个协议中，我们描述了这些准备和测量所需的程序。
【背景】响应于蓝光的气孔的开放是由穿过保卫细胞质膜上的H +介导的膜超极化驱动的（Assmann等，1985; Shimazaki等人，1986），并且是由质膜H + -ATP酶引起的（Kinoshita和Shimazaki，1999）。 H + -ATP酶在膜上产生电化学梯度，并提供植物细胞中许多次级运输所需的能量。然而，测量体内H + -ATP酶活性并不容易。利用保卫细胞的蓝光敏感特性，我们的方法可以将体内H +泵送作为体内测量H + + 使用拟南芥保卫细胞原生质体的ATP酶活性（Ueno等人，2005）。与通过蛋白质印迹（Yamauchi等人，2016）的Hβ+ -ATPase定量一起，该方法允许比较Hβ+ -ATPase活性不同的条件或突变背景。
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