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Author:
Date:
2020-10-20
[Abstract] Transcriptome analysis can provide clues to biological processes affected in different genetic backgrounds or/and under various conditions. The price of RNA sequencing (RNA-seq) has decreased enough so that medium- to large-scale transcriptome analyses in a range of conditions are feasible. However, the price and variety of options for library preparation of RNA-seq can still be daunting to those who would like to use RNA-seq for their first time or for a single experiment. Among the criteria for selecting a library preparation protocol are the method of RNA isolation, nucleotide fragmentation to obtain desired size range, and library indexing to pool sequencing samples for multiplexing. Here, we present a high-quality and a high-throughput option for preparing libraries from ...
[摘要] [摘要] 转录组分析可以为不同遗传背景或不同条件下的生物学过程提供线索。RNA测序（RNA-seq）的价格已经下降到足够低的程度，因此在各种条件下进行中大规模转录组分析是可行的。然而，对于那些希望第一次使用RNA-seq或进行单个实验的人来说，RNA-seq库制备的价格和各种选择仍然是令人望而生畏的。选择文库制备方案的标准包括RNA分离方法、核苷酸片段化以获得所需的大小范围，以及文库索引以汇集测序样本进行多路复用。在这里，我们提出了一个高质量和高通量的选择，从多聚腺苷酸mRNA制备文库用于转录组分析。高质量和高通量的方案选择都包括通过磁珠使poly-A尾部沉淀，cDNA合成，然后通过Tn5介导的“标记”同时裂解和添加适配器的步骤。该方案的所有步骤均已通过拟南芥叶片和幼苗组织的验证，并简化为协同工作，在资金和时间上成本最低，因此旨在为转录组分析提供一个初学者友好的从开始到完成的RNA序列库制备。
[背景] 通过Southern印迹、expressed sequence ...
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Date:
2017-12-05
[Abstract] Chromosome conformation capture (3C) techniques are crucial to understanding tissue-specific regulation of gene expression, but current methods generally require large numbers of cells. This protocol describes two new low-input Capture-C approaches that can generate high-quality 3C interaction profiles from 10,000-20,000 cells, depending on the resolution used for analysis.
[摘要] 染色体构象捕获（3C）技术对于理解基因表达的组织特异性调节是至关重要的，但是目前的方法通常需要大量的细胞。 该协议描述了两种新的低输入Capture-C方法，根据用于分析的分辨率，可以从10,000-20,000个细胞生成高质量的3C相互作用谱。
【背景】3C技术在调查调控元件之间的核组织和结构相互作用与基因活性之间起关键作用（Dekker等人，2002）。 由于这些相互作用是高度组织特异性的，3C定义的纯化细胞群进行3C实验是至关重要的。
3C技术的一个主要局限性是所需要的大量细胞：目前的方法使用了10万到10万个细胞（Davies等人，2017）。 这些数字中不包含许多原发性组织和稀有细胞群。 因此，我们开发了两种新的低输入Capture-C方法，可以从最大分辨率的〜20,000个细胞（单独的DpnII片段）和使用基于开窗分析的约10,000个细胞产生高质量的相互作用谱（Oudelaar等人 。，2017）。
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