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Gilson pipettes

Company: Scientific Laboratory Supplies
Catalog#: F123602
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A CRISPR Competition Assay to Identify Cancer Genetic Dependencies
Author:
Date:
2020-07-20
[Abstract]  The CRISPR/Cas9 system is a powerful tool for genome editing, wherein the RNA-guided nuclease Cas9 can be directed to introduce double-stranded breaks (DSBs) at a targeted locus. In mammalian cells, these DSBs are typically repaired through error-prone processes, resulting in insertions or deletions (indels) at the targeted locus. Researchers can use these Cas9-mediated lesions to probe the consequences of loss-of-function perturbations in genes of interest. Here, we describe an optimized protocol to identify specific genes required for cancer cell fitness through a CRISPR-mediated cellular competition assay. Identifying these genetic dependencies is of utmost importance, as they provide potential targets for anti-cancer drug development. This protocol provides researchers with a robust ... [摘要]  [摘要] CRISPR / Cas9系统是用于基因组编辑的强大工具,其中RNA引导的核酸酶Cas9可以直接在目标基因座处引入双链断裂(DSB)。在哺乳动物细胞中,这些DSB通常通过容易出错的过程进行修复,从而导致在目标基因座处插入或缺失(indel)。研究人员可以使用这些Cas9介导的病变来探究结果目标基因的功能丧失扰动。在这里,我们描述了一种优化的协议,可通过CRISPR介导的细胞竞争测定法来鉴定癌细胞适应性所需的特定基因。鉴定这些遗传依赖性至关重要,因为它们为抗癌药物的开发提供了潜在的靶标。该协议为研究人员提供了一种强大且可扩展的方法,以研究多种细胞系和癌症类型中的基因依赖性,并验证高通量或全基因组筛选的结果。

[背景] CRISPR / Cas9系统被认为已发展成为一种适应性的原核病毒防御系统(Mojica 等,2005; Makarova 等,2006)。它被发现后不久,就被研究人员选中,并进行了基因组编辑以供实验室使用(Doudna和Charpentier,2014年; Hsu 等人,2014年)。通过转基因表达Cas9核酸酶以及与靶序列互补的短链RNA(sgRNA),可以将双链断裂(DSB)引入各种细胞和生物体的目标位点(Cong 等,2013)。 ...

Superresolution Microscopy of Drosophila Indirect Flight Muscle Sarcomeres
Author:
Date:
2020-06-20
[Abstract]  Sarcomeres are extremely highly ordered macromolecular assemblies where proper structural organization is an absolute prerequisite to the functionality of these contractile units. Despite the wealth of information collected, the exact spatial arrangement of many of the H-zone and Z-disk proteins remained unknown. Recently, we developed a powerful nanoscopic approach to localize the sarcomeric protein components with a resolution well below the diffraction limit. The ease of sample preparation and the near crystalline structure of the Drosophila flight muscle sarcomeres make them ideally suitable for single molecule localization microscopy and structure averaging. Our approach allowed us to determine the position of dozens of H-zone and Z-disk proteins with a quasi-molecular, ... [摘要]  [摘要] 肉瘤是高度​​有序的大分子组装体,其中适当的结构组织是这些可收缩单位功能的绝对前提。尽管收集到大量信息,但许多H区和Z盘蛋白的确切空间排列最近未知的是,我们开发了一种强大的纳米方法来定位肌氨酸蛋白成分,其分辨率远低于衍射极限。样品制备的简便性和果蝇的近晶体结构 飞行肌肉瘤使其非常适合单分子定位显微镜检查和结构平均。我们的方法使我们能够以大约5-10 nm的准分子定位精度确定数十个H区和Z盘蛋白的位置。下文所述的协议为制备用于dSTORM成像的单个肌原纤维提供了一种简便且可重现的方法,此外还包括对定制的免费提供的软件工具箱的深入描述,以处理和定量分析原始定位数据。

[背景 ] 肉瘤的结构已通过X射线晶体学以及各种EM方法进行了详细研究,从而形成了来自许多物种的细丝和粗丝的准原子模型。尽管如此,这些检查取得了很好的结果对于肌动蛋白-肌球蛋白重叠区的了解,I带和H区复合物的空间排列仍是未知之数。荧光超分辨率显微镜(也称为纳米显微镜)的最新进展提供了远低于衍射极限的空间分辨率。值得注意的是,单分子定位显微镜(SMLM)可以非常高精度地提供多蛋白复合物的定位图,实际上达到了单个蛋白的大小分辨率(Sigal et al。,2018)。

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Quantification of Bacteria Residing in Caenorhabditis elegans Intestine
Author:
Date:
2020-05-05
[Abstract]  Quantification of intestinal colonization by pathogenic or commensal bacteria constitute a critical part of the analysis to understand host-microbe interactions during different time points of their interplay. Here we detail a method to isolate non-pathogenic and pathogenic bacteria from C. elegans intestines, and classify gut phenotypes induced by bacterial pathogens using fluorescently-tagged bacteria. Furthermore, these methods can be used to isolate and identify new culturable bacterial species from natural microbiomes of wild nematodes. [摘要]  [ 摘要] 量化中肠道定植通过致病或者共生细菌构成一个关键部分中的分析要了解主机微生物相互作用在不同的时间点中他们的相互作用。在这里我们详细介绍一个方法要隔离非致病性和致病性细菌从C. 线虫 肠,而且分类肠表型诱导由细菌病原体使用荧光标记的细菌。此外,这些方法可以被用于为了隔离和识别新的可培养的细菌种类从天然微生物组中野生线虫。

[ 背景] 在该野生,线虫是否暴露为一宽品种中细菌和真菌群落(Frezal 而菲利克斯,2015年)。在实验室条件下,该线虫C. 线虫已被历史维护在一个单一食物源(布伦纳,1974年)。^ h H但是,该蠕虫被冲击下随着各种致病菌和一个增加数中的非- 病原细菌中多样化的营养质量(Garsin 的Et 铝,。2003 ; Gracida 而Eckmann,2013 ; 德克森的Et 铝,。2016 ; 麦克尼尔的Et 铝。,2013 ; 谭的Et 铝,1999年)。C. 线虫胚胎能要提取从妊娠雌雄同体通过使用次氯酸钠处理。这个过程省去细菌允许的新世代要被暴露游记要一个微生物吨。他的优势提供了一个独特的框架为了研究宿主与微生物相互作用。遗传易处理中的线虫和细菌允许为了研究真核生物(Garsin 的Et 铝,2003)和原核(加拉格尔和Manoil,2001)基因功能在不同的时间点在这个动态 相互作用。

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