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Ethyl alcohol, Pure

乙醇

Company: Sigma-Aldrich
Catalog#: E7023
Bio-protocol()
Company-protocol()
Other protocol()

Extraction and 16S rRNA Sequence Analysis of Microbiomes Associated with Rice Roots
Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract]  Plant roots associate with a wide diversity of bacteria and archaea across the root-soil spectrum. The rhizosphere microbiota, the communities of microbes in the soil adjacent to the root, can contain up to 10 billion bacterial cells per gram of soil (Raynaud and Nunan, 2014) and can play important roles for the fitness of the host plant. Subsets of the rhizospheric microbiota can colonize the root surface (rhizoplane) and the root interior (endosphere), forming an intimate relationship with the host plant. Compositional analysis of these communities is important to develop tools in order to manipulate root-associated microbiota for increased crop productivity. Due to the reduced cost and increasing throughput of next-generation sequencing, major advances in deciphering these communities ... [摘要]  植物根系与根 - 土壤谱中的各种细菌和古细菌相关联。根际微生物群落,即与根系相邻的土壤中的微生物群落,每克土壤可含有高达100亿个细菌细胞(Raynaud和Nunan,2014),并且可以在宿主植物的适应性方面发挥重要作用。根际微生物群的亚群可以在根表面(根毛菌)和根内部(内生孢子)定居,与寄主植物形成密切关系。这些群落的成分分析对于开发工具以操纵根系相关微生物群以提高作物生产力非常重要。由于降低了成本并提高了下一代测序的通量,因此主要通过使用16S rRNA基因的扩增子测序来最终破解这些群落的主要进展。在这里,我们首先提出一个协议,用于解剖来自各种根室的微生物群,这些根室是以水稻为模型开发的。接下来我们介绍一种使用双指数方法扩增16S rRNA基因片段的方法。最后,我们提供了一个简单的工作流程来分析生成的测序数据以进行生态推理。

【背景】各种植物根生态位寄主于源自土壤的不同微生物群落(微生物群落)(Bulgarelli et al。,2012; Lundberg等人,2012; Edwards等人。2015年; Zarraonaindia等人,2015年; Wagner等人,2016年)。由每个根生态位获得的不同微生物群可能具有不同的代谢潜力,因此可能以不同方式影响宿主植物的健康(Finkel等人,2017)。可以通过使用16S ...

Expansion of Airway Basal Cells and Generation of Polarized Epithelium
Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract]  Airway basal stem cells are the progenitor cells within the airway that exhibit the capacity to self-renew and give rise to multiple types of differentiated airway epithelial cells. This stem cell-derived epithelium displays organized architecture with functional attributes of the airway mucosa. A protocol has been developed to culture and expand human airway basal stem cells while preserving their stem cell properties and capacity for subsequent mucociliary differentiation. This achievement presents a previously unrealized opportunity to maintain a durable supply of progenitor cells derived from healthy donors to differentiate into human primary airway epithelium for cellular and molecular-based studies. Further, basal stem cells can be harvested from patients with a specific airway ... [摘要]  气道基底干细胞是气道内的祖细胞,表现出自我更新的能力并产生多种类型的分化的气道上皮细胞。这种干细胞来源的上皮细胞显示出具有气道粘膜功能属性的有组织的结构。已经开发了一种方案来培养和扩展人气道基底干细胞,同时保持其干细胞特性和后续粘液分泌的能力。这项成就提供了一个以前未实现的机会,以保持源自健康供体的祖细胞的持久供应,以分化为用于基于细胞和分子的研究的人原发性气道上皮。此外,基底干细胞可以从患有特定气道疾病的患者(例如囊性纤维化)中收集,从而能够在适当的气道粘膜环境下研究疾病特异性细胞的潜在改变的行为。在这里,我们详细描述了一系列气道基底干细胞系列扩增的方案,以实现几乎无限制的气道基底细胞的生成,这些细胞可以储存并随时用于随后的培养和分化。此外,我们描述了气液基底干细胞在空气 - 液体界面处的可渗透Transwell过滤器上的培养和分化,以创建功能性粘膜睫毛伪分层极化气道上皮粘膜。

【背景】气道疾病建模和药物发现已经从在气液界面(ALI)的可渗透Transwell过滤器上生长的原代呼吸道上皮培养物的开发和使用中获益。与永生化细胞系相比,该模型具有几个优点,即原代上皮细胞可以分化成具有多种上皮细胞类型(包括纤毛,浆膜和基底细胞)的气道粘膜,并且它们的排列在体内是相当反映的蜂窝组织。主要的ALI模型表现出功能性微生理过程,包括跳动纤毛和分泌粘液的能力,这些特征在细胞系衍生的上皮单层中显着不存在。此外,原代细胞不依赖于人工永生化或转化,因为细胞系来源的上皮细胞确实存在,因此不受细胞系中可能发生的错误信号传导的阻碍,这可能会错误地表示气道上皮中发生的过程。尽管有这些显着的限制,永生化细胞系被广泛用于模拟和研究气道上皮细胞,因为原发性气道上皮细胞存在自己的一系列挑战。原代上皮细胞在传代数次后无法复制,必须连续收获并分离以完成每组研究。另外,改变或缺失感兴趣基因表达的分子生物学技术难以实现,并且与原代上皮细胞一起维持。这些缺点造成成本和技术障碍,阻碍了原发性ALI培养物的广泛使用,尽管它们在调查气道粘膜方面有明显优势。 ...

Detecting the Interaction of Double-stranded RNA Binding Protein, Viral Protein and Primary miRNA Transcript by Co-immunoprecipitation in planta
Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract]  MicroRNAs (miRNAs) play important roles in plant growth, development, and response to infection by microbes. Double-stranded RNA binding protein 1 (DRB1) facilitates the processing of primary miRNA transcripts into mature miRNAs. Recently, we found that NS3 protein encoded by rice stripe virus (RSV) associates with DRB1 and promotes miRNA biogenesis during RSV infection (Zheng et al., 2017). RNA co-immunoprecipitation (RIP) method was applied to identity association patterns among DRB1, NS3, and miRNA transcript. [摘要]  微小RNA(miRNA)在植物生长,发育和微生物感染反应中发挥重要作用。 双链RNA结合蛋白1(DRB1)有助于将初级miRNA转录物加工成成熟的miRNA。 最近,我们发现水稻条纹病毒(RSV)编码的NS3蛋白与DRB1相关并促进RSV感染期间的miRNA生物合成(Zheng等人,2017)。 RNA共免疫沉淀(RIP)方法被用于鉴定DRB1,NS3和miRNA转录物之间的关联模式。

【背景】在双链RNA(dsRNA)结合蛋白HYPONASTIC LEAVES1(DRB1 / HYL1)的帮助下,通过RNA酶III酶DICER-LIKE1(DCL1)从其初级转录物(pri-miRNA) 锌指蛋白SERRATE(SE)。 水稻条纹病毒(RSV)感染广泛地干扰miRNA积累。 我们发现RSV编码的非结构蛋白3(NS3)通过与水稻中的DRB1相互作用下调pri-miRNAs来促进miRNA积累(Zheng等人,2017)。 为了揭示NS3如何增强pri-miRNA的加工,我们使用免疫共沉淀(Co-IP)来说明NS3,DRB1和pri-miRNA体内的关系。 该协议有助于了解两种蛋白质和一种RNA转录本之间的关联模式。

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