| H1N1 Virus Production and Infection
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Author:
Date:
2018-10-20
[Abstract] Influenza A virus is a member of orthomyxoviridae family causing wide-spread infections in human respiratory tract. Mouse infection model is widely used in antiviral research and pathogenesis study against influenza A virus. Here, we report a protocol in infected mice with different virus doses and strains to explore how an inhibitor of lysine-specific demethylase (LSD1) impacts disease progression.
[摘要] 甲型流感病毒是正粘病毒科的成员，在人呼吸道中引起广泛的感染。 小鼠感染模型广泛用于抗甲型流感病毒的抗病毒研究和发病机制研究。 在这里，我们报告了受感染小鼠中具有不同病毒剂量和菌株的方案，以探索赖氨酸特异性去甲基化酶（LSD1）的抑制剂如何影响疾病进展。
【背景】甲型流感病毒是正粘病毒科的一员，是一种负义RNA病毒，具有八个分段的单链病毒RNA（vRNA）基因组，编码10种以上的蛋白质。在过去100年中，流感病毒株的爆发经常出现在人群中，包括1918年由H1N1亚型引起的“西班牙流感”，1957年由H2N2引起的“亚洲流感”，1968年由H3N2引起的“香港流感”， “H1N1流感”于1977年发生的“俄罗斯流感”，以及2009年H1N1流行的“猪流感”（Smith et al。>，2009; Lim and Mahmood，2011; Kumar et al。> ，2018年）。季节性甲型流感病毒也在世界范围内传播，容易在人与人之间传播，每年导致全世界300万至500万人住院（Molinari et al。>，2007）。季节性流感感染每年导致290,000-650,000人死亡，主要是年幼儿童，老年人和重症患者（Kumar et al。>，2018）。
流感病毒研究中使用动物模型不仅可以阐明影响疾病结果的病毒和宿主因素，还可以在易感宿主中传播，还可以评估旨在预防或降低流感发病率和死亡率的干预措施（Thangavel和Bouvier，2014）。在本文中，我们使用两种甲型流感病毒，A ...
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| Organotypic Explants of the Embryonic Rodent Hippocampus: An Accessible System for Transgenesis
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] This protocol describes the technique of ex-vivo electroporation to target embryonic hippocampal progenitors in an organotypic slice preparation. This technique allows gene perturbation for examining developmental processes in the embryonic hippocampus while retaining the environment and connectivity of the cells. Gene perturbation can include Cre-mediated recombination, RNAi-mediated knockdown, gene overexpression, or a combination of any of these. Ex-vivo electroporation can be performed at a wide range of embryonic stages, giving temporal control to the experimenter. Spatial control can be achieved more easily by preparing the brain in a Petri dish to target particular regions of the hippocampus. The electroporated explant cultures provide a highly tractable system ...
[摘要] 该协议描述了在器官切片制备中靶向胚胎海马祖细胞的体外电穿孔技术。 该技术允许基因摄动检查胚胎海马体的发育过程，同时保持细胞的环境和连接性。 基因扰动可以包括Cre介导的重组，RNAi介导的敲低，基因过表达或这些中任何的组合。 可以在广泛的胚胎阶段进行体外电穿孔，为实验者提供时间控制。 空间控制可以通过在皮氏培养皿中准备大脑来瞄准海马的特定区域来实现。 电穿孔的外植体培养物提供了用于研究包括祖细胞增殖，迁移和细胞命运获取在内的发育过程的高度易处理的系统。
【背景】由于其位于尾端的端脑，海马在可达性方面提出了挑战。胚胎海马甚至更难以接近，需要用子宫外科手术方法进行实验操作。器官切片文化规避了这个问题，同时保留了海马场细胞构筑学的许多方面，包括分子特征和连接性。尽管有描述来自啮齿类动物大脑的海马外植体产后培养的规程（Stoppini等人，1991; ...
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| CRISPR-mediated Tagging with BirA Allows Proximity Labeling in Toxoplasma gondii
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Defining protein interaction networks can provide key insights into how protein complexes govern complex biological problems. Here we define a method for proximity based labeling using permissive biotin ligase to define protein networks in the intracellular parasite Toxoplasma gondii. When combined with CRISPR/Cas9 based tagging, this method provides a robust approach to defining protein networks. This approach detects interaction within intact cells, it is applicable to both soluble and insoluble components, including large proteins complexes that interact with the cytoskeleton and unique microtubule organizing center that comprises the apical complex in apicomplexan parasites.
[摘要] 定义蛋白质相互作用网络可以为蛋白质复合物如何控制复杂的生物学问题提供关键信息 在这里我们定义了一种基于接近度的标记方法，使用宽容的生物素连接酶来定义细胞内寄生虫弓形虫的蛋白质网络。 当与基于CRISPR / Cas9的标记结合使用时，这种方法提供了一种可靠的方法来定义蛋白质网络。 这种方法检测完整细胞内的相互作用，它适用于可溶性和不可溶性成分，包括与细胞骨架相互作用的大型蛋白质复合物和独特的微管组织中心，其中包括顶尖复合体在顶尖复合寄生虫中。
【背景】分析蛋白质 - 蛋白质相互作用是解决蛋白质如何组装和作为大分子复合物的关键努力。传统上，通过免疫共沉淀（共-IP）和随后的质谱分析已经鉴定出蛋白质复合物。然而，一些蛋白质复合物取代基可能在co-IP的裂解，下拉和洗涤步骤期间人为失去或获得，这对于不溶性膜或需要侵蚀性溶解的结构蛋白质尤其成问题。作为co-IP的替代物，邻近依赖性生物素鉴定（BioID）提供了在正常细胞稳态期间紧邻目标靶蛋白的蛋白质“快照”（Roux等人，2012年）。 BioID利用融合到感兴趣的靶蛋白的混杂的大肠杆菌生物素蛋白连接酶（BirA）。生物素补充使得BirA融合物在30纳米内允许生物素化的近邻生物体（Roux et al。，2012; Van Itallie et al。，2013） ...
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