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C1 Single-Cell Reagent Kit for Preamp

Company: Fluidigm
Catalog#: 100-5319
Bio-protocol()
Company-protocol()
Other protocol()

Fluidigm Based Single-cell Gene Expression Library Preparation from Patient-derived Small Intestinal Organoids
Author:
Date:
2020-10-05
[Abstract]  In this protocol, we describe our methods to isolate crypts from patients' biopsy samples and to culture human intestinal stem cells as it’s called “organoid.” Beyond that, we describe how to dissociate organoids cells into single cells for single-cell analysis as a further application. This protocol should provide investigators sufficient tools to generate human organoids from biopsy samples and to accomplish a stable in-vitro assay system. [摘要]  [摘要]在此协议中,我们描述了从患者的活检样本中分离隐窝并培养人类肠干细胞(称为“类器官”)的方法。除此之外,我们还介绍了如何将类器官细胞分解为单细胞以进行单细胞分析,作为进一步的应用。该方案应为研究人员提供足够的工具,以从活检样品中产生人类器官并完成稳定的体外测定系统。

[背景]肠上皮是一个多功能组织即编排动态平衡并形成物理屏障。由肠干细胞(ISC)产生的每个肠上皮细胞(IEC)每4-5天更新一次该上皮(Crosnier等,2006 )。ISC位于隐窝的底部,并表达各种文献先前报道的特定标记(Muñoz等,2012 ;Clevers ,2013 )。研究表明,干细胞正确更新的功能障碍与肠道疾病有关,对ISCs动态的了解可能阐明了包括炎症性肠病(IBD)在内的各种疾病的发病机制(Okamoto et al。,2016 )。

然而,由于缺乏能概括生理性肠上皮层的有效模型,因此对肠干细胞特性的研究具有挑战性。史诗般的“类器官”的引入克服了种种障碍(Sato等人,2009和2011 ),可以从单个ISC体外建立类器官,并忠实地保留其起源组织的生理和病理特征(Middendorp等人)。 。,2014 )。类器官已被用于各种胃肠道疾病解剖基础病理变化(Fatehullah 。等人,2016; Noben等人,2017 ...

Single-cell qPCR Assay with Massively Parallel Microfluidic System
Author:
Date:
2020-03-20
[Abstract]  The single-cell transcriptome is the set of messenger RNA molecules expressed in one cell. It is extremely variable and changes according to external, physical and biochemical conditions. Due to sensitivity shortages, most of genetic studies use bulk samples, providing only the average gene expression. Single-cell technologies have provided a powerful approach to a more detailed understanding of the heterogenic populations and minority cells. However, since it is still a quite novel technique, standardized protocol has to be established. Single-cell qPCR, although partly limited by the number of genes, is relatively simple to analyze. Therefore, its use is accessible without the necessity to recourse to complex bioinformatics analyses. The main steps for single-cell qPCR, as illustrated ... [摘要]  [摘要 ] 单细胞转录组是在一个细胞中表达的信使RNA分子的集合。它变化很大,并会根据外部,物理和生化条件而变化。由于敏感性不足,大多数基因研究使用大量样品,仅提供平均基因表达。单细胞技术提供了一种强大的方法,可以更详细地了解异质群体和少数细胞。然而,因为它仍然是一个相当新的技术,标准化协议具有至b e建立。尽管单细胞qPCR受基因数量的限制,但分析起来相对简单。因此,无需使用复杂的生物信息学分析就可以使用它。如本协议所述,单细胞qPCR的主要步骤包括单细胞分离,细胞裂解液,cDNA逆转录合成,cDNA库生成的扩增以及最终的定量聚合酶链反应。

[背景 ] 的单细胞转录是一套完整的在一个细胞中表达的信使RNA(mRNA)分子。它变化很大,并会根据外部,物理和生化条件而变化。因此,这是生物异质性的来源,其中来自相同环境的细胞与其他细胞相似但不相同。

由于灵敏度不足,大多数遗传研究使用大量样本,其中有数百至数千个细胞,仅提供平均基因表达。这极大地限制了少数细胞群体的研究,这可能会带来特定的特性,例如在癌症情况下的耐药性或转移能力。单细胞技术能够在单细胞水平上分析转录组,从而揭示了异源群体的复杂性。这些技术不仅应用于癌症,而且还应用于许多细胞生物学研究中,包括成年组织,干细胞,免疫细胞等。以及微生物学和病毒学等其他领域(Wen and ...

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