| Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assess Histone Marks in Auxin-treated Arabidopsis thaliana Inflorescence Tissue
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Author:
Date:
2020-12-05
[Abstract] Chromatin immunoprecipitation coupled with quantitative PCR (ChIP-qPCR) or high-throughput sequencing (ChIP-seq) has become the gold standard for the identification of binding sites of DNA binding proteins and the localization of histone modification on a locus-specific or genome-wide scale, respectively. ChIP experiments can be divided into seven critical steps: (A) sample collection, (B) crosslinking of proteins to DNA, (C) nuclear extraction, (D) chromatin isolation and fragmentation by sonication, (E) immunoprecipitation of histone marks by appropriate antibodies, (F) DNA recovery, and (G) identification of precipitated protein-associated DNA by qPCR or high-throughput sequencing. Here, we describe a time-efficient protocol that can be used for ChIP-qPCR experiments to study the ...
[摘要] [摘要]染色质免疫沉淀与定量PCR（ChIP -qPCR）或高通量测序（ChIP-seq ）结合已成为鉴定DNA结合蛋白结合位点和在特定基因座上定位组蛋白修饰的金标准。或全基因组规模。ChIP实验可分为七个关键步骤：（A）样品收集，（B）蛋白质与DNA交联，（C）核提取，（D）染色质分离和f 超声处理的碎片化；（E）通过适当的抗体对组蛋白标记的免疫沉淀；（F）DNA的回收；（G）通过qPCR或高通量测序鉴定沉淀的蛋白质相关DNA。在这里，我们描述了一种可用于ChIP -qPCR实验的省时协议，以研究模型植物拟南芥幼花序中组蛋白修饰的定位。
[背景]真核基因组中的染色体中，其与组蛋白DNA结合形成染色质组织的。组蛋白与DNA之间的紧密相互作用阻碍了DNA与其他因素的可及性。因此，组蛋白相对于重要调控DNA序列的位置和组蛋白-DNA接触的强度可以隐藏或暴露提供另一层基因调控的基因。在染色质中，组蛋白和DNA均可被化学修饰（Zhou等，2010 ；Schübeler ，2015）。根据修饰的物理性质，染色质状态可以阻止或增强基础基因的转录（Kouzarides ，2007； Yang等，2014； Wu等，2015）。在植物中，染色质的表观遗传状态已被证明是响应发育或环境刺激的基因表达的关键决定因素（Yang等人，2014 ; Wu等人，2015 ; ...
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| Low-cost and High-throughput RNA-seq Library Preparation for Illumina Sequencing from Plant Tissue
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Author:
Date:
2020-10-20
[Abstract] Transcriptome analysis can provide clues to biological processes affected in different genetic backgrounds or/and under various conditions. The price of RNA sequencing (RNA-seq) has decreased enough so that medium- to large-scale transcriptome analyses in a range of conditions are feasible. However, the price and variety of options for library preparation of RNA-seq can still be daunting to those who would like to use RNA-seq for their first time or for a single experiment. Among the criteria for selecting a library preparation protocol are the method of RNA isolation, nucleotide fragmentation to obtain desired size range, and library indexing to pool sequencing samples for multiplexing. Here, we present a high-quality and a high-throughput option for preparing libraries from ...
[摘要] [摘要] 转录组分析可以为不同遗传背景或不同条件下的生物学过程提供线索。RNA测序（RNA-seq）的价格已经下降到足够低的程度，因此在各种条件下进行中大规模转录组分析是可行的。然而，对于那些希望第一次使用RNA-seq或进行单个实验的人来说，RNA-seq库制备的价格和各种选择仍然是令人望而生畏的。选择文库制备方案的标准包括RNA分离方法、核苷酸片段化以获得所需的大小范围，以及文库索引以汇集测序样本进行多路复用。在这里，我们提出了一个高质量和高通量的选择，从多聚腺苷酸mRNA制备文库用于转录组分析。高质量和高通量的方案选择都包括通过磁珠使poly-A尾部沉淀，cDNA合成，然后通过Tn5介导的“标记”同时裂解和添加适配器的步骤。该方案的所有步骤均已通过拟南芥叶片和幼苗组织的验证，并简化为协同工作，在资金和时间上成本最低，因此旨在为转录组分析提供一个初学者友好的从开始到完成的RNA序列库制备。
[背景] 通过Southern印迹、expressed sequence ...
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| Methylation-sensitive Amplified Polymorphism as a Tool to Analyze Wild Potato Hybrids
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Author:
Date:
2020-07-05
[Abstract] Methylation-Sensitive Amplification Polymorphism (MSAP) is a versatile marker for analyzing DNA methylation patterns in non-model species. The implementation of this technique does not require a reference genome and makes it possible to determine the methylation status of hundreds of anonymous loci distributed throughout the genome. In addition, the inheritance of specific methylation patterns can be studied. Here, we present a protocol for analyzing DNA methylation patterns through MSAP markers in potato interspecific hybrids and their parental genotypes.
[摘要] [摘要]甲基化敏感扩增多态性(MSAP)是一种用于分析非模型物种DNA甲基化模式的多功能标记。这种技术的实施不需要参考基因组，并且可以确定分布在整个基因组中的数百个匿名位点的甲基化状态。此外，特定甲基化模式的遗传可以被研究。在这里，我们提出了通过MSAP标记分析马铃薯种间杂交种及其亲本基因型的DNA甲基化模式的协议。
[背景]核苷酸序列并不是基因组信息的唯一形式，DNA甲基化、组蛋白、修改DNA上的组蛋白和核苷酸残基的酶，甚至RNA，都会影响基因的活动，并为细胞提供另一层指令。DNA甲基化、组蛋白、修改组蛋白的酶和DNA上的核苷酸残基，甚至RNA，都会影响基因活动，并为细胞提供另一层指令。表观遗传学变化，也称为表观遗传，可以遗传，并具有重要的表型后果。在植物中，甲基化反应将胞嘧啶残基修饰成5-甲基胞嘧啶。这种表观遗传机制对于维持基因组的完整性是至关重要的，并有助于调节基因在发育过程中的表达以及对生物和非生物胁迫的反应。此外，DNA甲基化的变化是由杂交和多倍体化等基因组冲击引发的，这是植物进化过程中的两个重要现象（Cara et al., 2019)。
有各种不同的方法来研究DNA甲基化的变化。可以使用高效液相色谱法(HPLC)评估全局性的胞嘧啶甲基化，这种分析方法可以量化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶，并计算基因组中甲基化残基的百分比。对于研究基因组上特定位置的DNA甲基化，可以提到两种选择。一种是使用对限制性位点胞嘧啶甲基化具有不同敏感性的异构体。例如，甲基化敏感扩增多态性(MSAP)标记表征来自随机基因组DNA的匿名5′-CCGG序列处的甲基化模式。这是对原始AFLP协议的改编(Voset ...
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