| Measurements of Root Colonized Bacteria Species
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Author:
Date:
2021-04-05
[Abstract] Root-associated bacteria are able to influence plant fitness and vigor. A key step in understanding the belowground plant-bacteria interactions is to quantify root colonization by the bacteria of interest. Probably, genetic engineering with fluorescence markers is the most powerful way to monitor bacterial strains in plant. However, this could have some collateral problems and some strains can be challenging to label. In this sense, bacterial inoculation under properly controlled conditions can enable reliable and reproducible quantification of natural bacterial strains. In this protocol, we describe a detailed procedure for quantification of root-associated bacteria. This method applies non-aggressive samples processed with morphological identification and PCR-based genetic ...
[摘要] [摘要]根系相关细菌能够影响植物的健康和活力。理解地下植物与细菌相互作用的关键步骤是量化目标细菌的根定植。也许，用荧光标记基因工程是监测植物细菌菌株的最有力的方式，但是这可能有一些担保的问题，有些菌株可被有挑战性的标签。从这个意义上说，在适当控制的条件下接种细菌可以对天然细菌菌株进行可靠且可重复的定量。在此协议中，我们描述了用于定量根相关细菌的详细程序。此方法适用于非侵略性样本处理编 形态鉴定和基于PCR的遗传指纹图谱。这种易于遵循的方案适用于研究在人工培养基或土壤中生长的植物的细菌定植。
[背景] ：植物中天然活与在根际，这是指土壤附着在根的薄层各种土壤细菌。虽然有些根瘤菌对植物没有可观察到的作用，但其他根瘤菌是引起有害作用的病原体或促进植物活力的生长性根瘤菌（PGPR）（Mendes等人，2013; Olanrewaju等人，2019）。细菌病原体或PGPR影响植物生长的能力与其细菌根定殖水平紧密相关。因此，细菌根定殖的研究是了解地下植物与细菌相互作用的重要踏脚石。
可以通过可视化荧光信号来评估细菌菌株的丰度，方法是对其进行修饰以表达编码诸如GFP的荧光蛋白的转基因标记基因（Rochat等，2010; Krzyzanowska等，2012; Saad等，2018）。 ...
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| Generation of Human iPSC-derived Neural Progenitor Cells (NPCs) as Drug Discovery Model for Neurological and Mitochondrial Disorders
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Author:
Date:
2021-03-05
[Abstract] The high attrition rate in drug development processes calls for additional human-based model systems. However, in the context of brain disorders, sampling live neuronal cells for compound testing is not applicable. The use of human induced pluripotent stem cells (iPSCs) has revolutionized the field of neuronal disease modeling and drug discovery. Thanks to the development of iPSC-based neuronal differentiation protocols, including tridimensional cerebral organoids, it is now possible to molecularly dissect human neuronal development and human brain disease pathogenesis in a dish. These approaches may allow dissecting patient-specific treatment efficacy in a disease-relevant cellular context. For drug discovery approaches, however, a highly reproducible and cost-effective cell model is ...
[摘要] [摘要]药物开发过程中的高流失率要求使用其他基于人的模型系统。但是，在脑部疾病的情况下，不适合对活的神经元细胞进行采样以进行化合物测试。人类诱导的多能干细胞（iPSC ）的使用彻底改变了神经元疾病建模和药物发现领域。由于基于iPSC的神经元分化方案（包括三维脑类器官）的发展，现在可以在一个碟子中分子解剖人神经元发育和人脑疾病的发病机理。这些方法可以允许在与疾病相关的细胞环境中解剖患者特异性的治疗功效。但是，对于药物发现方法，需要高度可复制且具有成本效益的细胞模型。在这里，我们描述了一种一步-步骤，用于从人产生健壮和可膨胀的神经祖细胞（NPC）工艺的iPSC 。用此协议生成的NPC是同质的且高度增殖。这些功能使NPC适合开发用于药物发现的高通量化合物筛选。人iPSC衍生的NPC示出了代谢依赖于线粒体活性，因此可也用于研究神经病症，其中线粒体功能受到影响。该协议涵盖了制备，培养和表征人iPSC来源的NPC所需的所有步骤。
图形摘要：
示意性的协议的所述发电机密封的离子人类源自iPSC的的NPC
[背景技术]近年来，目标为中心的药物发现的缺点已经用于寻址的神经系统疾病的方案变得明显，特别是（保罗等人，2010） ...
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| Stable Transformation of Arabidopsis thaliana Cell Suspension Cultures: A Case Study for the Overexpression of The COI1 Receptor
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Author:
Date:
2021-01-05
[Abstract] Cell suspension cultures have been studied for decades to produce natural molecules. However, the difficulty in generating stably transformed cell lines has limited their use to produce high value chemicals reproducibly and in elevated quantities.
In this protocol, a method to stably transform and maintain Arabidopsis cell suspension cultures is devised and presented in detail. Arabidopsis cell cultures were directly transformed with A. tumefaciens for the overexpression of the CORONATINE INSENSITIVE 1 (COI1) jasmonate receptor. Cell cultures were established after transformation and continuously maintained and tested for the overexpression of COI1. The protocol was also previously used to silence Arabidopsis peroxidases and allows for long ...
[摘要] [摘要]细胞悬浮培养已经研究了数十年，以生产天然分子。然而，产生稳定转化的细胞系的困难限制了它们用于可再现地和高产量地生产高价值化学品的用途。
在该协议中，设计并详细介绍了稳定转化和维持拟南芥细胞悬浮培养物的方法。直接用根癌农杆菌转化拟南芥细胞培养物，以过量表达可乐宁不敏感1（COI1）茉莉酸酯受体。转化后建立细胞培养物，并连续保持并测试COI1的过表达。该协议以前也曾用于沉默拟南芥过氧化物酶，并允许长期维持转化细胞。提供了在液体和固体培养基中培养维持的详细信息，以及蛋白质表达的证据来证实转化。
所描述的系统为合成生物学研究独立于发育控制的信号传递并获得生物技术和医学领域感兴趣的代谢物提供了强大的工具。
[背景]植物细胞悬浮培养为植物次生代谢产物的生产和去分化组织的研究提供了可行的替代方法（Wu和Ge，2004； Lee等，2010）。数十年来，人们对它们的使用兴趣不断提高，因为它们可以为人类使用的高价值生物技术产品提供连续生产系统。有各种各样的细胞培养物可产生大量具有商业和工业意义的次级代谢产物，例如花青素，甜菜碱，调味剂，甜菊苷等（Rao和Ravishankar，2002）。
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