| Polyamine Transport Assay Using Reconstituted Yeast Membranes
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Author:
Date:
2021-01-20
[Abstract] ATP13A2/PARK9 is a late endo-/lysosomal P5B transport ATPase that is associated with several neurodegenerative disorders. We recently characterized ATP13A2 as a lysosomal polyamine exporter, which sheds light on the molecular identity of the unknown mammalian polyamine transport system. Here, we describe step by step a protocol to measure radiolabeled polyamine transport in reconstituted vesicles from yeast cells overexpressing human ATP13A2. This protocol was developed as part of our recent publication (van Veen et al., 2020) and will be useful for characterizing the transport function of other putative polyamine transporters, such as isoforms of the P5B transport ATPases.
[摘要] [摘要] ATP13A2 / PARK9是一种晚期内/溶酶体P5B转运ATPase，与多种神经退行性疾病有关。我们最近将ATP13A2表征为溶酶体多胺出口者，这为未知的哺乳动物多胺转运系统的分子身份提供了线索。在这里，我们逐步描述了从过量表达人ATP13A2的酵母细胞中测量重组囊泡中放射性标记的多胺转运的方案。该方案是我们最新出版物的一部分（van Veen等，2020），将有助于表征其他假定的多胺转运蛋白的转运功能，例如P5B转运ATPase的同工型。
[背景] ATP13A2 / PARK9编码一种普遍表达的晚期内-/溶酶体膜蛋白，与一系列神经退行性疾病有关，例如早发性帕金森氏病（Di Fonzo等，2007 ；Lin等，2008）和Kufor -Rakeb综合征（伴痴呆的早期帕金森病）（Ramirez等，2006 ；Park等，2011）。ATP13A2属于P型转运ATPase ，是一类活性转运蛋白，由于ATP水解而暂时形成磷酸中间产物（Kuhlbrandt ，2004年）。ATP13A2是P5亚家族的成员，该家族已在20多年前通过基因组测序鉴定出来（Axelsen和Palmgren ...
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| Probe-Seq: Method for RNA Sequencing of Specific Cell Types from Animal Tissue
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Date:
2020-09-20
[Abstract] Most organs and tissues are composed of many types of cells. To characterize cellular state, various transcription profiling approaches are currently available, including whole-tissue bulk RNA sequencing, single cell RNA sequencing (scRNA-Seq), and cell type-specific RNA sequencing. What is missing in this repertoire is a simple, versatile method for bulk transcriptional profiling of cell types for which cell type-specific genetic markers or antibodies are not readily available. We therefore developed Probe-Seq, which uses hybridization of gene-specific probes to RNA markers for isolation of specific types of cells, to enable downstream FACS isolation and bulk RNA sequencing. We show that this method can enable isolation and profiling of specific cell types from mouse retina, frozen human ...
[摘要] [摘要 ] 大多数器官和组织由许多类型的细胞组成。为了表征细胞状态，目前可以使用各种转录分析方法，包括全组织体RNA测序，单细胞RNA测序（scRNA -Seq）和特定于细胞类型的RNA测序。在此库中缺少的是一种简单，通用的方法，无法批量获得细胞类型的特定基因标记或抗体，因此无法批量转录。因此，我们开发了Probe-Seq，该探针使用基因特异性探针与RNA标记的杂交来分离特定类型的细胞，以实现下游FACS分离和大量RNA测序。我们表明，该方法可以实现从小鼠视网膜，冷冻人视网膜，果蝇中肠和发育中的雏鸡视网膜中分离和分析特定细胞类型的特征，这表明它对大多数生物很有用。
[背景技术 [ 0002 ] 在过去的二十年中，使用RNA-Seq和微阵列进行转录谱分析已在生物学研究中无处不在。分析现在是用来了解大多数生物体中细胞和细胞状态的主要工具之一。它被用于正常发育，异常发育和疾病的研究，并极大地扩展了我们对进化关系的理解。特别地，scRNA- Seq已经以前所未有的速度导致了新型细胞类型的鉴定（Picelli 等，2013；Jaitin 等，2014； Klein 等，2015； Macosko 等，2015）。为了更深入地了解这些新描述的细胞类型，一种无需转基因标记或特异性抗原即可将其分离的方法将大有裨益。尽管可以使用scRNA ...
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| Production and Isolation of Magnetic Protein Crystals in HEK293T Cells
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Author:
Date:
2020-07-20
[Abstract] Advances in protein engineering have enabled the production of self-assembled protein crystals within living cells. Our recent publication demonstrates the production of ftn-PAK4, which is a ferritin-containing crystal that can mineralize iron and become magnetic when isolated. We have developed an optimized protocol for the production and isolation of PAK4-based crystals. The crystals are first grown in low-passage HEK293T cells, released using a lysis buffer containing NP-40 and DNase, and collected under careful centrifugation conditions. Our protocol maximizes the purity and yield of crystals and is quick and straightforward.
[摘要] [摘要] 蛋白质工程的进展已使活细胞内产生自组装的蛋白质晶体。我们的最新出版物证明了ftn-PAK4的生产，它是一种含铁蛋白的晶体，在分离时可以矿化铁并成为磁性。我们已经开发出用于生产和分离基于PAK4的晶体的优化协议。晶体首先在低传代的HEK293T细胞中生长，使用含有NP-40和DNase的裂解缓冲液释放，并在仔细的离心条件下收集。我们的协议可最大程度地提高晶体的纯度和收率，并且操作简便快捷。
[背景] 近来的作品曾报道的“生产和隔离在纤维素的” 晶体通过蛋白在活细胞中的异源表达。这些晶体具有多种应用，例如货物运输（Ijiri 等，2009）或X射线结构测定（Baska ran 和Ang ，2015）。晶体的性质而变化，但它们通常相对于相当大的是对细胞，范围从1-2 微米到数百微米的大小（圣豪等人，2015） 。在我们最近的工作中，我们修改了inka-PAK4晶体以创建ftn-PAK4，该ftn-PAK4是一种含铁蛋白的晶体，可以矿化足够的铁以吸引附近的永磁体（Li 等，2019）。
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