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Sodium bicarbonate

碳酸氢钠

Company: Sigma-Aldrich
Catalog#: S5761
Bio-protocol()
Company-protocol()
Other protocol()

Fluorescent Labeling of Rat-tail Collagen for 3D Fluorescence Imaging
Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract]  Rat tail collagen solutions have been used as polymerizable in vitro three-dimensional (3D) extracellular matrix (ECM) gels for single and collective cell migration assays as well as spheroid formation. These 3D hydrogels are a relatively inexpensive, simple to use model system that can mimic the in vivo physical characteristics of numerous tissues within the body, namely the skin. While confocal imaging techniques such as fluorescence reflection and two-photon microscopy are able to visualize collagen fibrils during 3D imaging without fluorescence, other imaging modalities require direct conjugation of fluorescent dyes to collagen. Here we detail how to generate 3D collagen gels labeled with a fluorescent dye. Furthermore, we go through the steps required to ... [摘要]  大鼠尾胶原溶液已被用作可聚合的体外三维(3D)细胞外基质(ECM)凝胶,用于单一和集体细胞迁移测定以及球状体形成。 这些3D水凝胶是相对便宜,易于使用的模型系统,其可以模拟体内许多组织(即皮肤)的体内物理特征。 虽然诸如荧光反射和双光子显微镜的共焦成像技术能够在没有荧光的3D成像期间可视化胶原原纤维,但是其他成像模式需要荧光染料直接缀合到胶原。 在这里,我们详细介绍了如何生成用荧光染料标记的3D胶原凝胶。 此外,我们还经历了可重复生成适用于活细胞3D成像技术的明亮胶原水凝胶所需的步骤。

【背景】自20世纪50年代以来,Paul Weiss和Beatrice Garber最初观察到增加血浆浓度(纤维蛋白)对间充质细胞形态的影响(Weiss和Garber,1952),开始研究细胞迁移和细胞与周围微环境的相互作用。在随后的几十年中,生物化学家开始深入研究从鼠尾胶原中纯化提取物,并开始将其用作高度可聚合的3D基质(Fitch et al。,1955; Gross et al。,1955; Chandrakasan et al。,1976)。直到20世纪90年代,3D矩阵才真正对细胞生物学界有用,尤其是研究细胞迁移(Friedl et ...

Preparation of Cell-free Synthesized Proteins Selectively Double Labeled for Single-molecule FRET Studies
Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract]  Single-molecule FRET (smFRET) is a powerful tool to investigate molecular structures and conformational changes of biological molecules. The technique requires protein samples that are site-specifically equipped with a pair of donor and acceptor fluorophores. Here, we present a detailed protocol for preparing double-labeled proteins for smFRET studies. The protocol describes two cell-free approaches to achieve a selective label scheme that allows the highest possible accuracy in inter‐dye distance determination. [摘要]  单分子FRET(smFRET)是研究生物分子的分子结构和构象变化的有力工具。 该技术需要蛋白质样品,该样品是特定位点配有一对供体和受体荧光团的。 在这里,我们提供了一个制备smFRET研究的双标记蛋白的详细方案。 该协议描述了两种无细胞方法来实现选择性标记方案,其允许在染料间距离确定中具有最高可能的准确性。

【背景】单分子FRET(smFRET)是结构生物学中最重要的工具之一,特别是用于分析蛋白质的结构和功能构象变化(Michalet等人,2006; Roy等人。,2008; Sustarsic和Kapanidis,2015)。然而,smFRET的广泛应用在许多情况下受限于合适的蛋白质样品的精细生产。这些蛋白质需要配备两个荧光团,位点特异性连接在蛋白质结构内的不同位置。

经典的基于细胞的蛋白质生产需要一系列耗时的步骤,可以通过使用无细胞蛋白质合成(CFPS)系统来克服,允许更快且直接地生产和选择适当的双标记蛋白质。此外,CFPS的另一个优点是由于几类蛋白质如蛋白酶或膜蛋白对活细胞或其他原因有毒,难以在细胞中表达,可以在CFPS系统中成功合成。最后,CFPS是专注于光谱技术如smFRET的实验室的理想工具,因为细胞培养不是必需的,并且不必考虑重组生物的安全规定。

尽管smFRET所需的样本量本质上很低,但迄今为止,在smFRET研究中,CFPS尚未被标准地用于生产样本。这主要是由于与基于细胞的系统相比蛋白质产量低得多,并且缺乏适当的无细胞方法,其允许适当量的双标记蛋白质的方便合成。然而,正如我们的小组所表明的那样,得益于更高效的正交标记方案(Sadoine ...

Protocol for RYMV Inoculation and Resistance Evaluation in Rice Seedlings
Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract]  Rice yellow mottle virus (RYMV), a mechanically transmitted virus that causes serious damage to cultivated rice plants, is endemic to Africa. Varietal selection for resistance is considered to be the most effective and sustainable management strategy. Standardized resistance evaluation procedures are required for the identification and characterization of resistance sources. This paper describes a protocol for mechanical inoculation of rice seedlings with RYMV and two methods of resistance evaluation – one based on a symptom severity index and the other on virus detection through double antibody sandwich-enzyme linked immunosorbent assay (DAS-ELISA). [摘要]  非洲特有的稻黄斑驳病毒(RYMV)是一种机械传播的病毒,对栽培稻株造成严重损害。 品种抗性选择被认为是最有效和可持续的管理策略。 需要标准化的阻力评估程序来识别和表征阻力源。 本文介绍了利用RYMV机械接种水稻幼苗的方案,以及两种抗性评估方法 - 一种基于症状严重性指数,另一种基于双抗体夹心酶联免疫吸附试验(DAS-ELISA)进行病毒检测。

【背景】RYMV是非洲水稻生产的主要生物限制因素(Séréet al。,2013),在非洲和马达加斯加的大多数水稻生产国都有报道。它不能通过种子传播(Konaté等人,2001; Allarangaye等人,2006),而是通过昆虫载体(特别是甲虫)和农业作业期间的接触传播Bakker,1974;Traoré等人,2006),尤其是在将苗床的苗移植到田间时。该病毒非常稳定,能够在大米和野生禾本科(Bakker,1974)宿主中以高浓度繁殖。

监测苗床RYMV发病率和品种选择是管理RYMV最有效和可持续的方式。存在两种表型的抗性 - 部分抗性,其特征在于症状出现延迟(Albar等人,1998)和高抗性,其特征在于使用DAS-ELISA不存在病毒检测(Ndjiondjop et al。,1999)。虽然部分抗性在水稻品种中广泛分布,但栽培水稻品种仅有少数品种O.水稻和 O。 glaberrima ...

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