| Implementation of Blue Light Switchable Bacterial Adhesion for Design of Biofilms
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Control of bacterial adhesions to a substrate with high precision in space and time is important to form a well-defined biofilm. Here, we present a method to engineer bacteria such that they adhere specifically to substrates under blue light through the photoswitchable proteins nMag and pMag. This provides exquisite spatiotemporal remote control over these interactions. The engineered bacteria express pMag protein on the surface so that they can adhere to substrates with nMag protein immobilization under blue light, and reversibly detach in the dark. This process can be repeatedly turned on and off. In addition, the bacterial adhesion property can be adjusted by expressing different pMag proteins on the bacterial surface and altering light intensity. This protocol provides light ...
[摘要] 在空间和时间上高精度地控制细菌粘附到基底对于形成明确的生物膜是重要的。 在这里，我们提出了一种方法来设计细菌，使其在蓝光下通过光可切换蛋白质nMag和pMag特异性地粘附在基底上。 这为这些交互提供了精妙的时空遥控。 工程菌在表面上表达pMag蛋白，以便它们可以在蓝光下与nMag蛋白固定化的基质粘附，并在黑暗中可逆地分离。 该过程可以重复开启和关闭。 此外，通过在细菌表面表达不同的pMag蛋白质并改变光强度可以调节细菌粘附性质。 该协议提供了可高度空间和时间分辨率的细菌粘附的光可切换，可逆和可调控制，这使我们能够以极大的灵活性在基底上图案化细菌。
【背景】控制生物膜形成对于了解细菌在自然发生的生物膜中的社会相互作用至关重要（Flemming et。，2016）。这对生物膜在生物催化，生物传感和废物处理中的生物技术应用也特别重要（Zhou等人，2013; Jensen等人，2016）。生物膜的形成始终始于细菌与底物的粘附，这决定了生物膜中的空间组织（Liu等人，2016; Nadell等人，2016）。已经提出了许多策略来控制细菌粘附，例如通过脂质体融合利用生物正交反应基团修饰细菌表面（Elahipanah等，2016），将粘附分子固定在基质上（Sankaran等，等），2015; Zhang等人，2016; ...
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| A Streamlined Method for the Preparation of Growth Factor-enriched Thermosensitive Hydrogels from Soft Tissue
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Author:
Date:
2017-02-05
[Abstract] Hydrogels are an ideal medium for the expansion of cells in three dimensions. The ability to induce cell expansion and differentiation in a controlled manner is a key goal in tissue engineering. Here we describe a detailed method for producing hydrogels from soft tissues with an emphasis on adipose tissue. In this method, soluble, extractable proteins are recovered from the tissue and stored while the remaining insoluble tissue is processed and solubilised. Once the tissue has been sufficiently solubilised, the extracted proteins are added. The resulting product is a thermosensitive hydrogel with proteins representative of the native tissue. This method addresses common issues encountered when working with some biomaterials, such as high lipid content, DNA contamination, and finding an ...
[摘要] 水凝胶是三维细胞扩增的理想媒介。以受控方式诱导细胞扩增和分化的能力是组织工程中的关键目标。在这里，我们描述了从软组织生产水凝胶的详细方法，重点是脂肪组织。在该方法中，可溶性可提取蛋白从组织中回收并储存，而剩余的不溶组织被加工和溶解。一旦组织被充分溶解，就加入提取的蛋白质。所得产物是具有代表天然组织的蛋白质的热敏水凝胶。这种方法解决了在使用某些生物材料时遇到的常见问题，例如高脂质含量，DNA污染和找到适当的灭菌方法。尽管本文的重点是脂肪组织，但使用这种方法，我们已经从其他软组织（包括肌肉，肝脏和心脏组织）中产生了水凝胶。
背景 组织工程的主要目标是通过向身体提供具有与目标部位相似性质的支架来产生新的组织。这允许最佳的重塑并且使得能够形成新生内源性组织。在脂肪组织工程领域，来自脂肪组织的生物材料是特别有意义的，因为脂肪组织广泛可用，并且在理论上为脂肪形成诱导提供了最佳可能的环境（Flynn等人，2007; Flynn，2010; Uriel等人，2008; Choi等人，2009; Young等人，2011）。已经确定脂肪细胞分泌脂肪形成因子（Li et al。，1998; Shillabeer等人，1989; Shillabeer等人， ...
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| Micro-chromatin Immunoprecipitation (μChIP) Protocol for Real-time PCR Analysis of a Limited Amount of Cells
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Author:
Date:
2016-06-20
[Abstract] Chromatin immunoprecipitation followed by deep sequencing (ChIP-Seq) is an important strategy to study gene regulation. When availability of cells is limited, however, it can be useful to focus on specific genes to investigate in depth the role of transcription factors or histone marks. Unfortunately, performing ChIP experiments to study transcription factors’ binding to DNA can be difficult when biological material is restricted. This protocol describes a robust method to perform μChIP for over-expressed or endogenous transcription factors using ~100,000 cells per ChIP experiment (Masserdotti et al., 2015). We also describe optimization steps, which we think are critical for this protocol to work and which can be used to further reduce the number of cells.
[摘要] 染色质免疫沉淀后深层测序（ChIP-Seq）是研究基因调控的重要策略。 然而，当细胞的可用性有限时，可能有用的是专注于特定的基因深入研究转录因子或组蛋白标记的作用。 不幸的是，当生物材料受到限制时，进行ChIP实验以研究转录因子与DNA的结合可能是困难的。 该方案描述了使用约100,000个细胞/ChIP实验对过表达或内源性转录因子进行μChIP的稳健方法（Masserdotti等人，2015）。 我们还描述了优化步骤，我们认为这是协议工作的关键，可以用于进一步减少单元格的数量。
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