| Lipidomic Analysis of Caenorhabditis elegans Embryos
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Author:
Date:
2017-09-20
[Abstract] Metabolomic is an emerging field of system biology. Lipidomic, a branch of metabolomic, aims to characterize lipophilic metabolites in biological systems. Caenorhabditis elegans (C. elegans) is a genetically tractable and versatile animal model for novel discovery of lipid metabolism. In addition, C. elegans embryo is simple and homogeneous. Here, we demonstrate detailed procedures of C. elegans culture, embryo isolation, lipid extraction and metabolomic data analysis.
[摘要] 在心肌梗死（MI）中，许多心肌细胞凋亡。 这些凋亡心肌细胞被吞噬细胞迅速吞噬。 如果死细胞没有被吞没，其有害物质被释放到外面，导致炎症的诱导。 因此，需要去除这些死细胞。 然而，每个吞噬细胞类型对梗塞心脏中凋亡细胞的去除的贡献仍未解决。 在这里，我们描述了吞噬作用测定的体外方案来比较心脏巨噬细胞和心脏肌成纤维细胞的吞噬能力。
【背景】长期以来一直认为，心脏巨噬细胞消除了在失败的心脏中产生的凋亡细胞。 然而，我们发现负责组织纤维化的心脏肌成纤维细胞也具有在MI后吞噬凋亡细胞的能力（Nakaya等，2017）。 这一发现促使我们比较心脏巨噬细胞和心脏肌成纤维细胞的吞噬能力。 在这里，我们提供了一个详细的体外吞噬试验方案来评估吞噬吞噬的程度。
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| Gene Dosage Experiments in Enterobacteriaceae Using Arabinose-regulated Promoters
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Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] This protocol is used to assay the effect of protein over-expression on fitness of E. coli. It is based on a plasmid expression of a protein of interest from an arabinose-regulated pBAD promoter followed by the measurement of the intracellular protein abundance by Western blot along with the measurement of growth parameters of E. coli cell expressing this protein.
[摘要] 该方案用于测定蛋白质过表达对E适应度的影响。大肠杆菌。 它基于来自阿拉伯糖调节的pBAD启动子的目的蛋白的质粒表达，随后通过Western印迹测量细胞内蛋白质丰度以及E的生长参数的测量。 表达该蛋白质的大肠杆菌细胞。
【背景】基因剂量实验对于了解蛋白质过表达对健康的影响和确定蛋白质丰度的最佳水平至关重要。 几个基因即使在非常低的水平表达也是有毒的。 因此，重要的是从紧密调节的启动子表达蛋白质以使渗漏表达最小化。 在这里，我们已经阐明了在良好表征的阿拉伯糖诱导的pBAD启动子下的蛋白质表达的条件，并且设计了用于测量E细胞内丰度和适应度的方案。 含有过表达质粒的大肠杆菌细胞。
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| Single-molecule Analysis of DNA Replication Dynamics in Budding Yeast and Human Cells by DNA Combing
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] The DNA combing method allows the analysis of DNA replication at the level of individual DNA molecules stretched along silane-coated glass coverslips. Before DNA extraction, ongoing DNA synthesis is labeled with halogenated analogues of thymidine. Replication tracks are visualized by immunofluorescence using specific antibodies. Unlike biochemical and NGS-based methods, DNA combing provides unique information on cell-to-cell variations in DNA replication profiles, including initiation and elongation. Finally, this assay can be used to monitor the effect of DNA lesions on fork progression, arrest and restart.
[摘要] DNA梳理方法允许在沿着硅烷涂覆的玻璃盖玻片拉伸的单个DNA分子的水平上分析DNA复制。在DNA提取前，进行的DNA合成用胸苷的卤化类似物标记。使用特异性抗体通过免疫荧光可视化复制轨迹。与生物化学和基于NGS的方法不同，DNA梳理提供了DNA复制谱中细胞间细胞变化的独特信息，包括引发和延长。最后，该测定可用于监测DNA损伤对叉进展，停止和重新启动的影响。
背景 在称为复制起点的真核染色体上的数千个位点处启动DNA合成。原始激活遵循由检查点激酶和染色质的表观遗传修饰（Prioleau和MacAlpine，2016）控制的定义良好的复制计时程序。复制叉在正常S阶段经常停顿。叉停止是由多个事件引起的，例如DNA损伤，紧密结合的蛋白质复合物和高表达基因的转录（Tourriere和Pasero 2007; Zeman and Cimprich，2013）。真核生物已经制定了不同的策略来应对这种复制压力，包括修复机制来重新启动捕获的叉子和激活休眠复制起源以抢救终末抓捕的叉。
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