| Measurements of Root Colonized Bacteria Species
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Author:
Date:
2021-04-05
[Abstract] Root-associated bacteria are able to influence plant fitness and vigor. A key step in understanding the belowground plant-bacteria interactions is to quantify root colonization by the bacteria of interest. Probably, genetic engineering with fluorescence markers is the most powerful way to monitor bacterial strains in plant. However, this could have some collateral problems and some strains can be challenging to label. In this sense, bacterial inoculation under properly controlled conditions can enable reliable and reproducible quantification of natural bacterial strains. In this protocol, we describe a detailed procedure for quantification of root-associated bacteria. This method applies non-aggressive samples processed with morphological identification and PCR-based genetic ...
[摘要] [摘要]根系相关细菌能够影响植物的健康和活力。理解地下植物与细菌相互作用的关键步骤是量化目标细菌的根定植。也许，用荧光标记基因工程是监测植物细菌菌株的最有力的方式，但是这可能有一些担保的问题，有些菌株可被有挑战性的标签。从这个意义上说，在适当控制的条件下接种细菌可以对天然细菌菌株进行可靠且可重复的定量。在此协议中，我们描述了用于定量根相关细菌的详细程序。此方法适用于非侵略性样本处理编 形态鉴定和基于PCR的遗传指纹图谱。这种易于遵循的方案适用于研究在人工培养基或土壤中生长的植物的细菌定植。
[背景] ：植物中天然活与在根际，这是指土壤附着在根的薄层各种土壤细菌。虽然有些根瘤菌对植物没有可观察到的作用，但其他根瘤菌是引起有害作用的病原体或促进植物活力的生长性根瘤菌（PGPR）（Mendes等人，2013; Olanrewaju等人，2019）。细菌病原体或PGPR影响植物生长的能力与其细菌根定殖水平紧密相关。因此，细菌根定殖的研究是了解地下植物与细菌相互作用的重要踏脚石。
可以通过可视化荧光信号来评估细菌菌株的丰度，方法是对其进行修饰以表达编码诸如GFP的荧光蛋白的转基因标记基因（Rochat等，2010; Krzyzanowska等，2012; Saad等，2018）。 ...
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| Quantification of Root Colonizing Bacteria
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] Here we describe a simple method to quantify the number of viable bacteria (e.g., Enterobacter sp. SA187) that colonize the root system of Arabidopsis thaliana.
[摘要] 在这里，我们描述了一种简单的方法来量化活菌的数量（例如， Enterobacter sp。SA187），它们定殖于拟南芥的根系。。
【背景】接种细菌对根的定殖是有益细菌与宿主植物之间相互作用的重要步骤。 肠杆菌 sp。 SA187是一种内生细菌，已从土着沙漠植物 Indigofera argentea 的根瘤中分离出来（Andrés-Barrao et al。，2017; Lafi et al。 ，2017）。 SA187在不同的非生物胁迫（如盐度，干旱或高温）下促进模式植物拟南芥的生长，证明了作为植物生长促进细菌（PGPR）用于提高非生物抗性和产量的重要潜力。干旱地区的农作物SA187可以定殖 A的根和芽。在½MS琼脂平板或土壤中的拟南芥（deZélicourt et al。，2018）。跟踪接种菌株SA187在非寄主植物 A上的命运。 thaliana ，我们应用了常规的培养依赖方法。该方案已成功用于抵抗 A的根和芽的细菌数量。拟南芥植物在不同的非生物胁迫下（deZélicourt et al。，2018）。
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| Quantification of the Composition Dynamics of a Maize Root-associated Simplified Bacterial Community and Evaluation of Its Biological Control Effect
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Besides analyzing the composition and dynamics of microbial communities, plant microbiome research aims to understanding the mechanism of plant microbiota assembly and their biological functions. Here, we describe procedures to investigate the role of bacterial interspecies interactions in root microbiome assembly and the beneficial effects of the root microbiota on hosts by using a maize root-associated simplified seven-species (Stenotrophomonas maltophilia, Ochrobactrum pituitosum, Curtobacterium pusillum, Enterobacter cloacae, Chryseobacterium indologenes, Herbaspirillum frisingense and Pseudomonas putida) synthetic bacterial community described in our previous work. Surface-sterilized maize seeds were grown in a ...
[摘要] 除了分析微生物群落的组成和动态外，植物微生物群落研究的目的在于了解植物微生物群落组装的机制及其生物学功能。在这里，我们描述了通过使用与玉米根相关的简化的七种物种（嗜麦芽窄食单胞菌（Stenotrophomonas maltophilia），）来研究细菌种间相互作用在根微生物群组装中的作用以及根菌群对宿主的有益影响的程序。 Ochrobactrum pituitosum ，Curtobacterium pusillum ，阴沟肠杆菌， Chryseobacterium indologenes ，<在我们以前的工作中描述过的假单胞菌（pseudomonas putida））合成细菌群落。表面灭菌的玉米种子在含有多种细菌的悬浮液中浸泡后，在基于双管生长室的非生物体系中生长。通过对7种菌株中的每种菌株选择性培养基的培养依赖性方法追踪定殖在玉米根部的细菌群组成的动态。通过监测社区结构的变化来评估细菌相互作用对社区组装的影响。通过量化（1）真菌植物病原体，种子表面上的fusarium="" verticillioides和（2）幼苗枯萎的严重程度来评估简化的7种群落的植物保护效果真菌引起的疾病，在细菌群落的存在和不存在的情况下。我们的方案将作为研究实验室条件下植物="" -=""> ...
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