| Modifying Styrene-maleic Acid Co-polymer for Studying Lipid Nanodiscs by Direct Fluorescent Labeling
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] This protocol was developed to functionalize styrene maleic acid (SMA) by direct fluorescent labeling in an easy way, accessible to biochemistry laboratories. This novel method is based on the coupling of carboxylic acids to primary amines using a carbodiimide, a reaction commonly used for protein chemistry. The procedure uses the hydrolyzed styrene-maleic acid copolymer and occurs entirely in aqueous solution with mild conditions compatible with many biomolecules.
[摘要] 该协议旨在通过直接荧光标记以简单的方式使苯乙烯马来酸（SMA）功能化，生物化学实验室可以使用。 该新方法基于使用碳二亚胺（一种常用于蛋白质化学的反应）将羧酸偶联到伯胺上。 该方法使用水解的苯乙烯 - 马来酸共聚物并且完全在水溶液中发生，具有与许多生物分子相容的温和条件。
【背景】膜蛋白体外的表征可能非常具有挑战性（Grisshammer和Tate，1995）。除了过度表达和膜分离的困难之外，还需要从其天然环境中提取膜蛋白。必需的溶解步骤通常需要使用去污剂来代替天然脂质环境，这通常会导致膜蛋白的结构和/或活性的丧失（Duquesne 等人，2016）。出于这个原因，已经开发了几种替代选择，例如amphipols（Popot，2010），以避免与洗涤剂相关的一些困难并保持膜蛋白的溶解度。几年前，苯乙烯马来酸（SMA）共聚物更常用作低分子量洗涤剂策略的替代品（Dorr et al。，2014; Jamshad et al。 ，2015; Prabudiansyah et al。，2015）。已经证明SMA能够自发地溶解生物膜并产生平均尺寸为10nm的圆盘形颗粒。这些纳米圆盘（称为SMALP）含有嵌入来自膜和SMA共聚物的脂质中的蛋白质混合物，将颗粒保持在溶液中（Knowles 等人，，2009）。 ...
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| Coupling Exonuclease Digestion with Selective Chemical Labeling for Base-resolution Mapping of 5-Hydroxymethylcytosine in Genomic DNA
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Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract] This protocol is designed to obtain base-resolution information on the level of 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) in CpGs without the need for bisulfite modification. It relies on (i) the capture of hydroxymethylated sequences by a procedure known as ‘selective chemical labeling’ (see Szulwach et al., 2012) and (ii) the digestion of the captured DNA by exonucleases. After Illumina sequencing of the digested DNA fragments, an ad hoc bioinformatic pipeline extracts the information for further downstream analysis.
[摘要] 该协议旨在获得CpGs中5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）水平的碱基分辨率信息，而无需亚硫酸氢盐修饰。 它依赖于（i）通过称为“选择性化学标记”（参见Szulwach等人，2012）的方法捕获羟甲基化序列和（ii）通过外切核酸酶消化捕获的DNA。 在消化的DNA片段的Illumina测序之后，特设的生物信息学管道提取信息用于进一步的下游分析。
【背景】基因组DNA中胞嘧啶的甲基化可以被蛋白质读取，并且主要被翻译成基因沉默。基因组中的大多数CpG二核苷酸是甲基化的，包括位于基因调控区如增强子的那些。然而，当需要时，这些CpG可以通过Ten Eleven Translocation（TET）酶将甲基氧化并且通过碱基切除修复系统用未甲基化的胞嘧啶置换来去甲基化。 5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）是5-甲基胞嘧啶的第一个氧化衍生物，并且在基因组中绘制该修饰的碱基提供了关于正在进行活性去甲基化的区域的信息。尽管选择性化学标记（SCL）可以非常特异地检测5hmC，但该技术的分辨率受DNA片段大小的限制，特别是当捕获的DNA中存在多个CpG时。为了提高分辨率，我们引入了使用外切核酸酶的消化步骤，所述核酸外切酶将DNA分子修剪成靠近羟甲基化的胞嘧啶（Sérandour et。，2016）。然后对测序读数进行适当的生物信息学处理，然后将羟甲基化评分赋予捕获的CpG。
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