| Chromatographic Analysis for Targeted Metabolomics of Antioxidant and Flavor-Related Metabolites in Tomato
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Author:
Date:
2021-03-05
[Abstract] Targeted metabolomics is a useful approach to evaluate crop breeding studies. Antioxidant and flavor-related traits are of increasing interest and are considered quality traits in tomato breeding. The present study presents chromatographic methods to study antioxidants (carotenoids, vitamin C, vitamin E, phenolic compounds, and glutathione) and flavor-related characters (sugars and organic acids) in tomato. Two different extraction methods (for polar and apolar entities) were applied to isolate the targeted compounds. The extraction methods developed in this work were time and cost-effective since no further purification was needed. Carotenoids, vitamin C, glutathione, and phenolic acids were analyzed by HPLC-PDA using a RP C18 column at an appropriate wavelength for each compound. ...
[摘要] [摘要]靶向代谢麦克风是评估作物育种研究的有用方法。抗氧化剂和与风味有关的性状受到越来越多的关注，被认为是番茄育种中的品质性状。本研究提供了色谱方法来研究番茄中的抗氧化剂（类胡萝卜素，维生素C，维生素E，酚类化合物和谷胱甘肽）和与风味相关的特征（糖和有机酸）。应用了两种不同的提取方法（针对极性和非极性实体）来分离目标化合物。由于不需要进一步纯化，因此这项工作中开发的提取方法既省时又经济。使用RP C18色谱柱，通过RP-C18色谱柱在适当波长下对每种化合物进行类胡萝卜素，维生素C，谷胱甘肽和酚酸的分析。用RP C18和NH2色谱柱通过HPLC分析维生素E和糖，并分别通过FLD和RI检测器进行检测。此外，MSTFA衍生化后，使用Rtx 5DA色谱柱使用GC-FID分析有机酸。结果，开发了定量重要植物代谢物的灵敏分析方法，并在本文中进行了描述。这些方法不仅适用于番茄，但都还表征其他物种的香味相关的和抗氧化的化合物。因此，这些协议可用于指导作物育种的选择。
[背景]代谢组学是其受到关注的其潜在的援助作物育种研究施加生化途径。在番茄育种中，由于消费者对提高作物品质的偏好，抗氧化剂和与风味有关的代谢产物都受到了越来越多的关注。人类无法自己合成抗氧化剂分子; ...
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| Isolation of Lipid Rafts from Cultured Mammalian Cells and Their Lipidomics Analysis
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Author:
Date:
2020-07-05
[Abstract] Lipid rafts are distinct liquid-ordered domains of plasma membranes of most eukaryotic cells providing platform for signaling pathways. Lipid composition of rafts is critical for their structural integrity and for regulation of signaling pathways originating from rafts. Here we provide a protocol to isolate lipid rafts from cultured human and animal cells and comprehensively analyse their lipid composition.
[摘要] [摘要]脂质筏是大多数真核细胞浆膜中独特的液态有序域，为信号传导途径提供平台。脂质筏的脂质组成对其结构的完整性和对源自脂质筏的信号传导途径的调节至关重要。在这里，我们提供了一个协议，从培养的人和动物细胞分离脂质筏，并全面分析其脂质组成。
关键词脂质筏，脂质，脂质组学，胆固醇，膜
[背景]脂质筏是细胞膜中独特的富含胆固醇和鞘氨醇的结构，浸入液态无序的周围膜中(Lingwood和Simons，2010年)。它们提供了一个"坚实"的平台，在空间上组织各种信号传导途径的元素，以及外泌和内吞机制。脂筏的功能特性由脂筏脂质和蛋白质之间的相互作用决定。脂筏脂质组成的变化，无论是生理性的还是病理性的，都会对源自脂筏的途径的活性产生惊人的后果，并代表了其调节的一个重要的、未被充分重视的层面。脂质筏的分离因其动态性和异质性而变得复杂。基于它们对洗涤剂的抵抗力的筏子分离的方法一直受到批评（高斯 et al., 2005)。在这里，我们描述了一个无洗涤剂的方法，用于分离脂筏和建立他们的脂质组成，使用综合脂质组学分析。最近发表了一个使用该协议的例子（Mukhamedova等人，2019）。
第一部分：脂质筏的分离
下面描述的协议是用来从RAW ...
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| Identification of Buffer Conditions for Optimal Thermostability and Solubility of Herpesviral Protein UL37 Using the Thermofluor Assay
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Author:
Date:
2020-06-20
[Abstract] Structural and biochemical studies of proteins require high amounts of stable, purified proteins. Protein stability often depends on the buffer composition, which includes pH and concentration of salts or other solutes such as glycerol, hence an efficient method for identifying optimal buffer conditions for stability would minimize time and resources used for protein purification and further studies. This protocol describes the use of the Thermofluor assay, in combination with a custom 24-condition screen, to identify buffer conditions that increase protein thermostability, using the conserved herpesviral protein UL37 as an example. Detailed instructions on screen conditions, running the Thermofluor MATLAB script, and analyzing the data are provided. In comparison to circular dichroism ...
[摘要] [摘要]蛋白质的结构和生化研究需要大量稳定、纯化的蛋白质。蛋白质的稳定性通常取决于缓冲液的组成，其中包括pH值和盐或其他溶质（如甘油）的浓度，因此，确定最佳缓冲液稳定性条件的有效方法可以将用于蛋白质纯化和进一步研究的时间和资源减至最少。本协议描述了使用热氟分析，结合自定义的24条件筛选，以确定缓冲条件，增加蛋白质热稳定性，使用保存的疱疹病毒蛋白UL37为例。详细说明了屏幕条件，运行Thermofluor的MATLAB脚本，并对数据进行了分析。与圆二色谱法（CD）相比，缓冲屏结合热荧光分析法为蛋白质热稳定性分析提供了一种快速、信息量大的方法。
[背景]蛋白UL37在疱疹病毒的生命周期中具有多种功能，是高效病毒复制所必需的。作为病毒膜的一个组成部分——夹在包含衣壳和脂质膜的基因组之间的一层——UL37不仅是病毒组装所必需的（Desai等人，2001年；Jambunathan等人，2014年），而且也是有效的衣壳运输（Leege等人，2009年）、神经入侵（Richards等人，2017年）和对抗宿主天然免疫应答（Liu等人，2008；Zhao等人，2016）。要更好地理解其多功能性的本质，就需要对其结构和生化特性有详细的了解，而这又需要性能良好的纯化蛋白质。
不同UL37结构体的初始制备在溶解度、单分散性和纯化蛋白的产率方面存在差异，使得蛋白制备不一致，进一步的表征也不可重现。由于缓冲优化是解决这些问题的直接方法，我们开发了一种24条件筛选法，可以改变缓冲剂、pH值以及NaCl和甘油的浓度，并将其与热氟分析法结合使用（Phillips等人，2011年），以确定最大限度提高热稳定性的缓冲条件。UL37的N端和C端具有可变的平均热稳定性和最佳缓冲条件（图1，表1）。然而，在所有情况下，提高蛋白质稳定性的条件也提高了蛋白质的溶解度，最终提高了纯化蛋白质的产量，从而促进了下游的生化特性。 ...
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