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RNase Zap

Company: Thermo Fisher Scientific
Catalog#: AM9780
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Host-regulated Hepatitis B Virus Capsid Assembly in a Mammalian Cell-free System
Author:
Date:
2018-04-20
[Abstract]  The hepatitis B virus (HBV) is an important global human pathogen and represents a major cause of hepatitis, liver cirrhosis and liver cancer. The HBV capsid is composed of multiple copies of a single viral protein, the capsid or core protein (HBc), plays multiple roles in the viral life cycle, and has emerged recently as a major target for developing antiviral therapies against HBV infection. Although several systems have been developed to study HBV capsid assembly, including heterologous overexpression systems like bacteria and insect cells, in vitro assembly using purified protein, and mammalian cell culture systems, the requirement for non-physiological concentrations of HBc and salts and the difficulty in manipulating host regulators of assembly presents major limitations ... [摘要]  乙型肝炎病毒(HBV)是一种重要的全球人类病原体,并且是肝炎,肝硬化和肝癌的主要原因。 HBV衣壳由单个病毒蛋白的多个拷贝组成,衣壳或核心蛋白(HBc)在病毒生命周期中起着多重作用,并且最近已经成为开发抗HBV病毒疗法的主要靶标。尽管已经开发了几种用于研究HBV衣壳组装的系统,包括异源过表达系统如细菌和昆虫细胞,使用纯化蛋白质和哺乳动物细胞培养系统进行体外组装,但对非生理浓度HBc和盐以及难以操纵装配的宿主调节物在生理相关条件下的衣壳装配的详细研究方面存在主要限制。我们最近开发了基于兔网织红细胞裂解物(RRL)的哺乳动物无细胞系统,其中HBc以生理浓度表达并在近生理条件下组装成衣壳。该系统已经揭示了HBc装配要求,这是以前装配系统所不能预料的。此外,该系统中的衣壳组装受可容易操作的内源宿主因子调控。在这里,我们提供了这种无细胞衣壳装配系统的详细协议,包括如何操纵调节装配的宿主因子的说明。

【背景】乙型肝炎病毒(HBV)是一种重要的全球人类病原体,其长期感染全世界数以亿计的人并且代表病毒性肝炎,肝硬化和肝癌的主要原因(Seeger等人, 2013; Trepo et。,2014)。 HBV通过逆转录RNA中间体(所谓的前基因组RNA(pgRNA))在核衣壳内(NC)复制其基因组DNA(一种宽松的环状部分双链DNA(RC ...

Isolation of Nuclei in Tagged Cell Types (INTACT), RNA Extraction and Ribosomal RNA Degradation to Prepare Material for RNA-Seq
Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract]  Gene expression is dynamically regulated on many levels, including chromatin accessibility and transcription. In order to study these nuclear regulatory events, we describe our method to purify nuclei with Isolation of Nuclei in TAgged Cell Types (INTACT). As nuclear RNA is low in polyadenylated transcripts and conventional pulldown methods would not capture non-polyadenylated pre-mRNA, we also present our method to remove ribosomal RNA from the total nuclear RNA in preparation for nuclear RNA-Seq. [摘要]  基因表达在多个水平上动态调节,包括染色质可及性和转录。 为了研究这些核调节事件,我们描述了我们用净化细胞核(INTACT)纯化细胞核的方法。 由于核RNA在聚腺苷酸化转录物中低并且常规下拉方法不会捕获非聚腺苷酸化前mRNA,所以我们还提出了我们的方法以从核RNA总RNA中去除核糖体RNA以准备核RNA-Seq。

【背景】分离用于基因表达实验的特定细胞类型降低了噪音并提高了实验的精确度和发现的不同表达基因的数量。用于细胞类型特异性研究的各种方法被广泛使用,每种方法都有其优点和缺点(Bailey-Serres,2013年综述)。分离特定的调控区室,如细胞核(来自细胞器,核糖体,细胞质,等等)可以进一步精确解析调控基因表达的分子事件。在这里,我们描述了一种方法,可以从冷冻组织中分离特定细胞类型的细胞核,适用于研究核基因表达的实验(例如,核RNA的RNA-Seq,ATAC-Seq,ChIP -Seq,等。)。此外,我们描述了RNA的处理,导致材料适合作为RNA-Seq实验的输入。这里描述的方案与水稻根组织(日本野生稻栽培品种日本晴)(Reynoso等人,2018年)一起使用,但是它们基于以前开发的方案, (拟订和Henikoff,2010年和2011年)和番茄(罗恩等人,2014年)。

该协议的第一部分,INTACT方法(用于标记特定细胞类型的核的分离)允许体内亲和标记和随后从感兴趣的细胞类型中纯化细胞核。这是通过由包膜靶向结构域,GFP和生物素连接酶识别肽(BLRP)组成的三联核标签融合蛋白(NTF)的细胞类型特异性表达实现的。 ...

RNA Purification from the Unicellular Green Alga, Chromochloris zofingiensis
Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract]  Chromochloris zofingiensis is a unicellular green alga that is an emerging model species for studies in fields such as biofuel production, ketocarotenoid biosynthesis and metabolism. The recent availability of a high-quality genome assembly facilitates systems-level analysis, such as RNA-Seq. However, cells of this alga have a tough cell wall, which is a challenge for RNA purification. This protocol was designed specifically to breach the cell wall and isolate high-quality RNA suitable for RNA-Seq studies. [摘要]  Chromochloris zofingiensis 是一种单细胞绿藻,是生物燃料生产,酮类胡萝卜素生物合成和代谢等领域研究的新兴模式物种。 最近获得的高质量基因组组装便于系统级分析,如RNA-Seq。 然而,这种藻类的细胞具有坚韧的细胞壁,这对于RNA纯化来说是一个挑战。 该方案专门设计用于破坏细胞壁并分离适合RNA-Seq研究的高质量RNA。

【背景】Chromochloris zofingiensis 是一种来自叶绿体谱系的小型单细胞绿藻(Dönz,1934)。此前,该物种在文献中已被描述为属于Muriella ,小球藻和 Mychonastes (Fučíková和Lewis,2012)。 C中有强烈的经济利益。因为它能够生产大量用于生物燃料的脂质,并且显示有望成为具有商业价值的营养制品虾青素的来源(Breuer等人,2012; Mulders等人。,2014; Liu et。,2016)。最近,发布了高质量的染色体水平的基因组组装和附带的注释,这有助于系统水平分析,如RNA-Seq(Roth等人,2017)。以下方案被设计为从液体培养物中产生高度纯化的总RNA,包括miRNA。 zofingiensis 适合RNA-Seq。 ℃。 zofingiensis 细胞受坚固细胞壁的保护,该细胞壁被设计为穿透。该方案的起始材料可以高达2.5×10 ...

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