| Dual Fluorescence Reporter Based Analytical Flow Cytometry for miRNA Induced Regulation in Mammalian Cells
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] MicroRNA-induced gene regulation is a growing field in basic and translational research. Examining this regulation directly in cells is necessary to validate high-throughput data originated from RNA sequencing technologies. For this several studies employ luciferase-based reporters that usually measure the whole cell population, which comes with low resolution for the complexity of the miRNA-induced regulation. Here, we provide a protocol using a dual-fluorescence reporter and flow cytometry reaching single cell resolution; the protocol contains a simplified workflow that includes: vector generation, data acquisition, processing, and analysis using the R environment. Our protocol enables high-resolution measurements of miRNA induced post-transcriptional gene regulation and combined with ...
[摘要] MicroRNA诱导的基因调控是基础和转化研究中不断增长的领域。 直接在细胞中检查该调节对于验证源自RNA测序技术的高通量数据是必要的。 对于这一研究，一些研究采用基于荧光素酶的报告基因，通常测量全细胞群，其具有低分辨率的miRNA诱导调节的复杂性。 在这里，我们提供使用双荧光报告基因和流式细胞仪达到单细胞分辨率的方案; 该协议包含一个简化的工作流程，包括：使用R环境进行矢量生成，数据采集，处理和分析。 我们的协议可实现miRNA诱导的转录后基因调控的高分辨率测量，并结合系统生物学，可用于估计miRNA的熟练程度。
【背景】MicroRNAs（miRNA）是高度保守的小型非蛋白质编码RNA（21-22nt），可调节转录后基因表达并调节基因生物学过程，如发育和细胞稳态（Lagos-Quintana et al。，2001; Fabian et al。，2010; Bartel，2018），包括miRNA表达与肿瘤进展和侵袭性相关的几种病理（Lu et al。， 2005; Di Leva和Croce，2013; Krishnan et al。，2015; Bertoli et ...
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| Measurement of TLR4 and CD14 Receptor Endocytosis Using Flow Cytometry
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] After recognizing extracellular bacterial lipopolysaccharide (LPS), the toll-like receptor 4 (TLR4)-CD14 signaling complex initiates two distinct signaling pathways–one from the plasma membrane and the other from the signaling endosomes (Kagan et al., 2008). Understanding the early stages of TLR4 signal transduction therefore requires a robust and quantitative method to measure LPS-triggered TLR4 and CD14 receptor endocytosis, one of the earliest events of LPS detection. Here, we describe a flow cytometry-based method that we used recently to study the role of the ion channel TRPM7 in TLR4 endocytosis (Schappe et al., 2018). The assay relies on stimulating the cells with LPS and measuring the cell surface levels of TLR4 (or CD14) at various time points using flow ...
[摘要] 在识别细胞外细菌脂多糖（LPS）后，Toll样受体4（TLR4）-CD14信号传导复合物启动两种不同的信号传导途径 - 一种来自质膜，另一种来自信号传导内体（Kagan 等。，2008）。因此，了解TLR4信号转导的早期阶段需要一种稳健且定量的方法来测量LPS触发的TLR4和CD14受体内吞作用，这是LPS检测中最早发生的事件之一。在这里，我们描述了一种基于流式细胞术的方法，我们最近用它来研究离子通道TRPM7在TLR4内吞作用中的作用（Schappe et al。，2018）。该测定依赖于用LPS刺激细胞并使用流式细胞术在不同时间点测量TLR4（或CD14）的细胞表面水平。尽管我们详细描述了来自鼠骨髓来源的巨噬细胞的TLR4和CD14的方法，但它可以很容易地适应于在各种其他信号传导环境中评估受体内吞作用。
【背景】先天免疫细胞，包括巨噬细胞和树突细胞，使用各种模式识别受体（PRR）来调查其环境中的危险和病原体相关分子模式。来自各种亚细胞区室的PRR的贩运和信号传导实现了更广泛的免疫监视，并且已成为先天免疫的重要设计原则（Brubaker et al。，2015）。细菌内毒素LPS的检测高度依赖于TLR4及其共同受体CD14。 TLR4复合物的内吞作用需要CD14，并且对于LPS诱导的巨噬细胞活化是必需的（Zanoni 等人，2011; Tan ...
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| Quantification of Bacterial Polyhydroxybutyrate Content by Flow Cytometry
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] We describe here a detailed protocol for the quantification of the intracellular content of polyhydroxybutyrate (PHB) in a population of bacterial cells by flow cytometry, which is based on a consensus of several previously reported works.
[摘要] 我们在这里描述了通过流式细胞术定量细菌细胞群中的聚羟基丁酸酯（PHB）的细胞内含量的详细方案，其基于几个先前报道的作品的共识。
【背景】在营养物质耗尽和存在可利用的碳源的情况下，可以使用几种细菌（例如，Cupriavidus necator，中华根瘤菌Sinorhizobium meliloti， >假单胞菌（Pseudomonas）开启了聚羟基丁酸酯（PHB）中性聚合物的积累，用于储存碳和还原能力（Jendrossek和Pfeiffer，2014）。定量细菌PHB含量的经典方法基于其初始解聚，随后通过紫外分光光度法或气相色谱定量检测β-羟基丁酸的特定化学衍生物（Law and Slepecky，1961; Braunegg等人， 1978）。最近，荧光染料尼罗红（9-二乙氨基-5H-苯并[α]吩恶嗪-5-酮）（Greenspan和Fowler，1985）将PHB颗粒染色（Müller等人，1993）导致了开发新的快速荧光方法来定量细菌样品中聚合物的含量。随后，将基于尼罗红的PHB染色与流式细胞术偶联使得可以定量细菌群体内单细胞水平的聚合物含量（Gorenflo等人，1999; Kacmar等人2006; Tyo等人，2006; Alves等人，2017; Lagares Jr.等人，， ...
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