| Quantitative Kinetic Analyses of Histone Turnover Using Imaging and Flow Cytometry
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Author:
Date:
2020-09-05
[Abstract] Dynamic histone changes occur as a central part of chromatin regulation. Deposition of histone variants and post-translational modifications of histones are strongly associated with properties of chromatin status. Characterizing the kinetics of histone variants allows important insights into transcription regulation, chromatin maintenance and other chromatin properties. Here we provide a protocol of quantitative and sensitive approaches to test the timing of incorporation and dissociation of histones using a two-color SNAP-labeling system, labelling pre-existing and newly-incorporated histones distinctly. Together with cell cycle synchronization methods and cell cycle markers, this approach enables a pulse-chase analysis to determine the turnover of histone variants during the cell cycle, ...
[摘要] [摘要] 动态的组蛋白变化是染色质调节的核心部分。组蛋白变体的沉积和组蛋白的翻译后修饰与染色质状态的属性密切相关。表征组蛋白变体的动力学特性可为深入了解转录调控，染色质维持和其他染色质特性提供重要信息。在这里，我们提供了一种定量和敏感方法的协议，以使用双色SNAP标记系统测试组蛋白的结合和解离时间，分别标记预先存在的和新结合的组蛋白。结合细胞周期同步方法和细胞周期标志物，这种方法可以进行脉冲追踪分析，以确定在细胞周期内使用成像或流式细胞仪方法以单细胞分辨率检测到的组蛋白变体的周转率。除了测试整体组蛋白更新，还可以使用成像方法解决组蛋白变体的细胞周期依赖性细胞定位。
[背景] 染色质重塑是真核细胞众多基本细胞活动的一部分（Geiman 和Robertson，2002；Clapier 和Cairns ，2009）。转录因子和RNA聚合酶的可及性通常与DNA甲基化和染色质状态的变化相关，包括可及性，翻译后的组蛋白修饰和组蛋白变体的沉积。组蛋白变体差异性地调节调节发育，细胞分化或其他生理活动的基因表达（Banaszynski 等，2010）。它们在DNA修复，端粒维护，异染色质形成和染色质分离中也发挥着不同的作用（Henikoff 和Smith，2015； Zink和Hake，2016）。此外，组蛋白变体的掺入失调与癌症有关（Vardabasso et ...
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| High-throughput Flow Cytometry Assay to Investigate TDP43 Splicing Function
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Author:
Date:
2020-04-20
[Abstract] Mutations in RNA-binding proteins (RBPs) such as TDP43 are associated with transcriptome-wide splicing defects and cause severe neurodegenerative diseases, including amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD). The impact of RBP mutations on splicing function is routinely studied using PCR-based bulk measurements. However, the qualitative and low-throughput nature of this assay make quantitative and systematic analyses, as well as screening approaches, difficult to implement. To overcome this hurdle, we have developed a quantitative, high-throughput flow cytometry assay to investigate TDP43 splicing function on a single-cell level
[摘要] [摘要 ] TDP43等RNA结合蛋白（RBP）突变与转录组范围的剪接缺陷相关，并引起严重的神经退行性疾病，包括肌萎缩性侧索硬化症（ALS）和额颞痴呆（FTD）。RBP突变对剪接的影响通常使用基于PCR的大量测量方法来研究其功能。但是，该方法的定性和低通量性质使得难以进行定量和系统的分析以及筛选方法。为克服这一障碍，我们开发了定量，高通量流式细胞仪检测单细胞水平的TDP43剪接功能
[背景 ] RNA结合蛋白（RBPs）（例如TDP43）通过协调RNA的稳定性，转运和加工（包括mRNA剪接）来调节转录后基因的调控（Gerstberger 等，2014）。突变和/导致RBP功能受损或聚集与许多神经退行性疾病的病因有关，例如肌萎缩性侧索硬化症（ALS）和额颞痴呆（FTD）（Harrison and Shorter，2017）。值得注意的是，与RBPs相关的ALS相关突变如TDP43可以引起转录组范围的剪接。缺陷，提示RBP剪接功能的失调可能是疾病的关键驱动因素（Arnold 等，2013; Sun 等，2015）。因此，ALS研究的一个重要目标是揭示RBP功能的分子机制，需要实验方法来系统询问RBP剪接功能。
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| High-throughput YO-PRO-1 Uptake Assay for P2X7 Receptors Expressed in HEK Cells
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] P2X7 receptors are extracellular ATP-gated ion channels that play broad physiological and pathological roles in animals (Sluyter, 2017). Activation of P2X7 receptors lead to the opening of membrane channels permeable for small cations like Na+ and Ca2+ as well as fluorescent dyes such as YO-PRO-1 (Alves et al., 2014). Taking advantage of this dye-permeability, YO-PRO-1 uptake assays have been widely used to probe P2X7 receptor activity (Surprenant et al., 1996; Rassendren et al., 1997; Karasawa et al., 2017). Here we describe a step by step protocol for a high-throughput YO-PRO-1 uptake assay using HEK293 cells expressing P2X7 receptors. This 3-day protocol is particularly suited for examining effects of small molecules and ...
[摘要] P2X7受体是细胞外ATP门控离子通道，在动物中发挥广泛的生理和病理作用（Sluyter，2017）。 P2X7受体的激活导致膜通道的开放可渗透小阳离子如Na + 和Ca 2 + 以及荧光染料如YO-PRO-1（Alves） et al。，2014）。 利用这种染料渗透性，YO-PRO-1摄取试验已被广泛用于探测P2X7受体活性（Surprenant et al。，1996; Rassendren et al。 ，1997; Karasawa et al。，2017）。 在这里，我们描述了使用表达P2X7受体的HEK293细胞进行高通量YO-PRO-1摄取测定的逐步方案。 这个为期3天的方案特别适用于检查小分子和突变对P2X7受体功能的影响。 该协议改编自我们之前发表的论文（Karasawa和Kawate，2016）。
【背景】P2X7受体打开可渗透阳离子的膜通道（Surprenant et al。，1996; Sluyter，2017）。虽然电生理学仍然是量化P2X7受体活性的金标准，但这种专门技术可能并不容易获得。此外，电生理学不适合高通量筛选，因为每次记录需要大量的时间和操作。因此，荧光分子的摄取是一种广泛使用的替代方法，特别是用于筛选多种条件/突变体（Cankurtaran-Sayar et al。，2009; Qu et al。 ...
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