| Analyzing the Quenchable Iron Pool in Murine Macrophages by Flow Cytometry
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Author:
Date:
2020-03-20
[Abstract] Tissue-resident macrophages are pivotal for a tightly-regulated iron metabolism at a cellular and systemic level, since subtle iron alterations increase the susceptibility for microbial infections or drive multiple diseases. However, research on cellular iron homeostasis in macrophages remains challenging due to the limited amount of available methods using radioactive 59Fe isotopes or strong iron chelators, which might be inapplicable in certain experimental settings. This protocol describes the analysis of the quenchable iron pool (QIP) in macrophages by loading these cells with exogenous iron-complexes. Thereby, the cytoplasmic iron pool can be determined, since the iron uptake ability of macrophages inversely correlates with intracellular iron levels. Thus, this assay ...
[摘要] [摘要 ] 驻留在组织中的巨噬细胞对于在细胞和全身水平上严格调节铁代谢至关重要，因为细微的铁改变会增加对微生物感染的敏感性或引发多种疾病。然而，由于使用放射性59 Fe同位素或强铁螯合剂的可用方法数量有限，因此巨噬细胞中细胞铁稳态的研究仍然具有挑战性，这在某些实验环境中可能不适用。该协议 描述了通过向这些细胞加载外源铁配合物来分析巨噬细胞中的可淬灭铁池（QIP）。因此，由于巨噬细胞的铁摄取能力与细胞内铁水平成反比，因此可以确定细胞质的铁库。因此，该测定法能够准确分析细胞质铁通量的微小变化，并且几乎适用于所有实验室环境。另外，该方案还可以用于体外和体内的其他免疫细胞类型。
[背景 ] 由于用于全身铁代谢它们的中心调节功能，在多种组织中的巨噬细胞中迅速地改变在不同的刺激的遭遇它们的细胞内的铁水平的微生物感染和疾病（Nairz 等人，2017） 。值得注意的是，大多数细胞中的铁离子被细胞质中的主要铁存储蛋白铁蛋白结合或定位于线粒体或溶酶体等区室（Ma 等，2015 ; Soares和Hamza，2016 ...
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| Isolation and Culture of Mouse Lung ILC2s
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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] Group 2 Innate Lymphoid Cells (ILC2) play an important role in immune responses at barrier surfaces, notably in the lung during airway allergic inflammation or asthma. Several studies have described methods to isolate ILC2s from wild-type naive mice, most of them using cell sorting to obtain a pure population. Here, we describe in detail, a simple, efficient method for isolation and culture of lung mouse ILC2s. Lungs from Rag2-/- mice pretreated with IL-33 are collected and processed into single cell suspensions. Lymphoid cells are then recovered by density gradient separation. Lin-CD45+ cells are selected by depletion of lineage positive cells followed by positive selection of CD45+ cells. Culture of the isolated cells for several days ...
[摘要] 第2组先天性淋巴细胞（ILC2）在屏障表面，特别是在气道过敏性炎症或哮喘期间的肺中的免疫应答中起重要作用。一些研究已经描述了从野生型幼稚小鼠中分离ILC2的方法，其中大多数使用细胞分选来获得纯种群。在这里，我们详细描述了一种简单有效的肺小鼠ILC2分离和培养方法。收集用IL-33预处理的 Rag2 - / - 小鼠的肺并加工成单细胞悬浮液。然后通过密度梯度分离回收淋巴样细胞。通过耗尽谱系阳性细胞然后阳性选择CD45 + 细胞来选择Lin - CD45 + 细胞。将分离的细胞培养数天导致高度纯化的ILC2群体表达典型的细胞表面标志物（CD90.2，Sca1，CD25，CD127和IL-33R）。这些细胞可在培养物中扩增长达10天，并用于多种离体测定或体内过继转移实验。
【背景】第2组先天性淋巴细胞（ILC2）是组织驻留细胞，其在抗寄生虫先天免疫以及过敏性炎症的发展中起关键作用。它们通过产生大量的2型细胞因子IL-5和IL-13对上皮细胞衍生的细胞因子如白细胞介素-33（IL-33）起反应，后者又诱导嗜酸性粒细胞增多和粘液产生（Cayrol和Girard，2018）。为了更好地表征这些细胞的功能和调节，许多组通过荧光激活细胞分选（FACS）从野生型小鼠（WT）的肺中分选ILC2。由于稳定状态下肺中存在的ILC2数量较少，因此该方法导致纯化细胞的产量较低（每只小鼠1×10 ...
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| Bacterial Microcolonies in Gel Beads for High-throughput Screening
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] High-throughput screening of a DNA library expressed in a bacterial population for identifying potentially rare members displaying a property of interest is a crucial step for success in many experiments such as directed evolution of proteins and synthetic circuits and deep mutational scanning to identify gain- or loss-of-function mutants.
Here, I describe a protocol for high-throughput screening of bacterial (E. coli) microcolonies in gel beads. Single cells are encapsulated into monodisperse water-in-oil emulsion droplets produced with a microfluidic device. The aqueous solution also contains agarose that gelates upon cooling on ice, so that solid gel beads form inside the droplets. During incubation of the emulsion, the cells grow into monoclonal microcolonies ...
[摘要] 在细菌群体中表达的DNA文库的高通量筛选用于鉴定显示感兴趣性质的潜在稀有成员是在许多实验中成功的关键步骤，例如蛋白质和合成回路的定向进化以及用于鉴定增益的深度突变扫描 - 或功能丧失的突变体。
在这里，我描述了一种用于高通量筛选凝胶珠中细菌（大肠杆菌）微菌落的方案。将单细胞包封成用微流体装置产生的单分散油包水乳液液滴。水溶液还含有琼脂糖，其在冰上冷却时凝胶化，从而在液滴内部形成固体凝胶珠。在乳液温育期间，细胞在珠内生长成单克隆微菌落。在从乳液中分离凝胶珠并通过荧光激活细胞分选（FACS）分选后，从凝胶珠中回收细菌，然后准备进行进一步的分选，诱变或分析。为了通过FACS分类，该方案需要荧光读数，例如荧光报告蛋白的表达。测量微小菌落的平均荧光信号降低了高表型细胞间变异性的影响，并且与单细胞分选相比提高了灵敏度。我们应用这种方法在ON和OFF状态下对pBAD启动子文库进行分类（Duarte et al。，2017）。
【背景】荧光激活细胞分选（FACS）具有> 10 7 事件/ h的无与伦比的筛选通量（Davies，2012）。然而，通过FACS根据其荧光分选单个细胞以筛选合成回路的文库（Schaerli和Isalan，2013）经常受到高表型细胞间变异性的阻碍。或者，可以对水凝胶珠中所含的小细胞集落（微集落）进行分类（Weaver ...
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