| Purification of Rice Stripe Virus
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Author:
Date:
2020-03-20
[Abstract] Although many spherical and rod-shaped plant virus purification protocols are now available, only a few protocols on filamentous plant virus purification have been published. Here, we report a protocol for large-scale purification of Rice stripe virus (RSV) from RSV-infected rice tissues. RSV virions with high infectivity were first precipitated with polyethylene glycol (PEG) followed by pelleting through primary ultracentrifugation, ultracentrifugation in a glycerol cushion and ultracentrifugation in density gradient. The purified RSV virions can not only be viewed as filamentous particles under an electron microscope, but can also be acquired by insect vector through direct injection into insect body or through membrane feeding prior to transmission to rice plants.
[摘要] [摘要 ] 尽管现在可以使用许多球形和杆状植物病毒的纯化方案，但有关丝状植物病毒纯化的协议却只有少数。在这里，我们提出一个协议水稻的大规模纯化小号牛肚v IRUS 从RSV感染的水稻组织（RSV）。首先用聚乙二醇（PEG）沉淀具有高感染力的RSV 病毒颗粒，然后通过一次超速离心，在甘油垫层中超速离心和密度梯度超速离心沉淀。纯化的RSV 病毒体不仅可以在电子显微镜下观察为丝状颗粒，而且还可以通过昆虫载体直接注入昆虫体内或在送入水稻之前通过膜饲喂获得。
[背景 ] 许多purificatio n，用于球形和棒状病毒协议已被发表（安德烈é 等人，2002; BALKE 。等人，2018） 。这些协议都依赖于化学沉淀或密度梯度离心。但是，丝状病毒的纯化方案目前受到限制。
大米小号肚v 病毒属（RSV）是负链RNA病毒，属于属纤细病毒，订单Bunyavirales 。在许多东亚国家，RSV经常对水稻生产造成严重损害（Whitfield 等，2015； Liu 等，2018）。与生产球状和包膜病毒体的Bunyavirales 顺序中的其他成员不同，RSV 病毒体是丝状的。然而，RSV基因组编码在纯化的RSV 病毒体中未发现的糖蛋白（Toriyama，19 86； Lu 等人，2019）。已知RSV ...
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| ChIP-seq Experiment and Data Analysis in the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
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Date:
2018-06-20
[Abstract] Nitrogen is an essential nutrient for all living organisms. In cyanobacteria, a group of oxygenic photosynthetic bacteria, nitrogen homeostasis is maintained by an intricate regulatory network around the transcription factor NtcA. Although mechanisms controlling NtcA activity appear to be well understood, the sets of genes under its control (i.e., its regulon) remain poorly defined. In this protocol, we describe the procedure for chromatin immunoprecipitation using NtcA antibodies, followed by DNA sequencing analysis (ChIP-seq) during early acclimation to nitrogen starvation in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 (hereafter Synechocystis). This protocol can be extended to analyze any DNA-binding protein in cyanobacteria for which suitable antibodies ...
[摘要] 氮是所有生物体的必需营养素。 在蓝细菌中，一组含氧光合细菌通过围绕转录因子NtcA的错综复杂的调节网络维持氮稳态。 尽管控制NtcA活性的机制似乎已被很好地理解，但其控制下的基因集（即它的调节子）仍然没有很好的定义。 在该协议中，我们描述了使用NtcA抗体进行染色质免疫沉淀的过程，随后在蓝藻Synechocystis sp。早期适应氮饥饿期间进行DNA测序分析（ChIP-seq）。 PCC 6803（以下简称<集气囊）。 该协议可以扩展到分析蓝细菌中存在合适抗体的任何DNA结合蛋白。
【背景】为了维持体内平衡，细菌经常需要响应环境变化来调整基因表达。许多这些调整是由转录因子（TF）控制的，这些转录因子可以感知代谢信号并激活或抑制目标基因。然而，反映传统上费力的任务来表征TFs在体内的活性和范围，我们对它们在细菌中的结合位点的了解仍然有限。直到最近，染色质免疫沉淀与高通量测序分析的结合为快速确定基因组水平调节子打开了大门。特别是，ChIP-seq使用下一代测序（NGS）的能力来并行识别大量DNA序列。与微阵列相比，ChIP-seq的一个有吸引力的特征是对某些区域如启动子序列没有限制，并且可以研究整个基因组的TF结合位点。
在蓝细菌中，氮同化和代谢的全球调节剂是NtcA，属于CRP（cAMP受体蛋白）家族的TF（Herrero等人，2001）。在集胞蓝细菌中，NtcA通过将二聚体结合至包含共有序列GTAN ...
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| Total RNA Extraction from Dinoflagellate Symbiodinium Cells
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2018-06-05
[Abstract] Dinoflagellates are unicellular algae that can have photosynthetic or nonphotosynthetic lifestyles. Dinoflagellates in the genus Symbiodinium can enter endosymbiotic associations with corals, providing the metabolic basis for the highly productive and biologically diverse coral-reef ecosystems (Hoegh-Guldberg, 1999), as well as with other cnidarians, including sea anemones and jellyfish, and non-cnidarian hosts (Trench, 1993; Lobban et al., 2002; Mordret et al., 2016).
Here, I describe a protocol for isolating total RNA from Symbiodinium cells.
[摘要] 鞭毛藻是单细胞藻类，可以有光合或非光合生活方式。 Symbiodinium属中的甲藻类可以与珊瑚进入内共生关系，为高生产力和生物多样性珊瑚礁生态系统提供代谢基础（Hoegh-Guldberg，1999），以及其他的cnidarians，包括 海葵和海蜇，以及非刺猬寄主（Trench，1993; Lobban等人，2002; Mordret等人，2016）。
在这里，我描述了从Symbiodinium细胞中分离总RNA的方案。
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