| Low-cost and High-throughput RNA-seq Library Preparation for Illumina Sequencing from Plant Tissue
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Author:
Date:
2020-10-20
[Abstract] Transcriptome analysis can provide clues to biological processes affected in different genetic backgrounds or/and under various conditions. The price of RNA sequencing (RNA-seq) has decreased enough so that medium- to large-scale transcriptome analyses in a range of conditions are feasible. However, the price and variety of options for library preparation of RNA-seq can still be daunting to those who would like to use RNA-seq for their first time or for a single experiment. Among the criteria for selecting a library preparation protocol are the method of RNA isolation, nucleotide fragmentation to obtain desired size range, and library indexing to pool sequencing samples for multiplexing. Here, we present a high-quality and a high-throughput option for preparing libraries from ...
[摘要] [摘要] 转录组分析可以为不同遗传背景或不同条件下的生物学过程提供线索。RNA测序（RNA-seq）的价格已经下降到足够低的程度，因此在各种条件下进行中大规模转录组分析是可行的。然而，对于那些希望第一次使用RNA-seq或进行单个实验的人来说，RNA-seq库制备的价格和各种选择仍然是令人望而生畏的。选择文库制备方案的标准包括RNA分离方法、核苷酸片段化以获得所需的大小范围，以及文库索引以汇集测序样本进行多路复用。在这里，我们提出了一个高质量和高通量的选择，从多聚腺苷酸mRNA制备文库用于转录组分析。高质量和高通量的方案选择都包括通过磁珠使poly-A尾部沉淀，cDNA合成，然后通过Tn5介导的“标记”同时裂解和添加适配器的步骤。该方案的所有步骤均已通过拟南芥叶片和幼苗组织的验证，并简化为协同工作，在资金和时间上成本最低，因此旨在为转录组分析提供一个初学者友好的从开始到完成的RNA序列库制备。
[背景] 通过Southern印迹、expressed sequence ...
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| Using Seed Chipping to Genotype Maize Kernels
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Author:
Date:
2020-03-20
[Abstract] Zea mays (maize) is an important model organism for studying monocot growth and development. Genotyping maize in the greenhouse or field can be time consuming and costly. Here, we describe a method to remove or chip a small amount of the endosperm from a maize kernel to genotype the kernel prior to planting. The seed chip is removed with a razor blade for DNA extraction and subsequent genotyping. When done correctly, seeds germinate normally and the kernel genotype can be determined before planting thus saving time, money, and field space.
[摘要] [摘要] 玉米玉米（玉米） 是一种重要的模式生物的研究单子叶植物的生长和发育。基因分型玉米中的温室或字段可以是时间消耗和昂贵的。在这里，我们描述了一个方法来去除或芯片一个小数额的的胚乳从一个玉米的内核，以基因型 该内核之前以种植。所述种子芯片被除去与一个剃刀刀片用于DNA 提取和随后的基因分型。当完成正确，种子发芽正常，并在内核基因型可以被确定之前播种从而节省了时间，金钱，和现场的空间。
[背景 ] 玉米是一个农业重要的作物是被种植在整个的世界。它具有许多用途，包括人类消费，动物饲料，和乙醇生产（Ranum 等人，2014） 。玉米是也是一个有用的模型用于研究一个宽范围的生物学问题，包括植物驯化，单子叶植物的生长和发育，病虫害抗性，以及基因组进化（Strable 和斯坎伦，2009） 。尽管玉米有许多科学和工业用途，这是一个大工厂是需要显著空间中任意一个温室或田间到增长。在除了对所述成本的保持一个温室或田间，相当大的努力是需要以执行涉及交叉和收集植物材料用于基因分型和其他分析。由于到这些因素，将能以基因型玉米内核之前以种植是有价值的。这个协议描述的过程的种子碎裂，其中一个小片的胚乳被除去与一个剃刀刀片以被用于对DNA 提取和基因分型。这个协议是一个修饰的一个方法，其中内核是浸泡在水中之前到碎裂（高等人，2008） ...
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