Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] Since the first discovery of badnaviruses (family Caulimoviridae, genus Badnavirus) in yam (Dioscorea spp.) germplasm in the 1970s (Harrison and Roberts, 1973), several hundred partial badnavirus reverse transcriptase (RT)-ribonuclease H (RNaseH) sequences have been characterised (Kenyon et al., 2008; Bousalem et al., 2009), but only a few complete Dioscorea bacilliform virus (DBV) genome sequences have been reported (Phillips et al., 1999; Seal and Muller, 2007; Bömer et al., 2016 and 2017; Sukal et al., 2017; Umber et al., 2017). We have optimised a workflow involving total nucleic acid extractions and rolling circle amplification (RCA) combined with restriction enzyme analysis for the detection ...
[摘要] 自二十世纪七十年代山药(Dioscorea spp。)种质中首次发现坏病毒属(家庭花椰菜科,属于病毒属)之后(Harrison和Roberts, 1973),已经表征了数百个部分坏死病毒逆转录酶(RT) - 核糖核酸酶H(RNaseH)序列(Kenyon等人,2008; Bousalem等人,2009年),但仅有少数几种完整的Dioscorea杆状病毒(DBV)基因组序列已被报道(Phillips等,1999; Seal和Muller,2007;Bömer等, 2016和2017; Sukal等人,2017; Umber等人,2017)。我们优化了总核酸提取和滚环扩增(RCA)结合限制性酶分析的工作流程,以检测和扩增山药种质中存在的DBV。我们已经使用这种方法成功地揭示了三种新型附加体阴性坏死病毒(Bömer等人,2016年)。我们提出这是变性梯度凝胶电泳的补充方法,其能够快速指示坏死病毒多样性以及在宿主基因组中鉴定潜在整合的坏死病毒序列(Turaki等人,2017年) )。在这里,我们描述了一步一步的方案来筛选山药种质的坏死病毒感染使用RCA作为一个有效的研究工具,在扩增和表征的新型坏死病毒基因组。
【背景】RCA是经常用于扩增环状DNA病毒基因组的序列无关的策略(Rector等人,2004)。 Phi29聚合酶介导的RCA技术用于(i)检测新型病毒; ...
|
Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract] The advent of single cell genomics and the continued use of metagenomic profiling in diverse environments has exponentially increased the known diversity of life. The recovered and assembled genomes predict physiology, consortium interactions and gene function, but experimental validation of metabolisms and molecular pathways requires more directed approaches. Gene function–and the correlation between phenotype and genotype is most obviously studied with genetics, and it is therefore critical to develop techniques permitting rapid and facile strain construction. Many new and candidate archaeal lineages have recently been discovered, but experimental, genetic access to archaeal genomes is currently limited to a few model organisms. The results obtained from manipulating the genomes of ...
[摘要] 单细胞基因组学的出现以及在不同环境中宏基因组分析的持续使用已经成倍地增加了已知的生命多样性。恢复和组装的基因组预测生理,财团相互作用和基因功能,但代谢和分子途径的实验验证需要更直接的方法。基因功能 - 表型和基因型之间的相关性用遗传学得到最明显的研究,因此开发允许快速和容易地构建应变的技术是至关重要的。最近已经发现了许多新的和候选的古细菌谱系,但是对古细菌基因组的实验性,遗传途径目前仅限于一些模式生物。操纵这些基因可获得的生物的基因组所获得的结果已经对我们对古菌生理和信息处理系统的理解产生了深远的影响,这些持续的研究也有助于解决生命树的系统发育重建。超嗜热,浮游,海洋异养古细菌Thermococcus kodakarensis已经成为理想的遗传系统,其具有一系列可用于增加或减少编码活性的技术或修饰基因在体内的表达 。我们在这里概述一些技术,可以快速,无标记地删除单个,或者重复删除几个连续的从 T的序列。 kodakarensis 基因组。我们的程序包括构建转化所必需的质粒DNA的细节,所述质粒DNA通过同源重组指导整合到基因组中,鉴定已经整合了质粒序列的菌株(称为中间菌株)和确认质粒切除,导致最终菌株中的目标基因。可以使用几乎相同的程序来修饰而不是删除基因组基因座。
【背景】古细菌常常在看起来荒凉和迅速变化的环境中繁衍生息。古菌基因组的分析揭示了大量的代谢策略,预测了复杂和高度相互依赖的基因表达的调控网络,并揭示了许多基因,其蛋白质和日益稳定的RNA产物缺乏确定的功能。通过遗传操作挑战现有的和定义新的途径的能力已经辅助了古细菌生理学和信息处理系统的去卷积,并且最近开放了古细菌物种到合成和系统级的方法来定义细胞内和细胞间网络。 ...
|