| Protocol for Isolation, Stimulation and Functional Profiling of Primary and iPSC-derived Human NK Cells
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Author:
Date:
2020-12-05
[Abstract] Natural killer (NK) cells are innate immune cells, characterized by their cytotoxic capacity, and chemokine and cytokine secretion upon activation. Human NK cells are identified by CD56 expression. Circulating NK cells can be further subdivided into the CD56bright (~10%) and CD56dim NK cell subsets (~90%). NK cell-like cells can also be derived from human induced pluripotent stem cells (iPSC). To study the chemokine and cytokine secretion profile of the distinct heterogenous NK cell subsets, intracellular flow cytometry staining can be performed. However, this assay is challenging when the starting material is limited. Alternatively, NK cell subsets can be enriched, sorted, stimulated, and functionally profiled by measuring secreted effector molecules in the supernatant by Luminex. Here, ...
[摘要] [摘要]天然杀伤（NK）细胞是先天性免疫细胞，其特征在于其细胞毒性能力以及活化后的趋化因子和细胞因子分泌。人NK细胞通过CD56表达鉴定。循环的NK细胞可进一步细分为CD56亮（约10％）和CD56暗NK细胞亚群（约90％）。NK细胞样细胞也可以源自人诱导的多能干细胞（iPSC）。为了研究不同的异源NK细胞亚群的趋化因子和细胞因子分泌概况，可以进行细胞内流式细胞仪染色。然而，当起始原料有限时，该测定法具有挑战性。或者，可以通过Luminex测量上清液中分泌的效应子分子来富集，分选，刺激和功能性分析NK细胞亚群。在这里，我们提供了一种快速直接的方案，用于分离和刺激原代NK细胞或iPSC衍生的NK细胞样细胞，并随后检测分泌的细胞因子和趋化因子，这也适用于少量细胞。
[背景]自然杀伤（NK）细胞是先天免疫系统的一部分，提供第一线防御病毒感染和畸形。在人血中，可以基于CD56和CD16表达鉴定出两个不同的NK细胞群体：CD56明亮的CD16 +/-和CD56暗的CD16 + ...
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| Isolation of Nuclei in Tagged Cell Types (INTACT), RNA Extraction and Ribosomal RNA Degradation to Prepare Material for RNA-Seq
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Gene expression is dynamically regulated on many levels, including chromatin accessibility and transcription. In order to study these nuclear regulatory events, we describe our method to purify nuclei with Isolation of Nuclei in TAgged Cell Types (INTACT). As nuclear RNA is low in polyadenylated transcripts and conventional pulldown methods would not capture non-polyadenylated pre-mRNA, we also present our method to remove ribosomal RNA from the total nuclear RNA in preparation for nuclear RNA-Seq.
[摘要] 基因表达在多个水平上动态调节，包括染色质可及性和转录。 为了研究这些核调节事件，我们描述了我们用净化细胞核（INTACT）纯化细胞核的方法。 由于核RNA在聚腺苷酸化转录物中低并且常规下拉方法不会捕获非聚腺苷酸化前mRNA，所以我们还提出了我们的方法以从核RNA总RNA中去除核糖体RNA以准备核RNA-Seq。
【背景】分离用于基因表达实验的特定细胞类型降低了噪音并提高了实验的精确度和发现的不同表达基因的数量。用于细胞类型特异性研究的各种方法被广泛使用，每种方法都有其优点和缺点（Bailey-Serres，2013年综述）。分离特定的调控区室，如细胞核（来自细胞器，核糖体，细胞质，等等）可以进一步精确解析调控基因表达的分子事件。在这里，我们描述了一种方法，可以从冷冻组织中分离特定细胞类型的细胞核，适用于研究核基因表达的实验（例如，核RNA的RNA-Seq，ATAC-Seq，ChIP -Seq，等。）。此外，我们描述了RNA的处理，导致材料适合作为RNA-Seq实验的输入。这里描述的方案与水稻根组织（日本野生稻栽培品种日本晴）（Reynoso等人，2018年）一起使用，但是它们基于以前开发的方案， （拟订和Henikoff，2010年和2011年）和番茄（罗恩等人，2014年）。
该协议的第一部分，INTACT方法（用于标记特定细胞类型的核的分离）允许体内亲和标记和随后从感兴趣的细胞类型中纯化细胞核。这是通过由包膜靶向结构域，GFP和生物素连接酶识别肽（BLRP）组成的三联核标签融合蛋白（NTF）的细胞类型特异性表达实现的。 ...
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