| RNase Sensitivity Screening for Nuclear Bodies with RNA Scaffolds in Mammalian Cells
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Author:
Date:
2017-04-20
[Abstract] The mammalian cell nucleus is highly organized and contains membraneless nuclear bodies (NBs) characterized by distinct resident factors. The NBs are thought to serve as sites for biogenesis and storage of certain RNA and protein factors as well as assembly of ribonucleoprotein complexes. Some NBs are formed with architectural RNAs (arcRNAs) as their structural scaffolds and additional NBs likely remain unidentified in mammalian cells. Here, we describe an experimental protocol to search for new NBs built on certain arcRNAs. RNase-sensitive NBs were identified by monitoring nuclear foci visualized by tagging thousands of human cDNA products.
[摘要] 哺乳动物细胞核高度组织，包含以不同的居民因素为特征的无膜核体（NBs）。 NB被认为是用于某些RNA和蛋白质因子的生物发生和储存的位点以及核糖核蛋白复合物的组装。 一些NB由构建的RNA（arcRNA）形成，作为它们的结构性支架，另外的NB可能在哺乳动物细胞中保持不明。 在这里，我们描述了一个实验协议来搜索建立在某些arcRNA上的新NB。 通过监测通过标记数千个人类cDNA产物可视化的核病灶来鉴定RNase敏感性NB。
【背景】哺乳动物细胞核是高度组织的，由称为核体（NB）的多个不同的亚结构组成。迄今为止，已经将15个NB鉴定为含有各种蛋白质和RNA因子的亚核膜无颗粒结构，其中许多颗粒结构用作特异性RNA，蛋白质和/或核糖核蛋白（RNP）复合物的生物发生，成熟，储存和螯合的位点Mao et al。，2011; Sleeman and Trinkle-Mulcahy，2014）（表1）。
一些NB被构建在称为结构RNA（arcRNA）的特定长非编码RNA（lncRNA）上，其定义为NB的结构核心（Chujo等，2016）。 arcRNA依赖的NB由与arcRNA相互作用的许多RNA结合蛋白组成。最显着的例子是由几种特征性RNA结合蛋白组成的寄生虫斑（Fox等，2002; ...
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| Evaluation of Cross-presentation in Bone Marrow-derived Dendritic Cells in vitro and Splenic Dendritic Cells ex vivo Using Antigen-coated Beads
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Author:
Date:
2016-11-20
[Abstract] Antigen presentation by MHC class I molecules, also referred to as cross-presentation, elicits cytotoxic immune responses. In particular, dendritic cells (DC) are the most proficient cross-presenting cells, since they have developed unique means to control phagocytic and degradative pathways.
This protocol allows the evaluation of antigen cross-presentation both in vitro (by using bone marrow-derived DC) and ex vivo (by purifying CD8+ DC from spleen after incorporation of particulate antigen) using ovalbumin (OVA)-coupled particles. Cross-presentation efficiency is measured by three different readouts: the B3Z hybridoma T cell line (Karttunen et al., 1992) and stimulation of antigen-specific CD8+ T cells (OT-I) (Kurts et al ...
[摘要] 通过MHC I类分子的抗原呈递，也称为交叉呈递，引起细胞毒性免疫应答。特别地，树突细胞（DC）是最熟练的交叉呈递细胞，因为它们已经开发了控制吞噬和降解途径的独特手段。 <此协议允许在体外（通过使用骨髓衍生的DC）和离体（通过纯化CD8 + ）评价抗原交叉呈递。 （OVA）偶联的颗粒后，来自脾脏的DC/DC结合颗粒抗原）。通过三种不同的读数测量交叉呈递效率：B3Z杂交瘤T细胞系（Karttunen等人，1992）和抗原特异性CD8 + T细胞的刺激OT-I）（Kurts等人，1996），在用羧基荧光素琥珀酰亚胺酯（CFSE）标记它们之后分析CD69表达或OT-I增殖的OT-I活化。通过使用这种方法，我们可以最近显示DCs能够在TLR4结合时瞬时增加交叉表达效率（Alloatti等人，2015）。 [背景] 在小鼠中，抗原呈递细胞（APC）能够吸收外源抗原以加工它们，并将源自这些外源抗原的肽加载到主要组织相容性复合体（MHC）I类分子上。肽-MHC I复合物随后被转运到质膜，在那里它们可以呈递到CD8 + T细胞，从而促进T细胞活化，这被称为交叉呈递（Joffre等人， al 。，2012）。在不同的APC中，树突状细胞（DC）在交叉呈递方面表现优异，并且包含表达XCR1标记的不同亚群，其已经显示非常有效地交叉呈递抗原（即CD8 + 来自脾的DC和来自皮肤和肺的CD103 ...
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| In vitro and in vivo Limiting Dilution Assay for Colorectal Cancer
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Author:
Date:
2015-11-20
[Abstract] The in vitro limiting dilution assay is used to determine the colorectal cancer initiating cell (CC-IC) frequency of a CC-IC enriched suspension culture, grown in growth factor enriched serum free media. The in vivo limiting dilution assay is used to determine the colorectal cancer initiating cell frequency of a primary colorectal cancer sample or an established suspension cell line using immunocompromised murine xenograft models. In vitro and in vivo limiting dilution assays (LDAs) can be used to determine the effect of a specific treatment or genetic knockdown strategy on the initiating cell frequency of a population of CC-ICs or colorectal cancer sample, respectively.
[摘要] 体外极限稀释测定法用于测定在富含生长因子的无血清培养基中生长的CC-IC富集悬浮培养物的结肠直肠癌起始细胞（CC-IC）频率。 体内限制性稀释测定法用于使用免疫受损的鼠异种移植物模型确定原发性结肠直肠癌样品或建立的悬浮细胞系的结肠直肠癌起始细胞频率。 可以使用体外和体内有限稀释测定法（LDAs）来确定特定处理或遗传击倒策略对CC- IC或结肠直肠癌样品。
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