| Isolating Multiple Extracellular Vesicles Subsets, Including Exosomes and Membrane Vesicles, from Bovine Milk Using Sodium Citrate and Differential Ultracentrifugation
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Author:
Date:
2020-06-05
[Abstract] Milk is a complex fluid that contains various types of proteins and extracellular vesicles (EVs). Some proteins can mingle with EVs, and interfere with their isolation. Among these proteins, caseins form micelles of a size comparable to milk EVs, and can thus be co-isolated with EVs. Preliminary steps that affect milk are crucial for EV isolation and impact the purity and abundance of isolated EVs. In the course of our previous works on cow’s milk EVs, we found that sodium citrate (1% final), which is a biocompatible reagent capable of breaking down casein micelles into 40-nm monomers, allowed the isolation of high quantities of EVs with low coprecipitation of caseins or other contaminating proteins. Using this protocol, we successfully separated different EV subsets, characterized in ...
[摘要] [摘要 ] 牛奶是一种复杂的流体，其中包含各种类型的蛋白质和细胞外囊泡（EVs），有些蛋白质会与EV混合在一起，并干扰其分离，在这些蛋白质中，酪蛋白形成的胶束大小与牛奶EV相当因此，可以将其与电动汽车共隔离。影响牛奶的初步步骤对于电动汽车的隔离，影响分离电动汽车的纯度和丰度至关重要。在我们以前对牛奶电动汽车的研究过程中，我们发现柠檬酸钠（最终含量为1％ ）是一种生物相容性试剂，能够将酪蛋白胶束分解为40 nm单体，可分离出大量的EV，而酪蛋白或其他污染蛋白的沉淀率却很低。 EV子集，深入表征其形态，蛋白质含量和小分子RNA富集模式。我们还能够描述其在小鼠肠道炎症模型中的生物学功能。具体来说，是从同一样品中分离出不同乳EV子集的培养基。更具体地说，我们着重介绍了使用柠檬酸钠作为标准化方法来分离和研究乳EV的方法及其在差分超速离心之外的分离技术的潜力。
[背景 ] 在我们以前的出版物（本穆萨等人。，2016 ，2017，2019b和2019c;本穆萨和普罗沃斯特，2019） ，我们强调，牛乳是包含细胞外无数的复杂流体囊泡。（EV）用的子集在这些之中，外泌体是多囊体（MVB）与细胞膜融合时释放的约100 nm囊泡，进行超速离心时，这些沉淀物的离心速度等于或高于100,000 xg （P100K，其中P代表沉淀）（Pieters 等。，2015） ...
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| A Quantitative Heterokaryon Assay to Measure the Nucleocytoplasmic Shuttling of Proteins
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] Many proteins appear exclusively nuclear at steady-state but in fact shuttle continuously back and forth between the nucleus and the cytoplasm. For example, nuclear RNA-binding proteins (RBPs) often accompany mRNAs to the cytoplasm, where they can regulate subcellular localization, translation and/or decay of their cargos before shuttling back to the nucleus. Nucleocytoplasmic shuttling must be tightly regulated, as mislocalization of several RBPs with prion-like domains such as FUS and TDP-43 causes the cytoplasmic accumulation of solid pathological aggregates that have been implicated in neurodegenerative diseases such as amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD). Traditionally, interspecies heterokaryon assays have been used to determine whether a nuclear ...
[摘要] 许多蛋白质在稳态下仅出现核，但事实上在细胞核和细胞质之间连续地来回穿梭。例如，核RNA结合蛋白（RBP）通常伴随mRNA到达细胞质，在那里它们可以在穿梭回到细胞核之前调节其货物的亚细胞定位，翻译和/或腐烂。必须严格调节核质穿梭，因为几种RBP与朊病毒样结构域如FUS和TDP-43的错误定位导致固体病理性聚集体的细胞质积累，这些聚集体与肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶痴呆等神经退行性疾病有关。 （FTD）。传统上，种间异核体分析已被用于确定感兴趣的核蛋白是否穿梭;这些分析是基于来自两个不同物种（例如，小鼠和人类）的供体和受体细胞之间的融合，可以根据不同的染色质染色模式区分，并检测蛋白质的外观。受体核。然而，异核体的鉴定需要经验并且容易出错，这使得难以获得用于定量研究的高质量数据。此外，荧光标记的RBP在供体细胞中的瞬时过表达通常导致其异常的亚细胞定位。在这里，我们提出定量测定，其中表达接近生理水平的eGFP标记的RBP的稳定供体细胞系与表达膜标记物CAAX-mCherry的受体细胞融合，允许容易地鉴定和成像大量高可信度异核体。我们的测定法可用于测量任何感兴趣的核蛋白在不同细胞类型，不同细胞条件下或突变蛋白之间的穿梭活性。
【背景】要了解蛋白质的各种功能，重要的是找出它在细胞内定位的位置。标准的微观和生物化学方法仅在其稳态浓度高于检测阈值时才揭示蛋白质的存在。他们不排除它在短暂地定位的情况下扮演其他重要角色的可能性（Gama-Carvalho和Carmo-Fonseca，2001）。例如，许多RBP在不同的细胞区室中发挥作用，它们伴随着它们的结合mRNA（通常未检测到）并连接真核基因表达的多个步骤（Müller-McNicoll和Neugebauer，2013）。 ...
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| Extraction of Small Molecules from Fecal Samples and Testing of Their Activity on Microbial Physiology
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Date:
2018-04-20
[Abstract] The human body is colonized by vast communities of microbes, collectively known as microbiota, or microbiome. Although microbes colonize every surface of our bodies that is exposed to the external environment, the biggest collection of microbes colonizing humans and other mammals can be found in the gastrointestinal tract. Given the fact that the human gut is colonized by several hundred microbial species, our group hypothesized that the chemical diversity of this environment should be significant, and that many of the molecules present in that environment would have important signaling roles. Therefore, we devised a protocol to extract these molecules from human feces and test their signaling properties. Potentially bioactive extracts can be tested through addition to culture medium and ...
[摘要] 人体被巨大的微生物群体统称为微生物群体或微生物群体。尽管微生物在我们身体的每一个暴露于外部环境的表面上定殖，但人类和其他哺乳动物中最大量的微生物可以在胃肠道中找到。鉴于人类肠道已被数百种微生物物种繁殖，我们的团队假设这种环境的化学多样性应该是显着的，并且该环境中存在的许多分子将具有重要的信号传导作用。因此，我们制定了一个协议，从人类粪便中提取这些分子并测试其信号特性。可以通过添加培养基并分析细菌生长和基因表达以及其他性质来测试潜在的生物活性提取物。本文描述的方案提供了一种简便且快速的方法，用于使用肠道沙门氏菌作为模型生物体从粪便样品中提取和测试代谢物。该方案还可以适用于从其他基质如培养的哺乳动物细胞，组织，体液和无菌微生物培养物中提取小分子，并且可以针对各种微生物物种测试所得提取物。
【背景】复杂的微生物群落生活在人类和人类身上，将暴露于外部环境的每个表面都定殖。几十年来，这些社区已经获得了几个教派，其中包括正常的植物群，微生物群和最近的微生物群（Sekirov等人，2010年; ...
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