| Markerless Gene Editing in the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus kodakarensis
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Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract] The advent of single cell genomics and the continued use of metagenomic profiling in diverse environments has exponentially increased the known diversity of life. The recovered and assembled genomes predict physiology, consortium interactions and gene function, but experimental validation of metabolisms and molecular pathways requires more directed approaches. Gene function–and the correlation between phenotype and genotype is most obviously studied with genetics, and it is therefore critical to develop techniques permitting rapid and facile strain construction. Many new and candidate archaeal lineages have recently been discovered, but experimental, genetic access to archaeal genomes is currently limited to a few model organisms. The results obtained from manipulating the genomes of ...
[摘要] 单细胞基因组学的出现以及在不同环境中宏基因组分析的持续使用已经成倍地增加了已知的生命多样性。恢复和组装的基因组预测生理，财团相互作用和基因功能，但代谢和分子途径的实验验证需要更直接的方法。基因功能 - 表型和基因型之间的相关性用遗传学得到最明显的研究，因此开发允许快速和容易地构建应变的技术是至关重要的。最近已经发现了许多新的和候选的古细菌谱系，但是对古细菌基因组的实验性，遗传途径目前仅限于一些模式生物。操纵这些基因可获得的生物的基因组所获得的结果已经对我们对古菌生理和信息处理系统的理解产生了深远的影响，这些持续的研究也有助于解决生命树的系统发育重建。超嗜热，浮游，海洋异养古细菌Thermococcus kodakarensis已经成为理想的遗传系统，其具有一系列可用于增加或减少编码活性的技术或修饰基因在体内的表达 。我们在这里概述一些技术，可以快速，无标记地删除单个，或者重复删除几个连续的从 T的序列。 kodakarensis 基因组。我们的程序包括构建转化所必需的质粒DNA的细节，所述质粒DNA通过同源重组指导整合到基因组中，鉴定已经整合了质粒序列的菌株（称为中间菌株）和确认质粒切除，导致最终菌株中的目标基因。可以使用几乎相同的程序来修饰而不是删除基因组基因座。
【背景】古细菌常常在看起来荒凉和迅速变化的环境中繁衍生息。古菌基因组的分析揭示了大量的代谢策略，预测了复杂和高度相互依赖的基因表达的调控网络，并揭示了许多基因，其蛋白质和日益稳定的RNA产物缺乏确定的功能。通过遗传操作挑战现有的和定义新的途径的能力已经辅助了古细菌生理学和信息处理系统的去卷积，并且最近开放了古细菌物种到合成和系统级的方法来定义细胞内和细胞间网络。 ...
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| Organotypic Brain Cultures: A Framework for Studying CNS Infection by Neurotropic Viruses and Screening Antiviral Drugs
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Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract] According to the World Health Organization (WHO), at least 50% of emerging viruses endowed with pathogenicity in humans can infect the Central Nervous System (CNS) with induction of encephalitis and other neurologic diseases (Taylor et al., 2001; Olival and Daszak, 2005). While neurological diseases are progressively documented, the underlying cellular and molecular mechanisms involved in virus infection and dissemination within the CNS are still poorly understood (Swanson and McGavern, 2015; Ludlow et al., 2016). For example, measles virus (MeV) can infect neural cells, and cause a persistent brain infections leading to lethal encephalitis from several months to years after primary infection with no available treatment (Reuter and Schneider-Schaulies, 2010; Laksono et ...
[摘要] 根据世界卫生组织（WHO）的统计，至少有50％的新发病毒具有致病性，可感染中枢神经系统（CNS），并诱发脑炎和其他神经系统疾病（Taylor et al。 >，2001; Olival和Daszak，2005）。虽然神经系统疾病逐渐被记录下来，但涉及病毒感染和在CNS内传播的潜在细胞和分子机制仍然知之甚少（Swanson and McGavern，2015; Ludlow等人，2016）。例如，麻疹病毒（MeV）可以感染神经细胞，并在原发感染后几个月至数年导致持续的脑感染，导致致死性脑炎，而没有可用的治疗（Reuter和Schneider-Schaulies，2010; Laksono等人。，2016）。器官型脑文化（OBC）是病毒学领域的一个合适的模型，以更好地理解中枢神经系统感染。实际上，它不仅可以研究中枢神经系统内嗜神经病毒的感染和传播，而且还可以作为创新性抗病毒策略或分子的筛选模型，如我们最近发表的有关融合抑制肽和HSP90伴侣蛋白活性抑制剂的研究， 17-DMAG（Welsch等人，2013; ...
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| Rapid IFM Dissection for Visualizing Fluorescently Tagged Sarcomeric Proteins
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Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract] Sarcomeres, the smallest contractile unit of muscles, are arguably the most impressive actomyosin structure. Yet a complete understanding of sarcomere formation and maintenance is missing. The Drosophila indirect flight muscle (IFM) has proven to be a very valuable model to study sarcomeres. Here, we present a protocol for the rapid dissection of IFM and analysis of sarcomeres using fluorescently tagged proteins.
[摘要] 肌肉最小的收缩单位肌肉，可以说是最令人印象深刻的肌动球蛋白结构。 然而，缺少对肌节形成和维护的完整理解。 果蝇间接飞行肌肉（IFM）已被证明是研究肌节的一个非常有价值的模型。 在这里，我们提出了快速解剖IFM和使用荧光标记的蛋白质分析肌节的协议。
【背景】能够使横纹肌纤维收缩的细胞骨架结构是数以百计的称为肌原纤维的电缆。肌原纤维又是一系列连续排列的肌节，全部同时收缩。肌节是完美对称的结构，包含收缩所需的所有元素。在肌节的中心位置是M-线，其中肌球蛋白粗丝被锚定。在肌小节的侧面是Z-盘，其中肌动蛋白细丝被锚定。
肌营养不良是导致进行性骨骼肌无力的遗传性疾病（Schröder和Schoser，2009）。对于肌营养不良症，目前尚无法治愈，可能是由于对肌营养不良症基础的分子机制的不完全理解（Olive et al。，2013）。黑腹果蝇是一种有效的遗传模式生物，由于其生命周期短，经济的维护和丰富的可利用资源而被用于研究肌肉生物学（Hales等人，2015; Wangler等，等人，2015年）。
在果蝇中的飞行由间接飞行肌肉（IFM）（苍蝇中最大的肌肉）的同步动作驱动，后者被进一步细分为背纵肌（DLM）和背腹肌（DVM）。 ...
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