| Tracking Lipid Transfer by Fatty Acid Isotopolog Profiling from Host Plants to Arbuscular Mycorrhiza Fungi
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Lipid transfer from host plants to arbuscular mycorrhiza fungi was hypothesized for several years because sequenced arbuscular mycorrhiza fungal genomes lack genes encoding cytosolic fatty acid synthase (Wewer et al., 2014; Rich et al., 2017). It was finally shown by two independent experimental approaches (Jiang et al., 2017; Keymer et al., 2017; Luginbuehl et al., 2017). One approach used a technique called isotopolog profiling (Keymer et al., 2017). Isotopologs are molecules, which differ only in their isotopic composition. For isotopolog profiling an organism is fed with a heavy isotope labelled precursor metabolite. Subsequently, the labelled isotopolog composition of metabolic products is analysed via mass spectrometry. The ...
[摘要] 因为测序的丛枝菌根真菌基因组缺乏编码胞质脂肪酸合酶的基因（Wewer等人，2014; Rich等人，2014），因此假定脂质从宿主植物转移到丛枝菌根真菌数年。 / em>，2017）。最终通过两种独立的实验方法（Jiang等人，2017; Keymer等人，2017; Luginbuehl等人， ）， 2017年）。一种方法使用称为同位素体谱分析的技术（Keymer等人，2017）。同位素体是分子，它们的同位素组成不同。对于同位素生物学分析，生物体被喂以重同位素标记的前体代谢物。随后，通过质谱分析代谢产物的标记同位素组成。检测到的目标代谢物的同位素体模式产生关于代谢途径和通量的信息（Ahmed et al。，2014）。以下协议描述了一个实验装置，该装置能够在由丛枝菌根真菌及其相关真菌胞外菌丝体定植的植物根中分离出脂肪酸的单独同位素分布图，以阐明两种共生生物之间的通量。我们预测，如果两种相互作用的生物体可以物理分离，则该策略还可以用于研究其他生物体之间的代谢物通量。
【背景】丛枝菌根真菌是生物营养生物。因此，它们不能独立栽培，而是依靠与寄主植物的相互作用来维持生命并完成它们的生命周期。这一特征使得研究两种共生生物，特别是单独的真菌具有挑战性。
为了培养，处理和收获与宿主根分开的真菌，开发了2室培养皿系统，并将其用于以前工作中的标记研究（Bécard和Fortin，1988; ...
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| Markerless Gene Editing in the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus kodakarensis
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Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract] The advent of single cell genomics and the continued use of metagenomic profiling in diverse environments has exponentially increased the known diversity of life. The recovered and assembled genomes predict physiology, consortium interactions and gene function, but experimental validation of metabolisms and molecular pathways requires more directed approaches. Gene function–and the correlation between phenotype and genotype is most obviously studied with genetics, and it is therefore critical to develop techniques permitting rapid and facile strain construction. Many new and candidate archaeal lineages have recently been discovered, but experimental, genetic access to archaeal genomes is currently limited to a few model organisms. The results obtained from manipulating the genomes of ...
[摘要] 单细胞基因组学的出现以及在不同环境中宏基因组分析的持续使用已经成倍地增加了已知的生命多样性。恢复和组装的基因组预测生理，财团相互作用和基因功能，但代谢和分子途径的实验验证需要更直接的方法。基因功能 - 表型和基因型之间的相关性用遗传学得到最明显的研究，因此开发允许快速和容易地构建应变的技术是至关重要的。最近已经发现了许多新的和候选的古细菌谱系，但是对古细菌基因组的实验性，遗传途径目前仅限于一些模式生物。操纵这些基因可获得的生物的基因组所获得的结果已经对我们对古菌生理和信息处理系统的理解产生了深远的影响，这些持续的研究也有助于解决生命树的系统发育重建。超嗜热，浮游，海洋异养古细菌Thermococcus kodakarensis已经成为理想的遗传系统，其具有一系列可用于增加或减少编码活性的技术或修饰基因在体内的表达 。我们在这里概述一些技术，可以快速，无标记地删除单个，或者重复删除几个连续的从 T的序列。 kodakarensis 基因组。我们的程序包括构建转化所必需的质粒DNA的细节，所述质粒DNA通过同源重组指导整合到基因组中，鉴定已经整合了质粒序列的菌株（称为中间菌株）和确认质粒切除，导致最终菌株中的目标基因。可以使用几乎相同的程序来修饰而不是删除基因组基因座。
【背景】古细菌常常在看起来荒凉和迅速变化的环境中繁衍生息。古菌基因组的分析揭示了大量的代谢策略，预测了复杂和高度相互依赖的基因表达的调控网络，并揭示了许多基因，其蛋白质和日益稳定的RNA产物缺乏确定的功能。通过遗传操作挑战现有的和定义新的途径的能力已经辅助了古细菌生理学和信息处理系统的去卷积，并且最近开放了古细菌物种到合成和系统级的方法来定义细胞内和细胞间网络。 ...
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