| Detecting Spaciotemporal Transcript Accumulation in Maize by RNA In Situ Hybridization
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Author:
Date:
2021-02-20
[Abstract] RNA in situ hybridization is a method for visualizing spatiotemporal transcript accumulation in cells and tissues. The method provides clear resolution, is highly sensitive and specific, and can uncover gradients of transcript accumulation within a histologically-intact tissue, which is not possible currently with other methods for transcript detection. RNA in situ hybridization, however, is not a quantitative approach for gene expression. Protocols for RNA in situ hybridization have numerous steps that can span several days of work, complicating troubleshooting procedures. Here, we build on previously published RNA in situ hybridization protocols optimized for paraffin-embedded and sectioned maize tissue (Jackson, 1991; Long et al., 1996 ; ...
[摘要] [摘要] RNA原位杂交是一种可视化时空转录本在细胞和组织中积累的方法。该方法提供清晰的分辨率，高度灵敏和特异，并且可以揭示组织完整的组织内转录物积累的梯度，这是当前其他方法无法检测到转录物的方法。然而，RNA原位杂交不是用于基因表达的定量方法。RNA原位杂交的协议有许多步骤，可能需要花费数天的时间，从而使故障排除过程变得更加复杂。在这里，我们基于先前发布的RNA原位构建 杂交方案针对石蜡包埋和切片的玉米组织进行了优化（Jackson，1991； Long等，1996；Javelle等，2011），它提供了优化转录本检测的其他措施。
图形摘要：
RNA原位杂交的工作流程
[背景技术]在时间和空间差异基因表达允许具有相同的遗传物质的细胞呈现不同的身份。确实，基因表达的这种变化通常负责驱动整个生物体中模式或形态的进化变化（Carroll，2005）。因此，通过观察组织内天然背景下的基因表达，可以增强对发育过程的见识。诸如RT-qPCR和RNA- ...
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| Biochemical Pulldown of mRNAs and Long Noncoding RNAs from Cellular Lysates Coupled with Mass Spectrometry to Identify Protein Binding Partners
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Author:
Date:
2020-06-05
[Abstract] RNA binding proteins (RBPs) interact with cellular mRNAs, controlling various steps throughout the lifetime of these transcripts, including transcription, cellular transport, subcellular localization, translation and degradation. In addition to binding mRNA transcripts, a growing number of RBPs are shown to bind long noncoding RNAs (lncRNAs), controlling key cellular processes, including gene expression and translation of proteins. Current methodologies aimed at identifying and characterizing protein binding partners of specific RNAs of interest typically rely on tagging of the RNA with affinity aptamers, using in vitro transcribed RNA or immobilized oligonucleotides to capture RNA-protein complexes under native conditions. These assays are coupled with mass spectrometry or ...
[摘要] [摘要] RNA结合蛋白（限制性商业惯例）我Nteract随着细胞mRNA，控制整个这些转录，包括转录，细胞运输，亚细胞定位，翻译和降解。除了寿命结合mRNA转录物，越来越多的各种步骤的限制性商业惯例被证明与长期的非编码RNA（lncRNA ）结合，控制关键的细胞进程，包括基因的表达和蛋白质的翻译。目前旨在鉴定和表征感兴趣的特定RNA的蛋白质结合伴侣的方法主要依靠用亲和适体标记RNA。 ，使用体外转录的RNA或固定的寡核苷酸在天然条件下捕获RNA-蛋白质复合物，这些测定方法与质谱或Western Blot分析相结合，以鉴定或/和确认相互作用的蛋白质。 mRNA和大的长非编码RNA的伴侣。oach依赖于特定靶RNA的生化下拉以及细胞裂解液中相互作用的蛋白伴侣与质谱的结合来鉴定新的相互作用蛋白。通过使用与靶RNA杂交的24-48〜20 mer 生物素化DNA 探针，该方法可确保高特异性和最小限度的脱靶结合。这种方法具有可重现性和快速性，可作为发现研究以鉴定与目标RNA结合的蛋白质的基础。
[背景] RNA结合蛋白（RBP）与细胞中的mRNA相互作用形成核糖核蛋白（RNP）复合物，通过影响转录物的加工，亚细胞定位，翻译和稳定性来调节这些转录物的转录后活性（综述见Lunde 等人。，2007; Glisovic ...
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