| Isolation and Detection of the Chlorophyll Catabolite Hydroxylating Activity from Capsicum annuum Chromoplasts
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Author:
Date:
2017-09-20
[Abstract] Hydroxylation of chlorophyll catabolites at the so-called C32 position (Hauenstein et al., 2016) is commonly found in all plant species analyzed to date. Here we describe an in vitro hydroxylation assay using Capsicum annuum chromoplast membranes as a source of the hydroxylating activity, which converts the substrate epi-pFCC (epi-primary Fluorescent Chlorophyll Catabolite) (Mühlecker et al., 2000) to epi-pFCC-OH.
[摘要] 所谓C32位置的叶绿素分解代谢物的羟基化（Hauenstein et al。，2016）通常在迄今为止分析的所有植物物种中发现。 在这里，我们描述了使用Capsicum annuum chromoplast membrane作为羟基化活性的来源的体外羟基化测定法，其将底物epi-pFCC（外显子荧光叶绿素Catabolite）（Mühlecker等，2000）转化为epi-pFCC-OH。
【背景】在叶片衰老和果实成熟期间，吸光叶绿素被降解成非荧光分解代谢物，以防止氧化损伤。叶绿素分解途径（PAO / phyllobilin途径）由几个酶催化的连续步骤组成，最终降解产物称为叶绿素，最终储存在液泡中（Kräutler，2016）。外源荧光叶绿素Cepolite（epi-pFCC）是第一种非光毒性中间体。在叶绿体中形成后，可以发生epi-pFCC的侧链修饰，其中大部分发生在叶绿体外。然而，这些修饰之一是由内部叶绿体包膜酶TIC55（铁氧还蛋白（Fd）依赖性非血红素加氧酶家族的成员）催化的C32位置（图1）的羟基化。 TIC55含有Rieske和单核铁结合结构域，并显示其需要Fd还原系统以及分子氧作为其羟基化活性。在这里我们描述了TIC55的体外酶测定法，其用于表征红辣椒色素体的表达pFCC羟基化酶活性。
图1.叶绿素分解途径的概述，突出了从epi-pFCC到epi-pFCC-OH的TIC55催化反应。 ...
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| Purification and Identification of Novel Host-derived Factors for Influenza Virus Replication from Human Nuclear Extracts
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Author:
Date:
2016-09-20
[Abstract] Recently, we identified two host cell-derived proteins as novel stimulatory factors of influenza virus RNA replication process, termed “Influenza virus REplication Factor-2 (IREF-2)”, from human nuclear extracts (NEs) by employing biochemical complementation assays (Sugiyama et al., 2015). Herein, we describe detailed methods for successive procedures for identification and purification of IREF-2, including large-scale suspension culture of HeLa S3 cells, preparation of NEs and separation of IREF-2 by sequential column chromatography steps. This protocol can be modified and used for purification and identification of the other unknown nuclear protein(s) of your interest.
[摘要] 最近，我们通过使用生物化学互补试验（Sugiyama），从人类核提取物（NE）鉴定了两种宿主细胞衍生蛋白作为流感病毒RNA复制过程的新型刺激因子，称为“流感病毒复制因子-2（IREF-2）” et al。，2015）。 本文描述了用于IREF-2鉴定和纯化的连续方法的详细方法，包括HeLa S3细胞的大规模悬浮培养，NE的制备和顺序柱色谱步骤分离IREF-2。 该方案可以修改并用于纯化和鉴定您感兴趣的其他未知核蛋白。
【背景】甲型流感病毒基因组由8个分段和单链RNA（vRNA）组成。其转录和复制由病毒编码的RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP）催化。几条证据表明某些宿主衍生因子调节病毒RNA合成（Nagata et al。，2008）。最近，通过相互作用分析和基因组RNAi筛选研究，已经报道了各种宿主衍生的蛋白质作为与病毒RNA合成相关的调节因子候选物。然而，其中包括间接涉及病毒RNA合成的一些假阳性相互作用因子和因子。相反，为了鉴定在病毒RNA合成过程中发挥直接作用的可靠和重要的宿主因子，我们使用了生物化学互补测定系统。在该系统中，在感染的细胞核中有效发生的病毒vRNA复制反应被解剖并在体外使用病毒RNA复制所必需的病毒因子重构，例如衍生自洗涤剂溶解的病毒颗粒的病毒RdRP和模型病毒基因组RNA模板和未感染的核提取物（NE）。
最近，我们已经报道，在体外用病毒因子和NE的粗制部分再现有效的vRNA复制（Sugiyama等，2015）。 ...
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| Establishing a Biofilm Co-culture of Pseudomonas and Aspergillus for Metabolite Extraction
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Author:
Date:
2015-12-05
[Abstract] Filamentous fungi and bacteria form mixed-species biofilms in nature and diverse clinical contexts (Frey-Klett et al., 2011; Peleg et al., 2010). The interactions between fungi and bacteria, often mediated by secreted metabolites, have important ramifications for the biology of the interacting partners (Frey-Klett et al., 2011). This is particularly true for the bacterium Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) and the fungus Aspergillus fumigatus (A. fumigatus) which often reside in the same niche such as lungs of cystic fibrosis (CF) patients. Some studies have reported that co-infection with P. aeruginosa and A. fumigatus could lead to a decrease in lung function relative to their respective single species ...
[摘要] 丝状真菌和细菌在自然界和不同的临床背景中形成混合物种生物膜（Frey-Klett等人，2011; Peleg等人，2010）。真菌和细菌之间的相互作用，通常由分泌的代谢物介导，对相互作用的伴侣的生物学具有重要的影响（Frey-Klett等人，2011）。对于绿脓假单胞菌（铜绿假单胞菌）和真菌烟曲霉（ A。fumigatus >），其常常位于相同的位置，例如囊性纤维化（CF）患者的肺。一些研究报道了与p的共感染。铜绿和 烟曲霉可能导致相对于它们各自的单一物种感染的肺功能降低（Amin等人，2010; Peleg等人，2010）。代谢物提取和分析允许表征多微生物生物膜中的特定微生物代谢物。该方案描述了如何在固体培养基上制备假单胞菌属 - 曲霉菌共培养生物膜以准备代谢物提取。
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