| Conjugation Protocol Optimised for Roseburia inulinivorans and Eubacterium rectale
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Author:
Date:
2020-04-05
[Abstract] Roseburia and Eubacterium species of the human gut microbiota play an important role in the maintaince of human health, partly by producing butyrate, the main energy source of our colonic epithelial cells. However, our knowledge of the biochemistry and physiology of these bacteria has been limited by a lack of genetic manipulation techniques. Conjugative transposons previously introduced into Roseburia species could not be easily modified, greatly limiting their applicability as genetic modification platforms. Modular plasmid shuttle vectors have previously been developed for Clostridium species, which share a taxonomic order with Roseburia and Eubacterium, raising the possibility that these vectors could be used in these organisms. ...
[摘要] [摘要 ] 人体肠道菌群中的玫瑰菌属和真细菌属在维持人类健康中起着重要作用，部分原因是产生丁酸盐，这是我们结肠上皮细胞的主要能源。但是，由于缺乏基因操作技术，我们对这些细菌的生物化学和生理学的认识受到限制。先前引入玫瑰花属物种的共轭转座子不容易被修饰，极大地限制了它们作为基因修饰平台的适用性。MOD ular质粒穿梭载体先前已经开发了用于梭菌物种，其与共享一个分类次序ř oseburia 和真杆菌，提高这些矢量可以在这些生物体中使用的可能性。在这里，我们描述了一种优化缀合协议使得能够自主复制的质粒的从转印大肠杆菌供体菌株为罗斯氏inulinivorans 和真杆菌rectale 。质粒的模块性质及其通过自主复制在受体细菌中得以维持的能力使其成为研究异源基因表达的理想之选，并成为其他遗传工具（包括反义RNA沉默或II 型移动子中断子基因破坏策略）的平台。
[背景 ] 玫瑰菌和真细菌属人类肠道菌群中含量最高的细菌（Zhernakova 等，2016），它们通过利用饮食和宿主衍生的多糖影响人类健康（Scott 等，2006和2011； Cockburn 等） 。，2015 ; 谢里登等人，2016 ）并产生促进健康的代谢物丁酸作为发酵终产物（邓肯等人，2002和2006） 。另外，这些物种能够通过鞭毛调节宿主免疫（Neville ...
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| Drosophila Endurance Training and Assessment of Its Effects on Systemic Adaptations
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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] Exercise induces beneficial systemic adaptations that reduce the incidence of age-related diseases. However, the molecular pathways that elicit these adaptations are not well understood. Understanding the molecular mechanisms that underlie the exercise response can lead to widely beneficial therapies. Large populations, relatively short lifespan, and easily modifiable genetics make Drosophila a well-suited model system for complex, longitudinal studies. We have developed an enforced climbing apparatus for Drosophila, known as the Power Tower, for the study of systemic exercise adaptations. The Power Tower takes advantage of the fly’s natural instinct for negative geotaxis, an innate behavior to run upwards after being tapped to the bottom of their vial. Flies will ...
[摘要] 运动诱导有益的系统适应，减少与年龄有关的疾病的发生率。然而，引起这些适应的分子途径还不是很清楚。了解作为运动反应基础的分子机制可以产生广泛有益的疗法。大群体，相对较短的寿命和易于修改的遗传学使得 Drosophila 成为复杂纵向研究的一个非常适合的模型系统。我们开发了一种用于 Drosophila 的强制攀爬装置，称为Power Tower，用于研究系统性运动适应性。 Power Tower利用苍蝇的天然本能来消极地质，这是一种天生的行为，在被轻敲到他们的小瓶底部之后向上运行。苍蝇将持续运行至耗尽点或直至机器关闭，以先到者为准。运动3周后，雄性 Drosophila 适应训练，具有许多类似于哺乳动物模型和人类所见的保守，易于量化的生理改善。在这里，我们描述了一个有用的耐力训练协议和一套有效量化训练效果的训练后评估。
【背景】耐力运动可以降低几乎所有与年龄相关的疾病（Ciolac，2013）。耐力训练对心血管功能，能量代谢和活动有很强的作用，从苍蝇到人类都是高度保守的（Piazza et al。，2009; Booth et al。，2015 ; Wilson et al。，2015）。更好地理解运动的遗传介质可能会导致治疗方法，这些治疗方法可以使因疾病或受伤而无法运动的个体受益。 Drosophila ...
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| Ex vivo Follicle Rupture and in situ Zymography in Drosophila
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Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract] Ovulation, the process of releasing a mature oocyte from the ovary, is crucial for animal reproduction. In order for the process of ovulation to occur, a follicle must be fully matured and signaled to rupture from the ovary. During follicle rupture in both mammals and Drosophila, somatic follicle cells are enzymatically degraded to allow the oocyte to be liberated from the follicle. Here, we describe a detailed protocol of our newly developed ex vivo follicle rupture assay in Drosophila, which represents a first assay allowing direct quantification of follicles’ capacity to respond to ovulation stimuli and rupture. This assay can be modified to stimulate rupture with other reagents (for example, ionomycin) or to query enzymatic activity (in situ ...
[摘要] 排卵是从卵巢释放成熟卵母细胞的过程，对动物繁殖至关重要。 为了发生排卵过程，卵泡必须完全成熟并发信号通知卵巢破裂。 在哺乳动物和果蝇卵泡破裂期间，体细胞卵泡细胞被酶促降解以允许卵母细胞从卵泡释放。 在此，我们描述了我们在果蝇中新开发的离体卵泡破裂测定的详细方案，其代表允许直接量化卵泡响应排卵刺激的能力的第一测定 并破裂。 可以修改该测定以刺激用其他试剂（例如离子霉素）破裂或查询酶活性（原位酶谱法）。 此外，这种检测方法允许基因或药理学筛选鉴定果蝇中调节卵泡破裂的基因或小分子。
【背景】由于在直接显示和定量排卵事件方面的技术挑战，对果蝇中的排卵的研究在很大程度上受到限制。在过去的几十年中，多种间接方法已经有了局限性。研究果蝇排卵的第一种方法是推动女性的腹部，并记录是否有卵子从产卵器排出（Aigaki et al。，1991; Lee <等人，2003）。这种方法是粗略估计子宫内是否有排卵的卵子。第二种常见的测定方法是测量雌蝇交配后的产蛋能力。产卵过程复杂，涉及卵泡的发育和成熟，排卵，排卵通过输卵管的运输，选择合适的产卵基质和产卵（spradling，1993; bloch="" qazi等人。，2003）。如果这些过程中的任何一个受到损害，则会导致产蛋率有缺陷。排卵受损的另一个指标是卵子保留表型（monastirioti等人，1996;="" monastirioti，2003;="" cole等人，2005）。如果女性卵巢内有过多的成熟卵泡，则表示无排卵表型。然而，这可以直接由排卵缺陷引起，或间接由产卵过程中排卵下游的缺陷引起。另一方面，缺乏保留表型并不一定意味着缺乏排卵缺陷。用于研究排卵的第四种测定方法是检查生殖道中是否存在卵子（heifetz="" et="" al。2000，lee="" et="" al。2009;="" lim="" 等人，，2014）。该测定法中的变化范围从量化排卵率的比例通过雌性在其下部输卵管/常见输卵管/子宫交配后的雌性百分比来定量（lee等人，2009;="" lim等人，="" ，2014年），以检查这些分开的区域随着时间的推移而分布的鸡蛋（heifetz="" et="" al。="" 2000="">）。然而，这些测定中的每一个都可能受卵子发生，排卵和产卵速度的影响。为了说明每个单独测定的所有可能的缺点，我们最近将雌性生殖道中的卵子保留测定，产蛋测定和卵子定位结合起来以估计卵子排卵的平均时间（排卵时间; Sun和Spradling，2013年; Deady et al。，2015年和2017年; Deady和Sun，2015年; ...
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