| Trypanosomatid, fluorescence-based in vitro U-insertion/U-deletion RNA-editing (FIDE)
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Author:
Date:
2021-03-05
[Abstract] Gene expression within the mitochondria of African trypanosomes and other protozoan organisms relies on a nucleotide-specific RNA-editing reaction. In the process exclusively uridine (U)-nucleotides are site-specifically inserted into and deleted from sequence-deficient primary transcripts to convert them into translatable mRNAs. The reaction is catalyzed by a 0.8 MDa multiprotein complex termed the editosome. Here we describe an improved in vitro test to quantitatively explore the catalytic activity of the editosome. The assay uses synthetic, fluorophore-derivatized oligoribonucleotides as editing substrates, which enable the automated electrophoretic separation of the reaction products by capillary electrophoresis (CE) coupled to laser-induced fluorescence (LIF) detection systems. The ...
[摘要] [摘要]非洲锥虫和其他原生动物生物线粒体内的基因表达依赖于核苷酸特异性的RNA编辑反应。在该过程中，仅将尿苷（U）-核苷酸位点特异性插入序列不足的初级转录物中，并从中缺失，以将其转化为可翻译的mRNA。该反应由0.8 MDa的多蛋白复合物催化，该复合物被称为编辑体。在这里我们描述了一种改进的体外试验，以定量探索Editosome的催化活性。该测定使用合成的，荧光团衍生的寡核糖核苷酸 作为编辑底物，可通过耦合到激光诱导荧光（LIF）检测系统的毛细管电泳（CE）自动分离反应产物。该测定法功能强大，只需要纳克级的材料，并且通过使用多毛细管CE / LIF仪器，可以高度平行的方式进行测定。进一步的改进包括使用硫代磷酸酯修饰的，因此具有RNase耐性的底物RNA，以及用于同时监测U插入和U缺失反应的多重型荧光团标记策略。该测定方法对于研究酶体的机理和酶学是有用的。ħ H但是，它也可以在高通量执行以筛选RNA编辑特异性抑制剂。
图形摘要：
基于荧光的体外U插入/ U缺失RNA编辑（FIDE）分析的特征
[背景]中的RNA编辑反应动质体原生动物如非洲锥虫和利什曼原虫表示一个信使的最显着的转录后修饰（米）的RNA（综述Göringer ...
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| Artificial Inoculation of Epichloë festucae into Lolium perenne, and Visualisation of Endophytic and Epiphyllous Fungal Growth
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] Natural hosts for the fungal endophyte Epichloë festucae include Festuca rubra (fine fescue) and Festuca trachyphylla (hard fescue). Some strains also form stable associations with Lolium perenne (perennial ryegrass). L. perenne is a suitable host to study fungal endophyte–grass interactions, such as endophytic fungal growth within the plant and epiphyllous growth on the plant surface. Here we provide a detailed protocol based on work by, for artificial inoculation of E. festucae into L. perenne, and newly developed staining and visualization techniques for observing endophytic and epiphyllous hyphae and the expressorium, an appressorium-like structure used by the fungus to exit the plant. The staining method uses a combination of ...
[摘要] 真菌内生菌Epichloëfestucae的天然宿主包括 Festuca rubra （细羊茅）和 Festuca trachyphylla （硬羊茅）。一些菌株也与黑麦草（多年生黑麦草）形成稳定的关联。 升。 perenne 是研究真菌内生菌 - 草相互作用的合适宿主，例如植物内生真菌生长和植物表面的叶生生长。在这里，我们提供了一个基于工作的详细协议，用于 E的人工接种。 festucae 进入 L. perenne ，以及新开发的染色和可视化技术，用于观察内生和附生的菌丝和表达菌，这是一种类似真菌的结构，用于离开植物。染色方法使用葡聚糖结合苯胺蓝二铵盐（AB）和几丁质结合小麦胚凝集素缀合的Alexa Fluor ® 488-（WGA-AF488）的组合。该协议将是研究Epichloë -grass相互作用的有用工具，特别是不同Epichloë - 草关联，各种内生菌 - 宿主发育阶段的比较，以及分析突变Epichloë菌株。
【背景】Latch和Christensen（1985）开发了一种用Epichloë内生菌人工感染草的方案。这项工作一直是广泛的 E的基础。 festucae Fl1- L. perenne 共生研究（Scott et al。，2012年综述）。在我们最近的工作中，我们描述了一种新发现的真菌结构，即能够实现 E的表达式。 ...
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