| Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments or those between random fragments and (iv) quantifying the number of ligations events between pairs of genomic loci (de Wit and de Laat, 2012). In the original 3C protocol, ligation frequency was ...
[摘要] 染色体构象捕获测序（Hi-C）是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加（3C）（Dekker et al。，2002）。 3C的基本工作流程包括（i）通常用甲醛固定完整的染色质，（ii）用限制酶切割固定的染色质，（iii）在稀释条件下重新连接粘性末端，以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和（iv）量化基因组基因座对之间的连接事件的数量（de Wit和de Laat，2012）。在最初的3C方案中，通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点（“一对一”）的选定连接接头来测量连接频率（Dekker et al。，2002 ）。然后，染色体构象捕获芯片（4C）和染色体构象捕获碳复制（5C）技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C（Lieberman-Aiden et al。，2009）最终将3C与下一代测序相结合（Metzker，2010）。此处，在再连接之前，用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序，并将得到的读数映射到参考基因组，允许以“多对多”方式确定接触概率，其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理（Lieberman-Aiden et ...
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| Root Gall Formation, Resting Spore Isolation and High Molecular Weight DNA Extraction of Plasmodiophora brassicae
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Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract] Isolation of DNA from obligate biotrophic soil-borne plant pathogens is challenging. This is because of their strict requirement of living plant tissue for their growth and propagation. A soil habitat further imposes risk of contamination from other microorganisms living in close vicinity of the plant roots. Here we present a protocol on how to prepare DNA suitable for advanced molecular analysis on the soil-borne pathogen Plasmodiophora brassicae, a peculiar unicellular plant pathogenic organism, causing disease on Crucifers. First, it is important to grow Brassica or Arabidopsis plants in infested soils below a temperature of 25 °C under moist conditions to promote root gall formation. Root galls should be harvested ahead of initiation of the decomposing ...
[摘要] 从专性营养型土壤植物病原体中分离DNA是具有挑战性的。这是因为他们对植物生长和繁殖的严格要求。土壤栖息地进一步增加了居住在植物根部附近的其他微生物污染的风险。在这里，我们提出了一个关于如何制备适用于土传病原体Plasmodiophora brassicae ，一种特殊的单细胞植物致病生物，导致十字花科病的DNA进行DNA分析的方案。首先，在潮湿条件下，在温度低于25°C的条件下，在感染的土壤中种植芸薹属植物或拟南芥属植物对于促进根gall形成是重要的。在分解过程开始之前，不应迟于接种拟南芥或芜菁植株后四或九周，收获根gall。数量减少的土壤生物的休息孢子通过匀浆gall组织的梯度离心获得。用70％酒精和一套不同的抗生素治疗可促进 P。芸苔纯度。基于CTAB的程序允许分离适合大规模平行测序分析的高质量DNA。
【背景】Plasmodiophora brassicae 是一种土壤传播的植物病原体，其在包括拟南芥属的十字花科家族中引起根虫（棒状杆菌）。根肿病对全世界油菜（油菜）和卷心菜的种植有重大影响。 P上。 brassicae 是指定给超级组Rhizaria的一种专性生物营养素（需要一种生长寄主），Rhizaria是研究最少的真核生物组之一（Sierra等人，2016; Sibbald和Archibald， 2017年）。系统发育上， ...
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