| Native Co-immunoprecipitation Assay to Identify Interacting Partners of Chromatin-associated Proteins in Mammalian Cells
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Author:
Date:
2020-12-05
[Abstract] Protein-protein interactions play key roles in nuclear processes including transcription, replication, DNA damage repair, and recombination. Co-immunoprecipitation (Co-IP) followed by western blot or mass spectrometry is an invaluable approach to identify protein-protein interactions. One of the challenges in the Co-IP of a protein localized to nucleus is the extraction of nuclear proteins from sub-nuclear fractions without losing physiologically relevant protein interactions. Here we describe a protocol for native Co-IP, which was originally used to successfully identify previously known as well novel topoisomerase 1 (TOP1) interacting proteins. In this protocol, we first extracted nuclear proteins by sequentially increasing detergent and salt concentrations, the extracted fractions were ...
[摘要] [摘要]蛋白质间相互作用 在核过程中起关键作用，包括转录，复制，DNA损伤修复和重组。免疫共沉淀（Co-IP），然后进行蛋白质印迹或质谱分析是鉴定蛋白质-蛋白质相互作用的宝贵方法。在Co-IP中定位于细胞核的蛋白质中的挑战之一是从亚核级分中提取核蛋白质，而又不会失去生理上相关的蛋白质相互作用。在这里，我们描述了一种用于天然Co-IP的协议，该协议最初用于成功地识别以前称为新拓扑拓扑异构酶1（TOP1）相互作用的蛋白质。在此协议中，我们首先通过依次增加去污剂和盐浓度来提取核蛋白，然后将提取的级分稀释，合并并用于Co-IP。该协议可用于鉴定多种哺乳动物细胞中其他染色质相关蛋白的蛋白相互作用组。
背景]钴- IP被广泛地被使用，以解开的错综复杂的关系之间的蛋白复合物和各种染色质交易期间的复制，转录，和基因组的维护。但是，它是具有挑战性的，以保持不稳定的蛋白质-蛋白质相互作用的完整过程中提取，免疫沉淀和一个共同的IP实验的洗涤步骤。稳定不稳定蛋白质相互作用的一种方法是在细胞裂解之前用细胞可渗透的可逆化学交联剂（例如丙酸二硫代双琥珀酰亚胺酯）处理细胞（Smith等人，2011）。由于该方法伴随着诸如提取效率低和非特异性蛋白质捕获之类的缺点，因此优选不交联的Co-IP（天然IP）。
一核蛋白质可以被分配到不同的子-核舱或染色质区域是需要不同程度的严格性为它的提取和溶解。对于例如，TOP ...
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| BMV Propagation, Extraction and Purification Using Chromatographic Methods
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] Brome mosaic virus (BMV) is a well-known plant virus representing single-stranded RNA (ssRNA) positive-sense viruses. It has been widely used as a model in multiple studies concerning plant virus biology, epidemiology and the application of viral capsids in nanotechnology. Herein, we describe a method for BMV purification based on ion-exchange and size-exclusion chromatography. The presented method is of similar efficiency to previously described protocols relying on differential centrifugation and can easily be scaled up. The resulting BMV capsids are stable and monodisperse and can be used for further applications.
[摘要] 雀麦花叶病毒（BMV）是众所周知的植物病毒，代表单链RNA（ssRNA）正义病毒。 它已被广泛用作植物病毒生物学，流行病学和病毒衣壳在纳米技术中的应用的多项研究中的模型。 在本文中，我们描述了基于离子交换和尺寸排阻色谱的BMV纯化方法。 所提出的方法与先前描述的依赖于差速离心的方案具有相似的效率，并且可以容易地按比例放大。 得到的BMV衣壳是稳定的并且是单分散的，并且可以用于进一步的应用。
【背景】纳米技术要克服的关键挑战之一是制定有效的和组织特异性的药物递送方法。植物病毒和病毒样颗粒（VLP）具有生物相容性和可生物降解性，不含对人类或动物健康有害的病原体，是合成药物载体的安全替代品，通常会激活免疫系统的不良反应或积聚在免疫系统中。身体到毒性水平。最后，病毒衣壳的生产相对便宜且快速（Ren et al。，2007; Arcangeli et al。，2014）。
Bromoviridae 家族的雀麦花叶病毒（BMV）是用作纳米颗粒载体的良好候选物，因为它显示出所有上述特征并且是研究最多的植物病毒之一（Figlerowicz，2000; Alejska et al。，2005; Urbanowicz et al。，2005; Wierzchoslawski et al。，2006; Kao vet al。 ...
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| Detection of Protein S-nitrosothiols (SNOs) in Plant Samples on Diaminofluorescein (DAF) Gels
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Author:
Date:
2017-09-20
[Abstract] In plant cells, the analysis of protein S-nitrosothiols (SNOs) under physiological and adverse stress conditions is essential to understand the mechanisms of Nitric oxide (NO)-based signaling. We adapted a previously reported protocol for detecting protein SNOs in animal systems (King et al., 2005) for plant samples. Briefly, proteins from plant samples are separated via non-reducing SDS-PAGE, then the NO bound by S-nitrosylated proteins is released using UV light and, finally, the NO is detected using the fluorescent probe DAF-FM (Rodriguez-Ruiz et al., 2017). Thus, the approach presented here provides a relatively quick and economical procedure that can be used to compare protein SNOs content in plant samples and provide insight in NO-based signaling ...
[摘要] 在植物细胞中，生理和不利胁迫条件下的蛋白质S-亚硝基硫醇（SNO）的分析对于了解一氧化氮（NO）的信号传导机制至关重要。 我们调整了以前报告的用于检测动物系统中蛋白质SNO的方法（King等，2005），用于植物样品。 简言之，通过非还原性SDS-PAGE分离来自植物样品的蛋白质，然后使用UV光释放由S-亚硝基化蛋白质结合的NO，最后使用荧光探针DAF-FM检测NO（Rodriguez-Ruiz et 等等，2017）。 因此，本文提出的方法提供了相对快速和经济的方法，可用于比较植物样品中的蛋白质SNOs含量，并提供植物中基于NO的信号传导的洞察。
【背景】一氧化氮（NO）是一种自由基，可与各种生物分子阵列相互作用，包括蛋白质，脂质和核酸。在蛋白质的情况下，最相关的翻译后修饰（PTM）之一是NO基团与存在于肽或蛋白质中的半胱氨酸（Cys）的硫醇（-SH）侧链的共价连接。该修饰产生称为S-亚硝基硫醇（SNO）的家族，其是动物和植物系统中重要的化合物（Foster等人，2003; Lindermayr和Durner，2009; Astier等人，2011; ...
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