| Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments or those between random fragments and (iv) quantifying the number of ligations events between pairs of genomic loci (de Wit and de Laat, 2012). In the original 3C protocol, ligation frequency was ...
[摘要] 染色体构象捕获测序（Hi-C）是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加（3C）（Dekker et al。，2002）。 3C的基本工作流程包括（i）通常用甲醛固定完整的染色质，（ii）用限制酶切割固定的染色质，（iii）在稀释条件下重新连接粘性末端，以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和（iv）量化基因组基因座对之间的连接事件的数量（de Wit和de Laat，2012）。在最初的3C方案中，通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点（“一对一”）的选定连接接头来测量连接频率（Dekker et al。，2002 ）。然后，染色体构象捕获芯片（4C）和染色体构象捕获碳复制（5C）技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C（Lieberman-Aiden et al。，2009）最终将3C与下一代测序相结合（Metzker，2010）。此处，在再连接之前，用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序，并将得到的读数映射到参考基因组，允许以“多对多”方式确定接触概率，其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理（Lieberman-Aiden et ...
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| Isolation of Intact Vacuoles from Petunia Petals and Extraction of Sequestered Glycosylated Phenylpropanoid Compounds
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] Plant vacuoles are the largest compartment in plant cells, occupying more than 80% of the cell volume. A variety of proteins, sugars, pigments and other metabolites are stored in these organelles (Paris et al., 1996; Olbrich et al., 2007). Flowers produce a variety of specialized metabolites, some of which are unique to this organ, such as components of pollination syndromes, i.e., scent volatiles and flavonoids (Hoballah et al., 2007; Cna'ani et al., 2015). To study the compounds stored in floral vacuoles, this compartment must be separated from the rest of the cell. To enable isolation of vacuoles, protoplasts were first generated by incubating pierced corollas with cellulase and macrozyme enzymes. After filtering and several centrifugation ...
[摘要] 植物液泡是植物细胞中最大的隔室，占细胞体积的80％以上。各种蛋白质，糖，色素和其他代谢物存储在这些细胞器中（Paris et al。，1996; Olbrich et al。，2007）。花产生多种特殊代谢物，其中一些是该器官特有的，如授粉综合征的成分， ie ，气味挥发物和黄酮类化合物（Hoballah et al。， 2007; Cna'ani et al。，2015）。为了研究存储在花液泡中的化合物，必须将该隔室与细胞的其余部分分开。为了能够分离液泡，首先通过将刺穿的花冠与纤维素酶和macrozyme酶一起孵育来产生原生质体。在过滤和几个离心步骤后，通过显微镜观察显示原生质体与碎片和受损/破裂的原生质体分离。裂解浓缩的原生质体，并通过Ficoll梯度离心提取液泡。 Vacuoles用于隔离代谢物的定量GC-MS分析。这种方法使我们能够将空泡识别为糖基化挥发性苯丙酸类的亚细胞聚集位点，并假设共轭气味化合物在通向顶空的途径中被隔离（Cna'ani et al。，2017） 。
【背景】植物空泡占植物细胞中细胞体积的80％。这些细胞器对植物生长和发育至关重要，在整个植物的生命中具有不同的功能。 ...
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| Stereotaxic Adeno-associated Virus Injection and Cannula Implantation in the Dorsal Raphe Nucleus of Mice
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Author:
Date:
2017-09-20
[Abstract] Optogenetic methods are now widespread in neuroscience research. Here we present a detailed surgical procedure to inject adeno-associated viruses and implant optic fiber cannulas in the dorsal raphe nucleus (DRN) of living mice. Combined with transgenic mouse lines, this protocol allows specific targeting of serotonin-producing neurons in the brain. It includes fixing a mouse in a stereotaxic frame, performing a craniotomy, virus injection and fiber implantation. Animals can be later used in behavioral experiments, combined with optogenetic manipulations (Dugué et al., 2014; Correia et al., 2017) or monitoring of neuronal activity (Matias et al., 2017).
The described procedure is a fundamental step in both optogenetic and fiber photometry experiments ...
[摘要] 光神学研究现在广泛存在。在这里，我们提供一个详细的外科手术，以注射腺相关病毒和植入光纤插管在活的小鼠背侧核心（DRN）。结合转基因小鼠系，该方案允许在脑中特异性靶向产生5-羟色胺的神经元。它包括将鼠标固定在立体定位框架中，执行开颅手术，病毒注射和纤维植入。动物可以随后用于行为实验，结合光遗传操作（Dugué等，2014; Correia等，2017）或监测神经元活动（Matias等，2017）。
所描述的程序是深部脑区域的光生和光纤测光实验中的基本步骤。它针对DRN中的血清素神经元进行了优化，但可以应用于任何其他细胞类型和脑区域。当使用表达功能相关水平的光遗传工具或报告物系的转基因小鼠品系时，可以跳过病毒注射步骤，并将该方案降低到插管植入程序。
【背景】随着光遗传学方法的出现，使用光纤和遗传编码的探针来操纵或监测大脑活动已迅速扩大。光致发光工具对于研究神经调节系统特别有用，因为它们通常以位于深部脑区域的神经元簇为特征，对多个脑区域进行长期和广泛的预测。先前已经针对脑中的不同区域描述了病毒注射和纤维插管植入（例如，腹侧被盖区域[Tsai等人，2009]，基因座（Carter等，2010））。
鉴于其深部解剖学位置在导管和上矢状窦下方，针对背侧核心核（DRN，血清素投影到前脑的主要来源）可能是复杂的。使用标准的外科手术可能导致大量出血和低成功率，导致样本量较小（Ranade和Mainen ...
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