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Vortex-Genie 2

Company: Dutscher
Catalog#: Vortex-Genie 2
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Company-protocol()
Other protocol()

Self-organization Assay for Min Proteins of Escherichia coli in Micro-droplets Covered with Lipids
Author:
Date:
2020-03-20
[Abstract]  The Min system determines the cell division plane of bacteria. As a cue of spatiotemporal regulation, the Min system uses wave propagation of MinD protein (Min wave). Therefore, the reconstitution of the Min wave in cell-sized closed space will lead to the creation of artificial cells capable of cell division. The Min waves emerge via coupling between the reactions among MinD, MinE, and ATP and the differences in diffusion rate on the cell membrane and in the cytoplasm. Because Min waves appear only under the balanced condition of the reaction-diffusion coupling, special attentions are needed towards several technical points for the reconstitution of Min waves in artificial cells. This protocol describes a technical method for stably generating Min waves in artificial cells. [摘要]  [摘要 ] Min系统确定细菌的细胞分裂平面。作为时空调节的提示,Min系统使用MinD 蛋白的波传播(Min wave)。因此,Min波在细胞大小的封闭空间中的重构将导致能够分裂细胞的人造细胞的产生。闵波出现经由耦合之间反应小号中MinD的,的MinE ,和ATP 和所述differenc ES 在细胞膜上的扩散速度和在细胞质中。因为最小波仅在反应扩散耦合的平衡条件下出现, 特别关注,需要对几个技术要点为闽波在人造细胞重建。该协议描述了一种在人造细胞中稳定产生Min波的技术方法。

[背景 ] 敏系统,它决定了细胞分ER 对称细胞分裂,是在细菌细胞内的组织系统的最显着的例子之一(Rothfield 等人,2005;和罗利特马戈林,2013年)。敏系统使用图案形成在细胞内的时间依赖性蛋白梯度的公知的作为敏波(宽松等人,2008; Halatek和Frey,2012;邦尼等人,2013; Zieske 。等人,2016 ; Kohyama 。等人, 2019 )。Min波是由两种蛋白MinD 和MinE 的反应扩散耦合产生的。通过与ATP结合,MinD 形成二聚体并附着在膜上。的MinE 被招募到的ATP MinD的和诱导ATP酶的活性MinD的。通过MinE ,ATP- MinD 变为ADP- MinD ,并从膜上脱离。ADP- MinD的被转换回ATP- ...

Single-cell qPCR Assay with Massively Parallel Microfluidic System
Author:
Date:
2020-03-20
[Abstract]  The single-cell transcriptome is the set of messenger RNA molecules expressed in one cell. It is extremely variable and changes according to external, physical and biochemical conditions. Due to sensitivity shortages, most of genetic studies use bulk samples, providing only the average gene expression. Single-cell technologies have provided a powerful approach to a more detailed understanding of the heterogenic populations and minority cells. However, since it is still a quite novel technique, standardized protocol has to be established. Single-cell qPCR, although partly limited by the number of genes, is relatively simple to analyze. Therefore, its use is accessible without the necessity to recourse to complex bioinformatics analyses. The main steps for single-cell qPCR, as illustrated ... [摘要]  [摘要 ] 单细胞转录组是在一个细胞中表达的信使RNA分子的集合。它变化很大,并会根据外部,物理和生化条件而变化。由于敏感性不足,大多数基因研究使用大量样品,仅提供平均基因表达。单细胞技术提供了一种强大的方法,可以更详细地了解异质群体和少数细胞。然而,因为它仍然是一个相当新的技术,标准化协议具有至b e建立。尽管单细胞qPCR受基因数量的限制,但分析起来相对简单。因此,无需使用复杂的生物信息学分析就可以使用它。如本协议所述,单细胞qPCR的主要步骤包括单细胞分离,细胞裂解液,cDNA逆转录合成,cDNA库生成的扩增以及最终的定量聚合酶链反应。

[背景 ] 的单细胞转录是一套完整的在一个细胞中表达的信使RNA(mRNA)分子。它变化很大,并会根据外部,物理和生化条件而变化。因此,这是生物异质性的来源,其中来自相同环境的细胞与其他细胞相似但不相同。

由于灵敏度不足,大多数遗传研究使用大量样本,其中有数百至数千个细胞,仅提供平均基因表达。这极大地限制了少数细胞群体的研究,这可能会带来特定的特性,例如在癌症情况下的耐药性或转移能力。单细胞技术能够在单细胞水平上分析转录组,从而揭示了异源群体的复杂性。这些技术不仅应用于癌症,而且还应用于许多细胞生物学研究中,包括成年组织,干细胞,免疫细胞等。以及微生物学和病毒学等其他领域(Wen and ...

Generation of Gene Knockout and Gene Replacement with Complete Removal of Full-length Endogenous Transcript Using CRISPR-Trap
Author:
Date:
2018-10-20
[Abstract]  This protocol describes the application of the CRISPR-Trap from designing of the gene targeting strategy to validation of successfully edited clones that was validated on various human cell lines, among them human induced pluripotent stem cells (hiPSCs). The advantage of CRISPR-Trap over conventional approaches is the complete removal of any endogenous full-length transcript from the target gene. CRISPR-Trap is applicable for any target gene with no or little coding sequence in its first exon. Several human cell lines and different genes have so far been edited successfully with CRISPR-Trap. [摘要]  该协议描述了CRISPR-Trap从设计基因靶向策略到验证成功编辑的克隆的应用,所述克隆在各种人细胞系上得到验证,其中人类诱导的多能干细胞(hiPSC)。 CRISPR-Trap优于常规方法的优点是从靶基因完全去除任何内源全长转录物。 CRISPR-Trap适用于在其第一个外显子中没有编码序列或编码序列很少的任何靶基因。 到目前为止,已经使用CRISPR-Trap成功编辑了几种人细胞系和不同基因。

【背景】CRISPR / Cas9技术的出现促进了基因敲除和基因编辑的基因组靶向。执行敲除的常规方法依赖于引入移码导致过早终止密码子(PTC),截短开放阅读框(ORF)以及随后通过无义介导的mRNA衰变(NMD)降解靶基因的转录物。 。这种方法的一个可能的缺陷是全长转录物,其可以逃避NMD并产生具有残余或甚至显性负功能的C末端截短蛋白。该协议提出了CRISPR-Trap,这是我们最近建立的一种方法(Reber et al。>,2018),成功编辑后将阻止从靶基因位点表达任何全长转录本(图1)。简而言之,这种方法针对CRISPR / ...

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