| A Modified Low-quantity RNA-Seq Method for Microbial Community and Diversity Analysis Using Small Subunit Ribosomal RNA
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] We propose a modified RNA-Seq method for small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA)-based microbial community analysis that depends on the direct ligation of a 5’ adaptor to RNA before reverse-transcription. The method requires only a low-input quantity of RNA (10-100 ng) and does not require a DNA removal step. Using this method, we could obtain more 16S rRNA sequences of the same regions (variable regions V1-V2) without the interference of DNA in order to analyze OTU (operational taxonomic unit)-based microbial communities and diversity. The generated SSU rRNA sequences are also suitable for the coverage evaluation for bacterial universal primer 8F (Escherichia coli position 8 to 27), which is commonly used for bacterial 16S rRNA gene amplification. The modified RNA-Seq method will ...
[摘要] 我们提出了一种用于小亚基核糖体RNA（SSU rRNA）的微生物群落分析的经修改的RNA-Seq方法，其依赖于在逆转录之前将5'衔接子直接连接至RNA。 该方法仅需要低输入量的RNA（10-100ng），并且不需要DNA去除步骤。 使用这种方法，我们可以在不受DNA干扰的情况下获得相同区域（可变区V1-V2）的更多16S rRNA序列，以便分析OTU（经营分类单元）的微生物群落和多样性。 所产生的SSU rRNA序列也适用于通常用于细菌16S rRNA基因扩增的细菌通用引物8F（大肠杆菌8至27位）的覆盖度评估。 修改的RNA-Seq方法将有助于确定各种环境样品的潜在活性微生物群落结构和多样性，并且还可用于鉴定新型微生物类群。
【背景】核糖体RNA（rRNA）占总微生物RNA的90％以上，适合微生物群落分析作为合成蛋白质的微生物生理活性指标（Blazewicz et。，2013年）。微生物群落转录物（包括rRNA和mRNA）在特定环境（双RNA转录组学）中的研究在提供微生物功能和分类信息方面具有优势（Urich等人，2008年）未能进行基于OTU的社区比较。尽管当分析凝胶提取的SSU rRNA时，可以使用16S rRNA序列的V3区来计算和比较多样性指数，但是发现仅有三分之一的所得16S ...
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| Mouse Model of Dextran Sodium Sulfate (DSS)-induced Colitis
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Author:
Date:
2017-08-20
[Abstract] Inflammatory bowel disease (IBD) is a chronic inflammatory disease of the intestinal tract and is primarily comprised of Crohn’s disease (CD) and ulcerative colitis (UC). Several murine models that include both chemical induced and genetic models have been developed that mimic some aspects of either CD or UC. These models have been instrumental in our understanding of IBD. Of the chemical induced colitis models, dextran sodium sulfate (DSS) induced colitis model is a relatively simple and very widely used model of experimental colitis.
[摘要] 炎症性肠病（IBD）是肠道的慢性炎性疾病，主要由克罗恩病（CD）和溃疡性结肠炎（UC）组成。 已经开发了几种包含化学诱导和遗传模型的鼠模型，其模拟CD或UC的某些方面。 这些模型在我们对IBD的理解方面发挥了重要作用。 在化学诱导的结肠炎模型中，葡聚糖硫酸钠（DSS）诱导的结肠炎模型是相对简单且非常广泛使用的实验性结肠炎模型。
【背景】炎症性肠病（IBD）是一种复杂而多因素的疾病，病因不明（Sartor，2006）。然而，多种因素被认为是赋予IBD易感性的关键，例如宿主遗传学，环境触发，对微生物和膳食抗原的异常免疫应答的缺陷（Sartor，2006）。可以提供几种针对疾病过程特定方面的小鼠模型（Mizoguchi，2012）。 DSS诱导的实验性结肠炎是一种快速和广泛使用的肠道炎症模型（Perse和Cerar，2012）。虽然DSS诱导的结肠炎的确切机制还不太清楚，但广泛接受的是上皮单层的破坏导致潜在的免疫系统暴露于含有微生物和微生物产物的肠内容物（Perse和Cerar，2012）。 DSS诱导的结肠炎症可以通过改变饮用水中DSS的浓度，持续时间和周期来适应肠道炎症的急性，慢性或复发模型。在本协议中，我们提供了程序的详细描述，执行协议时的重要注意事项。我们已经使用这个协议来解决我们以前的工作中Muc4在DSS诱导性结肠炎中的作用（Das et al。，2015）。
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