| Tracing Nitrogen Metabolism in Mouse Tissues with Gas Chromatography-Mass Spectrometry
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Author:
Date:
2021-02-20
[Abstract] Nitrogen-containing metabolites including ammonia, amino acids, and nucleotides, are essential for cell metabolism, growth, and neural transmission. Nitrogen metabolism is tightly coordinated with carbon metabolism in the breakdown and biosynthesis of amino acids and nucleotides. Both nuclear magnetic resonance spectroscopy and mass spectrometry including gas chromatography-mass spectrometry (GC MS) and liquid chromatography (LC MS) have been used to measure nitrogen metabolism. Here we describe a protocol to trace nitrogen metabolism in multiple mouse tissues using 15N-ammonia coupled with GC MS. This protocol includes detailed procedures in tracer injection, tissue preparation, metabolite extraction, GC MS analysis and natural abundance corrections. This protocol will provide a useful ...
[摘要] [摘要]含氮代谢物，包括氨，氨基酸和核苷酸，对于细胞代谢，生长和神经传递至关重要。在氨基酸和核苷酸的分解和生物合成中，氮代谢与碳代谢紧密相关。核磁共振光谱法和质谱法（包括气相色谱-质谱法（GC MS）和液相色谱法（LC MS））均已用于测量氮代谢。在这里，我们描述了使用15 N氨气与GC MS结合追踪多种小鼠组织中氮代谢的方案。该协议在 包括示踪剂注射，组织制备，代谢物提取，GC MS分析和自然丰度校正的详细程序。该协议将为研究代谢活性组织（例如视网膜，脑，肝和肿瘤）中组织特异性氮提供有用的工具。
[背景]核磁共振波谱法（NMR）和质谱法（包括质谱法（GC MS）和液相色谱法（LC MS））已成功用于各种生物体的全系统代谢物测量（Fiehn，2002和20 1 6; Chokkathukalam等，2014）。但是，每种方法都有其局限性，取决于研究类型，包括绝对定量，代谢物性质，灵敏度，稳健性，同位素分析和成本效益（Chokkathukalam等人，2014）。与NMR相比，基于MS的方法具有更高的灵敏度和代谢物覆盖率，因此更加常用。稳定的同位素标记加上LC MS或GC MS可以灵敏地定量健康和患病组织或细胞中的动态代谢变化（Jang等人，2018）。LC MS与稳定的氮同位素结合揭示了谷氨酰胺氮代谢如何与癌细胞中的碳代谢协调（Wang等人，2019）。GC ...
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| Separation and Purification of Glycosaminoglycans (GAGs) from Caenorhabditis elegans
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] The nematode Caenorhabditis elegans is a popular model organism for studies of developmental biology, neurology, ageing and other fields of basic research. Because many developmental processes are regulated by glycosaminoglyans (GAGs) on cell surfaces and in the extracellular matrix, methods to isolate and analyze C. elegans GAGs are needed. Such methods have previously been optimized for other species such as mice and zebrafish. After modifying existing purification protocols, we could recently show that the nematodes also produce chondroitin sulfate, in addition to heparan sulfate, thus challenging the view that only non-sulfated chondroitin was synthesized by C. elegans. We here present our protocol adapted for C. elegans. Since the purification ...
[摘要] 线虫秀丽隐杆线虫是研究发育生物学，神经学，衰老等基础研究领域的流行模型生物。 因为许多发育过程由细胞表面和细胞外基质中的糖胺聚糖（GAG）调节，分离和分析C的方法。 线虫需要GAG。 此类方法先前已针对其他物种如小鼠和斑马鱼进行了优化。 在修改现有的纯化方案后，我们最近可以显示除了硫酸乙酰肝素外，线虫也产生硫酸软骨素，因此挑战了仅通过C合成非硫酸软骨素的观点。线虫。 我们在这里介绍我们适用于C的协议。线虫。 由于净化策略涉及非硫酸化和硫酸化GAG的分离，所以对于其他可能有利的方法也是有用的。
【背景】糖胺聚糖（GAG）是重复二糖单元的直链多糖链，其通常被硫酸根取代。除了透明质酸，其是在质膜上合成而不被锚定到任何蛋白质的非硫酸化GAG，所有其他GAG都与核心蛋白共价连接，从而形成蛋白聚糖（PG）。在PG上发现的最常见的GAG是硫酸乙酰肝素（HS）和硫酸软骨素（CS）/硫酸皮肤素，含有N-乙酰基 - 葡糖胺和N，N-乙酰基 - 半乳糖胺，分别（张，2010）。在高尔基隔室的生物合成过程中，它们是非模板驱动的过程，它们经过多种修饰，包括将葡萄糖醛酸差向异构化成艾杜糖醛酸，并在不同位置硫酸化（Bulow和Hobert，2006; ...
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