| RNA Purification from the Unicellular Green Alga, Chromochloris zofingiensis
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Chromochloris zofingiensis is a unicellular green alga that is an emerging model species for studies in fields such as biofuel production, ketocarotenoid biosynthesis and metabolism. The recent availability of a high-quality genome assembly facilitates systems-level analysis, such as RNA-Seq. However, cells of this alga have a tough cell wall, which is a challenge for RNA purification. This protocol was designed specifically to breach the cell wall and isolate high-quality RNA suitable for RNA-Seq studies.
[摘要] Chromochloris zofingiensis 是一种单细胞绿藻，是生物燃料生产，酮类胡萝卜素生物合成和代谢等领域研究的新兴模式物种。 最近获得的高质量基因组组装便于系统级分析，如RNA-Seq。 然而，这种藻类的细胞具有坚韧的细胞壁，这对于RNA纯化来说是一个挑战。 该方案专门设计用于破坏细胞壁并分离适合RNA-Seq研究的高质量RNA。
【背景】Chromochloris zofingiensis 是一种来自叶绿体谱系的小型单细胞绿藻（Dönz，1934）。此前，该物种在文献中已被描述为属于Muriella ，小球藻和 Mychonastes （Fučíková和Lewis，2012）。 C中有强烈的经济利益。因为它能够生产大量用于生物燃料的脂质，并且显示有望成为具有商业价值的营养制品虾青素的来源（Breuer等人，2012; Mulders等人。，2014; Liu et。，2016）。最近，发布了高质量的染色体水平的基因组组装和附带的注释，这有助于系统水平分析，如RNA-Seq（Roth等人，2017）。以下方案被设计为从液体培养物中产生高度纯化的总RNA，包括miRNA。 zofingiensis 适合RNA-Seq。 ℃。 zofingiensis 细胞受坚固细胞壁的保护，该细胞壁被设计为穿透。该方案的起始材料可以高达2.5×10 ...
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| Overrepresentation Analyses of Differentially Expressed Genes in the Smut Fungus Ustilago bromivora during Saprophytic and in planta Growth
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] We have established the Ustilago bromivora–Brachypodium spp. interaction as a new model pathosystem for biotrophic fungal plant infections of the head smut type (Rabe et al., 2016). In this protocol, the methodology used for comparing gene expression between saprophytic and in planta growth of the fungus is described. The experimental and analytical pipeline, how next generation RNA sequencing (Illumina RNA-Seq) analysis can be used to obtain lists of genes significantly up or down regulated in planta in comparison to axenic culture is given. Furthermore, different methods to identify functional categories that are over- or under-represented among specific classes of genes are presented.
[摘要] 我们已经建立了Ustilago bromivora - Brachypodium spp。 作为一种用于生物营养真菌植物感染头虱类型的新模型病理学的相互作用（Rabe等人，2016）。 在该方案中，描述了用于比较真菌的植物生长中的腐生菌和萌发之间的基因表达的方法。 给出了实验和分析流程，如何使用下一代RNA测序（Illumina RNA-Seq）分析来获得与无性培养相比在植物中显着上调或下调的基因的列表。 此外，提出了识别在特定类型的基因中过度或低于代表的功能类别的不同方法。
【背景】RNA深度测序（RNA-Seq）是一种功能强大和通用的工具，可以了解细胞和生物体对环境变化的反应及其对新发育阶段的适应性。生活状况的显着变化是从酵母样生长转向非特异性病原体的丝状，致病性相关生长模式。我们研究了生物营养型真菌植物病原体（Ustilago ...
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