| In planta Transcriptome Analysis of Pseudomonas syringae
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] Profiling bacterial transcriptome in planta is challenging due to the low abundance of bacterial RNA in infected plant tissues. Here, we describe a protocol to profile transcriptome of a foliar bacterial pathogen, Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000, in the leaves of Arabidopsis thaliana at an early stage of infection using RNA sequencing (RNA-Seq). Bacterial cells are first physically isolated from infected leaves, followed by RNA extraction, plant rRNA depletion, cDNA library synthesis, and RNA-Seq. This protocol is likely applicable not only to the A. thaliana–P. syringae pathosystem but also to different plant-bacterial combinations.
[摘要] 由于受感染植物组织中细菌RNA的丰度低，因此在植物中分析细菌转录组具有挑战性。 在这里，我们描述了一个描述叶子细菌病原体转录组的协议， Pseudomonas syringae pv。 番茄 DC3000，在感染早期的拟南芥叶中使用RNA测序（RNA-Seq）。 首先从感染的叶子中物理分离细菌细胞，然后进行RNA提取，植物rRNA消耗，cDNA文库合成和RNA-Seq。 该协议不仅适用于 A.拟南芥-P。 syringae 病理系统，但也适用于不同的植物 - 细菌组合。
【背景】植物已经进化出先天免疫系统以抵御病原体攻击。在过去的几十年中，已经深入研究了病原体识别和免疫信号传导途径的分子机制。然而，植物免疫如何影响病原体代谢以抑制病原体生长几乎不被理解，因为在植物中分析病原体反应很困难。在细菌病原体的情况下，植物叶内的转录组分析很难研究，因为细菌mRNA的量远低于植物的数量;由于植物中细菌的人口密度低，在感染的早期阶段尤其具有挑战性。为克服这一局限性，我们建立了一种从感染的植物叶片中分离细菌并用RNA-Seq分析细菌转录组的方法。该方法已成功用于分析模型细菌病原体 Pseudomonas syringae pv的转录组。 番茄 DC3000在模式植物 Arabidopsis thaliana 中的各种条件下（Nobori et al。，2018）. ...
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| Overrepresentation Analyses of Differentially Expressed Genes in the Smut Fungus Ustilago bromivora during Saprophytic and in planta Growth
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] We have established the Ustilago bromivora–Brachypodium spp. interaction as a new model pathosystem for biotrophic fungal plant infections of the head smut type (Rabe et al., 2016). In this protocol, the methodology used for comparing gene expression between saprophytic and in planta growth of the fungus is described. The experimental and analytical pipeline, how next generation RNA sequencing (Illumina RNA-Seq) analysis can be used to obtain lists of genes significantly up or down regulated in planta in comparison to axenic culture is given. Furthermore, different methods to identify functional categories that are over- or under-represented among specific classes of genes are presented.
[摘要] 我们已经建立了Ustilago bromivora - Brachypodium spp。 作为一种用于生物营养真菌植物感染头虱类型的新模型病理学的相互作用（Rabe等人，2016）。 在该方案中，描述了用于比较真菌的植物生长中的腐生菌和萌发之间的基因表达的方法。 给出了实验和分析流程，如何使用下一代RNA测序（Illumina RNA-Seq）分析来获得与无性培养相比在植物中显着上调或下调的基因的列表。 此外，提出了识别在特定类型的基因中过度或低于代表的功能类别的不同方法。
【背景】RNA深度测序（RNA-Seq）是一种功能强大和通用的工具，可以了解细胞和生物体对环境变化的反应及其对新发育阶段的适应性。生活状况的显着变化是从酵母样生长转向非特异性病原体的丝状，致病性相关生长模式。我们研究了生物营养型真菌植物病原体（Ustilago ...
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