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XCell SureLockTM Mini-Cell

Company: Thermo Fisher Scientific
Catalog#: El0001
Bio-protocol()
Company-protocol()
Other protocol()

Mapping RNA Sequences that Contact Viral Capsid Proteins in Virions
Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract]  We have adapted the methodology of CLIP-seq (Crosslinking-Immunoprecipitation and DNA Sequencing) to map the segments of encapsidated RNAs that contact the protein shells of virions. Results from the protocol report on the RNA sequences that contact the viral capsid. [摘要]  我们已经调整了CLIP-seq(交联 - 免疫沉淀和DNA测序)的方法来绘制与病毒粒子的蛋白质壳接触的壳化RNA片段。 关于接触病毒衣壳的RNA序列的方案报告的结果。
【背景】正义RNA病毒包括所有生命形式的病原体。具有二十面体形状的病毒具有病毒外壳蛋白在RNA基因组周围形成保护壳(Stockley等人,2013)。在噬菌体MS2和植物感染的Brome花叶病毒(BMV)中,外壳蛋白优先接触特异性RNA序列(Ni等人,2013; Hoover等人。 ,2016; Rolfsson等人,2016)。这些接触可以调节感染期间RNA释放的时间,病毒基因表达和病毒RNA复制(Hoover等人,2016)。鉴定衣壳RNA相互作用可以提供对病毒感染的规定的见解,并提供抑制病毒感染的手段。考虑到这一点,我们已经开发了一种方法,使用UV交联,RNA断裂,外壳蛋白的选择性沉淀和由RNA片段制备的cDNA的下一代测序来鉴定纯化的病毒体中的衣壳RNA接触。以下协议是针对BMV病毒粒子开发的。

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