| Delivery of the Cas9 or TevCas9 System into Phaeodactylum tricornutum via Conjugation of Plasmids from a Bacterial Donor
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Diatoms are an ecologically important group of eukaryotic microalgae with properties that make them attractive for biotechnological applications such as biofuels, foods, cosmetics and pharmaceuticals. Phaeodactylum tricornutum is a model diatom with defined culture conditions, but routine genetic manipulations are hindered by a lack of simple and robust genetic tools. One obstacle to efficient engineering of P. tricornutum is that the current selection methods for P. tricornutum transformants depend on the use of a limited number of antibiotic resistance genes. An alternative and more cost-effective selection method would be to generate auxotrophic strains of P. tricornutum by knocking out key genes involved in amino acid biosynthesis, and using ...
[摘要] 硅藻是一种具有重要生态意义的真核微藻类，其特性使其对生物燃料，食品，化妆品和药品等生物技术应用具有吸引力。 Phaeodactylum tricornutum 是具有确定培养条件的模型硅藻，但缺乏简单而强大的遗传工具阻碍了常规遗传操作。有效设计 P的一个障碍。 tricornutum 是 P的当前选择方法。 tricornutum 转化体依赖于使用有限数量的抗生素抗性基因。另一种更具成本效益的选择方法是产生 P的营养缺陷型菌株。通过敲除参与氨基酸生物合成的关键基因，并使用基于质粒的生物合成基因拷贝作为选择标记，使三角酵母。以前关于 P基因敲除的研究。 tricornutum 使用biolistic转换将CRISPR-Cas9系统传递到 P.藻。非复制质粒的生物射弹转化可导致对 P的不期望的损伤。由于转化的DNA随机整合到基因组中，tricornutum 。随后固化编辑的细胞以防止Cas9的长期过表达是非常困难的，因为目前没有方法来切除整合的质粒。该协议采用新方法将Cas9或TevCas9系统传送到 P. tricornutum 通过来自细菌供体细胞的质粒的缀合。该过程涉及：1）设计和插入靶向 P的guideRNA。将tricornutum 尿素酶基因导入TevCas9表达质粒，该质粒也编码转移的接合起点，2）将该质粒安装在含有含有接合机制的质粒（pTA-Mob）的大肠杆菌中， ...
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| Structural Analysis of Bordetella pertussis Biofilms by Confocal Laser Scanning Microscopy
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Biofilms are sessile communities of microbial cells embedded in a self-produced or host-derived exopolymeric matrix. Biofilms can both be beneficial or detrimental depending on the surface. Compared to their planktonic counterparts, biofilm cells display enhanced resistance to killing by environmental threats, chemicals, antimicrobials and host immune defenses. When in biofilms, the microbial cells interact with each other and with the surface to develop architecturally complex multi-dimensional structures. Numerous imaging techniques and tools are currently available for architectural analyses of biofilm communities. This allows examination of biofilm development through acquisition of three-dimensional images that can render structural features of the sessile community. A frequently ...
[摘要] 生物膜是嵌入自生或宿主衍生的外聚合物基质中的微生物细胞的固着群落。根据表面，生物膜可以是有益的或有害的。与浮游生物相比，生物膜细胞表现出更强的抗环境威胁，化学物质，抗菌药物和宿主免疫防御能力。当处于生物膜中时，微生物细胞彼此相互作用并与表面相互作用以形成结构复杂的多维结构。目前，许多成像技术和工具可用于生物膜群落的建筑分析。这允许通过获取可以呈现无柄群落的结构特征的三维图像来检查生物膜的发展。经常使用的工具是共聚焦激光扫描显微镜。我们提出了一个详细的协议，以生长，观察和分析呼吸道人类病原体，百日咳博德特氏菌的生物膜在空间和时间。
【背景】百日咳博德特氏菌（Bordetella pertussis）是上呼吸道的专性人类病原体，引起百日咳或百日咳（Mooi，2010; Dorji et al。，2018）。 B的生物膜。百日咳在各种人造表面上以及静态，摇动和流体流动条件下形成（Mishra et al。，2005; Sloan et al。，2007 ; Serra et al。，2011）。对这些生物膜的显微评估表明，这种细菌产生不规则形状的微集落，由流体通道分隔，嵌入由细胞外DNA（eDNA），蛋白质和多糖组成的外聚合物基质中（Parise et al。，2007; Sloan et al。，2007; Serra et al。，2008; ...
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| Non-radioactive LATS in vitro Kinase Assay
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Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] This protocol describes a method to directly measure LATS activity by an in vitro kinase assay using YAP as a substrate.
[摘要] 该方案描述了通过使用YAP作为底物的体外激酶测定直接测量LATS活性的方法。
【背景】大肿瘤抑制剂1/2（LATS1 / 2）是河马途径的蛋白激酶和核心成分，其调节器官大小和组织稳态。 LATS激酶通过其疏水基序上的磷酸化被激活（HM，对于LATS1为Thr 1079，对于LATS2为Thr 1041）。 结果，在HM中识别LATS的抗体抗体的Western印迹提供了评估LATS激酶活性的间接方法（Data analysis，图1）。 此外，活性LATS在Ser 127磷酸化并抑制转录共激活物是相关蛋白（YAP），导致YAP结合到14-3-3和细胞质保留（Zhao等人，2007）。 在LATS体外激酶测定中使用YAP作为底物提供了直接评估LATS激酶活性的方法。 通过该测定，我们能够显示血清饥饿和山梨醇诱导的渗透激活LATS（Yu等人，2012; Hong等人，2017）和进一步的 导致YAP Ser 127磷酸化（数据分析，图2）。
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