| Detection of Protein Interactions in the Cytoplasm and Periplasm of Escherichia coli by Förster Resonance Energy Transfer
|
|
Author:
Date:
2018-01-20
[Abstract] This protocol was developed to qualitatively and quantitatively detect protein-protein interactions in Escherichia coli by Förster Resonance Energy Transfer (FRET). The described assay allows for the previously impossible in vivo screening of periplasmic protein-protein interactions. In FRET, excitation of a donor fluorescent molecule results in the transfer of energy to an acceptor fluorescent molecule, which will then emit light if the distance between them is within the 1-10 nm range. Fluorescent proteins can be genetically encoded as fusions to proteins of interest and expressed in the cell and therefore FRET protein-protein interaction experiments can be performed in vivo. Donor and acceptor fluorescent protein fusions are constructed for bacterial proteins ...
[摘要] 该协议的开发是通过Förster共振能量转移（FRET）定性和定量检测大肠杆菌中的蛋白质 - 蛋白质相互作用。所描述的测定允许以前不可能的周质蛋白质 - 蛋白质相互作用的体内筛选。在FRET中，供体荧光分子的激发导致能量转移到受体荧光分子，如果它们之间的距离在1-10nm范围内，则受体荧光分子将发光。荧光蛋白质可以被遗传编码为与感兴趣的蛋白质的融合物并且在细胞中表达，因此FRET蛋白质 - 蛋白质相互作用实验可以在体内进行。供体和受体荧光蛋白融合体被构建用于被怀疑相互作用的细菌蛋白质。这些融合蛋白在细菌细胞中共表达，随后激发供体和受体通道测量荧光发射光谱。供体的发射光谱与受体的激发光谱之间的部分重叠是FRET的先决条件。即使在没有FRET的情况下，供体激发也可以使受体以已知百分比交叉激发。通过测量背景，仅供体和仅受体样品的参考光谱，可以计算预期的发射光谱。在预期光谱之上的受体的致敏发射可以归因于FRET，并且可以通过光谱解混来量化。
【背景】确定如何和哪些蛋白质相互作用维持生命是分子生物学研究的核心。存在许多体外方法，但可能导致误报，因为相互作用是从其生物学背景中取出的。 ...
|
|
|
| Quantification of Chlorophyll as a Proxy for Biofilm Formation in the Cyanobacterium Synechococcus elongatus
|
|
Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] A self-suppression mechanism of biofilm development in the cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC 7942 was recently reported. These studies required quantification of biofilms formed by mutants impaired in the biofilm-inhibitory process. Here we describe in detail the use of chlorophyll measurements as a proxy for biomass accumulation in sessile and planktonic cells of biofilm-forming strains. These measurements allow quantification of the total biomass as estimated by chlorophyll level and representation of the extent of biofilm formation by depicting the relative fraction of chlorophyll in planktonic cells.
[摘要] 最近报道了蓝细菌聚球蓝细菌PCC 7942中生物膜发育的自我抑制机制。 这些研究需要定量由生物膜抑制过程中受损的突变体形成的生物膜。 在这里，我们详细描述了叶绿素测量作为生物膜形成菌株无菌和浮游细胞中生物量积累的代用途。 这些测量可以通过叶绿素水平估计的总生物量进行定量，并通过描绘浮游细胞中叶绿素的相对分数来表示生物膜形成的程度。
【背景】几个最近发表的研究表明，蓝藻中细胞聚集和生物膜发育的基础的机制的新兴兴趣（Fisher等人，2013; Jittawuttipoka等人，2013; 2014; Enomoto等人，2014; Schwarzkopf等人，2014; Enomoto等人，，2015; Oliveira等人，2015; Agostoni等人，2016; Parnasa等人，2016）。我们最近报道了一种自生物膜抑制机制，其决定了单细胞蓝细菌聚球蓝细菌PCC 7942（Schatz等人，2013; Nagar和Schwarz，2015）的浮游生长）。通过灭活特定基因来消除生物膜抑制过程导致在这种其他浮游菌株（Schatz等人，2013; ...
|
|
|