| Trypanosomatid, fluorescence-based in vitro U-insertion/U-deletion RNA-editing (FIDE)
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Author:
Date:
2021-03-05
[Abstract] Gene expression within the mitochondria of African trypanosomes and other protozoan organisms relies on a nucleotide-specific RNA-editing reaction. In the process exclusively uridine (U)-nucleotides are site-specifically inserted into and deleted from sequence-deficient primary transcripts to convert them into translatable mRNAs. The reaction is catalyzed by a 0.8 MDa multiprotein complex termed the editosome. Here we describe an improved in vitro test to quantitatively explore the catalytic activity of the editosome. The assay uses synthetic, fluorophore-derivatized oligoribonucleotides as editing substrates, which enable the automated electrophoretic separation of the reaction products by capillary electrophoresis (CE) coupled to laser-induced fluorescence (LIF) detection systems. The ...
[摘要] [摘要]非洲锥虫和其他原生动物生物线粒体内的基因表达依赖于核苷酸特异性的RNA编辑反应。在该过程中，仅将尿苷（U）-核苷酸位点特异性插入序列不足的初级转录物中，并从中缺失，以将其转化为可翻译的mRNA。该反应由0.8 MDa的多蛋白复合物催化，该复合物被称为编辑体。在这里我们描述了一种改进的体外试验，以定量探索Editosome的催化活性。该测定使用合成的，荧光团衍生的寡核糖核苷酸 作为编辑底物，可通过耦合到激光诱导荧光（LIF）检测系统的毛细管电泳（CE）自动分离反应产物。该测定法功能强大，只需要纳克级的材料，并且通过使用多毛细管CE / LIF仪器，可以高度平行的方式进行测定。进一步的改进包括使用硫代磷酸酯修饰的，因此具有RNase耐性的底物RNA，以及用于同时监测U插入和U缺失反应的多重型荧光团标记策略。该测定方法对于研究酶体的机理和酶学是有用的。ħ H但是，它也可以在高通量执行以筛选RNA编辑特异性抑制剂。
图形摘要：
基于荧光的体外U插入/ U缺失RNA编辑（FIDE）分析的特征
[背景]中的RNA编辑反应动质体原生动物如非洲锥虫和利什曼原虫表示一个信使的最显着的转录后修饰（米）的RNA（综述Göringer ...
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| Plant ARGONAUTE Protein Immunopurification for Pathogen Cross Kingdom Small RNA Analysis
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Author:
Date:
2021-02-05
[Abstract] Over the last decade, it has been noticed that microbial pathogens and pests deliver small RNA (sRNA) effectors into their host plants to manipulate plant physiology and immunity for infection, known as cross kingdom RNA interference. In this process, fungal and oomycete parasite sRNAs hijack the plant ARGONAUTE (AGO)/RNA-induced silencing complex to post-transcriptionally silence host target genes. We hereby describe the methodological details of how we recovered cross kingdom sRNA effectors of the oomycete pathogen Hyaloperonospora arabidopsidis during infection of its host plant Arabidopsis thaliana. This Bio-protocol contains two parts: first, a detailed description on the procedure of plant AGO/sRNA co-immunopurification and sRNA recovery for Illumina high throughput sequencing ...
[摘要] [摘要]在过去的十年中，已经注意到，微生物病原体和害虫将小RNA（sRNA）效应子传递到宿主植物中，以操纵植物生理学和免疫力，称为跨界RNA干扰。在此过程中，真菌和卵菌寄生虫sRNA劫持了植物ARGONAUTE（AGO）/ RNA诱导的沉默复合体，以转录后沉默宿主靶基因。我们在此描述方法学的细节，我们如何在宿主植物拟南芥感染期间恢复卵菌病原体拟南芥的跨界sRNA效应子。该生物协议包含两个部分：第一，关于植物AGO / sRNA co- 免疫纯化和sRNA回收，用于Illumina高通量测序分析。其次，我们解释了如何进行生物信息学小号斯尔纳序列分析读取可使用Galaxy服务器。原则上，该协议适用于研究来自多种宿主植物和植物相互作用（微生物）的AGO结合的sRNA。
[背景]小RNA（sRNA）可以充当病原体效应物，劫持植物ARGONAUTE（AGO）/ RNA诱导的沉默复合物（RISC），并使宿主mRNA沉默以进行感染，这种病毒被称为跨界RNA干扰的毒力机制（Weiberg等。，2015； Zeng等，2019）。分析感染期间与植物AGO结合的sRNA的库是一种选择方法，以全面了解可能通过宿主AGO / RISC起作用的植物入侵性病原体sRNA。基于抗体的植物AGO / ...
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| Human Endothelial Cell Spheroid-based Sprouting Angiogenesis Assay in Collagen
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] Angiogenesis, the formation of new blood vessels from pre-existing ones plays an important role during organ development, regeneration and tumor progression. The spheroid-based sprouting assay is a well-established and robust method to study the influence of genetic alterations or pharmacological compounds on capillary-like tube formation of primary cultured endothelial cells. A major advantage of this assay is the possibility to study angiogenesis in a 3D environment. Endothelial cells are cultured as hanging drops to form spheroids. Those spheroids are embedded into a collagen matrix and tube formation is analyzed 24 h later. By analyzing sprout number and sprout length the effects of genetic manipulation or drug treatment on angiogenesis can be investigated.
[摘要] 血管生成，从先前存在的血管形成新血管在器官发育，再生和肿瘤进展中起重要作用。 基于球体的发芽测定法是一种成熟且稳健的方法，用于研究遗传改变或药理学化合物对原代培养的内皮细胞的毛细血管样管形成的影响。 该测定的主要优点是可以在3D环境中研究血管生成。 将内皮细胞培养为悬滴以形成球状体。 将这些球状体嵌入胶原基质中，24小时后分析管形成。 通过分析发芽数和发芽长度，可以研究遗传操作或药物治疗对血管生成的影响。
【背景】血管为器官提供氧气和营养。在不再满足局部需求的情况下，细胞分泌血管内皮生长因子（VEGF）以诱导新血管的形成。新的容器芽由一个由茎细胞牵引的前端细胞组成（Potente和Makinen，2017）。血管生成在生理条件下（例如，肌肉和脂肪组织的生长）以及病理条件（例如，伤口愈合，黄斑变性和肿瘤生长）发生。因此，非常需要破译协调血管生成的基本机制并测试干扰病理性血管生成的化合物。
基于球体的发芽试验由Thomas Korff博士和Hellmut Augustin博士在90年代后期开发（Korff和Augustin，1999），使研究人员能够快速研究药物或基因操作对发芽血管生成的影响。稳健的方式（Heiss et al。，2015）。基于球体的发芽测定的一个重要优点是分析3D环境中的芽形成。这促进内皮细胞之间的细胞 - ...
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