| Analysis of Gram-negative Bacteria Peptidoglycan by Ultra-performance Liquid Chromatography
|
|
Author:
Date:
2020-10-05
[Abstract] Bacteria are surrounded by a protective peptidoglycan cell wall. Provided that this structure and the enzymes involved are the preferred target for our most successful antibiotics, determining its structural and chemical complexity is of the highest interest. Traditionally, high-performance liquid chromatography (HPLC) analyses have been performed, but these methods are very time consuming in terms of sample preparation and chromatographic separation. Here we describe an optimized method for preparation of Gram-negative bacteria peptidoglycan and its subsequent analysis by ultra-performance liquid chromatography (UPLC). The use of UPLC in peptidoglycan analyses provides a dramatic reduction of the sample volume and hands-on time required and, furthermore, permits in-line mass spectrometry ...
[摘要] [摘要]细菌被保护性肽聚糖细胞壁包围。如果这种结构和涉及的酶是我们最成功的抗生素的首选靶标，那么确定其结构和化学复杂性便是最重要的。传统上，已经进行了高效液相色谱（HPLC）分析，但是这些方法在样品制备和色谱分离方面非常耗时。在这里我们描述了一种优化的制备方法 革兰氏阴性细菌肽聚糖及其随后的超高效液相色谱（UPLC）分析。在肽聚糖分析中使用UPLC可以大大减少所需的样品量和动手时间，此外，还可以对U PLC解析的多肽进行在线质谱（MS），从而有助于对其进行鉴定。这种方法提高了我们执行高通量分析以更好地了解细胞壁生物学的能力。
[背景]细菌由肽聚糖（PG）的细胞壁所包围，除了到结构的作用，传达细胞形状和保护细菌免受外部损害，作为抗生物，化学屏障iCal和物理应力。murein囊或PG是细胞壁的主要成分。革兰氏阴性细菌在周质空间中呈现单层（Gan等，2008），而它构成了一个厚的网状结构，在革兰氏阳性细菌中具有多个堆积和交联的层（Pasquina-Lemonche等，2020）。Ť他细胞壁是交联的聚糖链的三维网状结构包围所述电池主体（Glauner等人，1988; Typas ...
|
|
|
| Bacterial Competition Assay Based on Extracellular D-amino Acid Production
|
|
Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Bacteria live in polymicrobial communities under tough competition. To persist in a specific niche many species produce toxic extracellular effectors as a strategy to interfere with the growth of nearby microbes. One of such effectors are the non-canonical D-amino acids. Here we describe a method to test the effect of D-amino acid production in fitness/survival of bacterial subpopulations within a community. Co-cultivation methods usually involve the growth of the competing bacteria in the same container. Therefore, within such mixed cultures the effect on growth caused by extracellular metabolites cannot be distinguished from direct physical interactions between species (e.g., T6SS effectors). However, this problem can be easily solved by using a filtration unit that allows free ...
[摘要] 在激烈的竞争中，细菌生活在多种微生物群落中。为了坚持特定的生态位，许多物种会产生有毒的细胞外效应物作为干扰附近微生物生长的策略。这种效应子之一是非规范的D-氨基酸。在这里我们描述一种方法来测试D-氨基酸生产对社区内细菌亚群的适应/存活的影响。共培养方法通常涉及相同容器中竞争细菌的生长。因此，在这种混合培养物中，细胞外代谢物对生长的影响不能与物种间的直接物理相互作用区分开（例如T6SS效应物）。然而，通过使用允许小分解代谢物（例如L-和D-氨基酸）自由扩散的过滤单元可以容易地解决这个问题，同时将不同亚群保持在独立区室中。
通过这种方法，我们已经证明D-精氨酸是由霍乱弧菌产生的杀菌剂效应物，其强烈影响不同微生物亚群的存活。此外，D-精氨酸可作为混合菌群中的一种协同工具，用于保护非生产成员免受竞争细菌的侵害。
【背景】细菌生活在多种多样的物种共存并争夺现有资源的多种微生物群落中。细菌设计为在特定生态位持续存在的许多策略之一是产生有毒的细胞外代谢物作为干扰其他微生物生长和/或生存力的策略。已知D-氨基酸长时间在细菌培养物中具有细胞形状和活力的强大作用（Bopp，1965; Fox等人，1944; Kobayashi等人， 1948年; Yaw和Kakavas，1952年; Lark和Lark，1959年; Grula，1960年; ...
|
|
|
| Quantitative Determination of Poly-β-hydroxybutyrate in Synechocystis sp. PCC 6803
|
|
Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] Cyanobacteria synthesize a variety of chemically-different, high-value biopolymers such as glycogen (polyglucose), poly-β-hydroxybutyrate (PHB), cyanophycin (polyamide of arginine and aspartic acid) and volutin (polyphosphate) under excess conditions. Especially under unbalanced C to N ratios, glycogen and in some cyanobacterial genera also PHB are massively accumulated in the progression of the general nitrogen stress response. Several different technologies have been established for in situ and in vitro PHB analysis from different microbial sources. In this protocol, a rapid and reliable spectrophotometric method is described for PHB quantification in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 upon nitrogen deprivation as described in (Damrow et ...
[摘要] 蓝细菌合成各种化学上不同的高价值生物聚合物，如糖原（polyglucose），poly-β-β-羟基丁酸酯（PHB），蓝藻素（精氨酸和天冬氨酸的聚酰胺）和挥发物（多磷酸盐） 在超额条件下。 特别是在不平衡的C至N比下，糖原和一些蓝藻属中，PHB在一般氮应激反应进程中大量积累。 已经针对不同微生物来源的原位实验和/或从体外分析，建立了几种不同的技术。 在该协议中，描述了用于蓝藻（Stechocystis）的PHB定量的快速可靠的分光光度法。 如（Damrow等人，2016）中描述的氮缺乏的PCC 6803。
【背景】非重氮营养蓝细菌，例如集胞藻（Synechocystis） PCC 6803通过漂白来解决缺乏组合的氮源，这是一种被称为褪绿的过程（Allen和Smith，1969）。这种驯化反应的特征在于四个主要的结构和形态变化：（i）类囊体层之间的电子致密糖原夹杂物（直径约40nm）的大量积累伴随着（ii）藻糖酵母天线复合物的降解， （iii）类囊体膜层的拆卸，包括数量减少和包装密度，和（iv）形成不同的电子透明PHB颗粒（直径约400-500nm）（Damrow等人，2016）。由于不存在分解代谢酶和PHB缺陷型突变体的明显表型，所以在几种物种中合成的蓝细菌PHB代谢的生理功能是相当不透明的（Beck等人，2012; van ，2010; Damrow等人，2016; ...
|
|
|