| Root Gall Formation, Resting Spore Isolation and High Molecular Weight DNA Extraction of Plasmodiophora brassicae
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Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract] Isolation of DNA from obligate biotrophic soil-borne plant pathogens is challenging. This is because of their strict requirement of living plant tissue for their growth and propagation. A soil habitat further imposes risk of contamination from other microorganisms living in close vicinity of the plant roots. Here we present a protocol on how to prepare DNA suitable for advanced molecular analysis on the soil-borne pathogen Plasmodiophora brassicae, a peculiar unicellular plant pathogenic organism, causing disease on Crucifers. First, it is important to grow Brassica or Arabidopsis plants in infested soils below a temperature of 25 °C under moist conditions to promote root gall formation. Root galls should be harvested ahead of initiation of the decomposing ...
[摘要] 从专性营养型土壤植物病原体中分离DNA是具有挑战性的。这是因为他们对植物生长和繁殖的严格要求。土壤栖息地进一步增加了居住在植物根部附近的其他微生物污染的风险。在这里，我们提出了一个关于如何制备适用于土传病原体Plasmodiophora brassicae ，一种特殊的单细胞植物致病生物，导致十字花科病的DNA进行DNA分析的方案。首先，在潮湿条件下，在温度低于25°C的条件下，在感染的土壤中种植芸薹属植物或拟南芥属植物对于促进根gall形成是重要的。在分解过程开始之前，不应迟于接种拟南芥或芜菁植株后四或九周，收获根gall。数量减少的土壤生物的休息孢子通过匀浆gall组织的梯度离心获得。用70％酒精和一套不同的抗生素治疗可促进 P。芸苔纯度。基于CTAB的程序允许分离适合大规模平行测序分析的高质量DNA。
【背景】Plasmodiophora brassicae 是一种土壤传播的植物病原体，其在包括拟南芥属的十字花科家族中引起根虫（棒状杆菌）。根肿病对全世界油菜（油菜）和卷心菜的种植有重大影响。 P上。 brassicae 是指定给超级组Rhizaria的一种专性生物营养素（需要一种生长寄主），Rhizaria是研究最少的真核生物组之一（Sierra等人，2016; Sibbald和Archibald， 2017年）。系统发育上， ...
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| Rolling Circle Amplification to Screen Yam Germplasm for Badnavirus Infections and to Amplify and Characterise Novel Badnavirus Genomes
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] Since the first discovery of badnaviruses (family Caulimoviridae, genus Badnavirus) in yam (Dioscorea spp.) germplasm in the 1970s (Harrison and Roberts, 1973), several hundred partial badnavirus reverse transcriptase (RT)-ribonuclease H (RNaseH) sequences have been characterised (Kenyon et al., 2008; Bousalem et al., 2009), but only a few complete Dioscorea bacilliform virus (DBV) genome sequences have been reported (Phillips et al., 1999; Seal and Muller, 2007; Bömer et al., 2016 and 2017; Sukal et al., 2017; Umber et al., 2017). We have optimised a workflow involving total nucleic acid extractions and rolling circle amplification (RCA) combined with restriction enzyme analysis for the detection ...
[摘要] 自二十世纪七十年代山药（Dioscorea spp。）种质中首次发现坏病毒属（家庭花椰菜科，属于病毒属）之后（Harrison和Roberts， 1973），已经表征了数百个部分坏死病毒逆转录酶（RT） - 核糖核酸酶H（RNaseH）序列（Kenyon等人，2008; Bousalem等人，2009年），但仅有少数几种完整的Dioscorea杆状病毒（DBV）基因组序列已被报道（Phillips等，1999; Seal和Muller，2007;Bömer等， 2016和2017; Sukal等人，2017; Umber等人，2017）。我们优化了总核酸提取和滚环扩增（RCA）结合限制性酶分析的工作流程，以检测和扩增山药种质中存在的DBV。我们已经使用这种方法成功地揭示了三种新型附加体阴性坏死病毒（Bömer等人，2016年）。我们提出这是变性梯度凝胶电泳的补充方法，其能够快速指示坏死病毒多样性以及在宿主基因组中鉴定潜在整合的坏死病毒序列（Turaki等人，2017年） ）。在这里，我们描述了一步一步的方案来筛选山药种质的坏死病毒感染使用RCA作为一个有效的研究工具，在扩增和表征的新型坏死病毒基因组。
【背景】RCA是经常用于扩增环状DNA病毒基因组的序列无关的策略（Rector等人，2004）。 Phi29聚合酶介导的RCA技术用于（i）检测新型病毒; ...
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| Xanthoferrin Siderophore Estimation from the Cell-free Culture Supernatants of Different Xanthomonas Strains by HPLC
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Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] Xanthomonads can scavenge iron from the extracellular environment by secreting the siderophores, which are synthesized by the proteins encoded by xss (Xanthomonas siderophore synthesis) gene cluster. The siderophore production varies among xanthomonads in response to a limited supply of iron where Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) produces less siderophores than Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) and Xanthomonas oryzae pv. oryzicola (Xoc). Siderophore production can be measured by HPLC and with the CAS (Chrome azurol S)-agar plate assay, however HPLC is a more accurate method over CAS-agar plate assay ...
[摘要] 黄单胞菌属可以通过分泌铁载体来从细胞外环境中清除铁，这些铁载体由由xss 编码的蛋白质（anthomonas 基因簇。 由于Xanthomonas campestris pv的铁供应有限，铁载体生产因黄托曼德而异。 野蓟菊（Xcc）产生比黄单胞菌（Xanthomonas oryzae）pv更少的铁载体。 米曲霉（Xoo）和黄单胞菌Xanthomonas oryzae pv。 oryzicola（Xoc）。 铁载体生产可以通过HPLC和CAS测量（ Chrome azurol S ）标准板测定，然而HPLC是在Xanthomonads中用于铁氰菊酯定量的CAS-琼脂平板测定的更准确的方法。 在这里我们描述如何使用高效液相色谱来量化黄单胞菌中的铁载体。
【背景】细菌植物病原体 Xanthomonas 具有（α-羟基羧酸盐型铁载体;类似于弧菌铁蛋白）和编码参与铁载体介导的铁吸收的外膜受体（Pandey和Sonti）所需的操纵子，2010; ...
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