| Overrepresentation Analyses of Differentially Expressed Genes in the Smut Fungus Ustilago bromivora during Saprophytic and in planta Growth
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] We have established the Ustilago bromivora–Brachypodium spp. interaction as a new model pathosystem for biotrophic fungal plant infections of the head smut type (Rabe et al., 2016). In this protocol, the methodology used for comparing gene expression between saprophytic and in planta growth of the fungus is described. The experimental and analytical pipeline, how next generation RNA sequencing (Illumina RNA-Seq) analysis can be used to obtain lists of genes significantly up or down regulated in planta in comparison to axenic culture is given. Furthermore, different methods to identify functional categories that are over- or under-represented among specific classes of genes are presented.
[摘要] 我们已经建立了Ustilago bromivora - Brachypodium spp。 作为一种用于生物营养真菌植物感染头虱类型的新模型病理学的相互作用（Rabe等人，2016）。 在该方案中，描述了用于比较真菌的植物生长中的腐生菌和萌发之间的基因表达的方法。 给出了实验和分析流程，如何使用下一代RNA测序（Illumina RNA-Seq）分析来获得与无性培养相比在植物中显着上调或下调的基因的列表。 此外，提出了识别在特定类型的基因中过度或低于代表的功能类别的不同方法。
【背景】RNA深度测序（RNA-Seq）是一种功能强大和通用的工具，可以了解细胞和生物体对环境变化的反应及其对新发育阶段的适应性。生活状况的显着变化是从酵母样生长转向非特异性病原体的丝状，致病性相关生长模式。我们研究了生物营养型真菌植物病原体（Ustilago ...
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| Isolation of Ustilago bromivora Strains from Infected Spikelets through Spore Recovery and Germination
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Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] Ustilago bromivora is a biotrophic smut fungus infecting Brachypodium sp. It is closely related to the barley-infecting smut Ustilago hordei, and related to the well-studied, gall-inducing model pathogen Ustilago maydis. Upon flowering, the spikelets of U. bromivora-infected plants are filled with black fungal spores. While it is possible to directly use this spore material to infect Brachypodium seeds, in many cases it is more useful to isolate individual strains of U. bromivora for a genetically homogenous population. This protocol describes how to collect and germinate the spores of U. bromivora on plate in order to obtain strains derived from a single cell.
[摘要] Ustilago bromivora 是感染Brachypodium sp的生物营养性真菌真菌。 它与大麦感染黑斑病大西洋黑格尔（Hstilago hordei）密切相关，并且与研究良好的胆汁诱导型模型病原体Ustilago maydis有关。 开花时，U的小穗 受感染的植物充满黑色真菌孢子。 虽然可以直接使用这种孢子材料感染种子，但是在许多情况下，分离个体U株更有用。 bromivora 用于遗传上均匀的群体。 该协议描述了如何收集和发芽的U孢子。 溴代，以获得源自单细胞的菌株。
【背景】长期以来，感染玉米的Ustilago maydis已经被确定为用于研究生物营养性病原体的模型系统（Brefort等人，2009）。这导致了关于生物相互作用的性质的许多发现，但由于在实验室中与玉米的实际困难而受到限制。对于感染大麦（Hordeum vulgare ）（Laurie等人，2012）的模型真菌Ustilago hordei也是如此。与这些作物植物相反，模式草（Brachypodium distachyon）具有小的基因组，不成熟的生长条件，并且易于遗传操作（Draper等人，2001）。 B中。 distachyon 也被用于研究非对虾对小麦条锈菌的抗性。 SP。由于其通常的宿主，小麦（An 等人，2016）的遗传复杂性，小麦具有。最近，我们已经描述了Ustilago ...
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